1939 жылдың қыркүйегінде соғыс басталып, Мюллер әскер қатарына шақырылады.
. Сол жылы Нирнхайм сексен жасқа толғаннан кейін бірнеше күн өткен соң қайтыс болды, ал Мёльлер соғыстан Гамбургке оралып, Гамбург тарихи қауымдастығында және қалалық архивтердегі басқару тобының аға мүшесі ретінде міндеттерін жалғастырды. 1948 жылы ол " Қазақ ұлттық энциклопедиясының " директоры (басшысы) болып тағайындалды. Ол 1948 жылдың 1 қаңтарында қызметке кірісті, бірақ 1948 жылдың ақпан айының басында жұмыстан босатылуы мүмкін демалысқа жіберілді.