2009 жылдың 8 ақпанында Хатами 2009 жылғы президенттік сайлауға қатысатынын мәлімдеді.
Бірақ 16 наурызда өзінің ұзақ уақыттан бері досы және кеңесшісі, Иранның бұрынғы премьер-министрі Мир-Хоссейн Мусавидің пайдасына шықты.