Ол 1973 жылы Суданның Әуе күштеріне қосылды. Хусейн 1982 жылы Ұлыбританиядағы беделді Кранфилд университетінің авиациялық инженерлік мамандығы бойынша магистр дәрежесін алды. Ол 1989 жылғы Судан төңкерісінде маңызды рөл атқарды.
1990 жылы Ұлттық құтқару үшін революциялық командалық кеңестің бас хатшысы болды; 1989-1993 жылдар аралығында Суданның билік етуші билігі.