Төмендегі сөйлемді аяқтаңыз: 2011 жылдың 13 шілдесінде Джонатанның Сантусты тастап, Серия А гиганты Интер Миланмен жаттығуға баратыны туралы хабарланды. Екі күннен кейін, 15 шілдеде, ол ресми түрде Интер ойыншысы болып, төрт жылдық келісімшартқа қол қойды. Джонатан 2011 жылдың 11 қыркүйегінде Интерде дебют жасады.
2011-12 Серия А, Палермоға 4-3 есебімен ұтылып, толық 90 минутты ойнады. Үш күннен кейін Джонатан Чемпиондар лигасында тұңғыш рет алаңға шықты.