1937 жылдың наурызында Шнивинд университеттегі лауазымынан босатылды, ал 1938 жылдың басында билік оны "Испан шіркеуіне" қатысы бар деп қылмыстық тергеу бастады. Ол жалақысының 80%-ын қысқартуға мәжбүр болды. Көптеген деректерде ол соғыс аяқталғанға дейін профессорлық лауазымынан айырылған деп болжанады.
1945 жылы мамыр айында, бірақ Халле университетінің мұрағатында сақталған кадрлық деректерді зерттеудің соңғы нәтижелері Шнивиндтің профессорлық лауазымы 1938 жылы кейінірек қандай да бір түрде қайта қалпына келтірілгенін көрсетті. Қылмыстық істің тергеу сатысына жеткені туралы хабарлама жоқ. Бір дерекке сүйенсек, ол "Конфессиан шіркеуінің" атынан дәріс берумен қатар, "оқушыларына жеке кеңес беруді" жалғастыра алды. 1939 жылдан кейін ол университеттегі қызметін әскери аурухананың капелланы болып жұмыс істеумен біріктірді.