Келесі сөйлемді аяқтаңыз: Купер 1863 жылдың 26 наурызында 4-ші Кентукки кавалериясының подполковнигі болып қайта тағайындалды және сәуір айында полковник Бейлс отставкаға кеткеннен кейін оның полковнигі болды. 1863 жылы 4 маусымда Купер Теннесси штатының Франклин қаласында атының үстінен құлап, жарақат алды. Ол 1864 жылдың қыркүйегінде Чикамауга шайқасында полкке қолбасшылық етті. Купер 1864 жылы Лексингтонға, Кентукки штатына ауруына байланысты қайтып оралды. Содан кейін Купер жергілікті күштерді Джон Хант Морганның рейдкерлеріне қарсы басқарды. Ол Морганның 1864 жылы 9 маусымда Лексингтонды тапсыру талабын қабылдамады және өз әскерлерін кері қайтарып жіберді. 1865 жылы сәуірде ол Монтгомери, Алабама, ал мамыр мен шілдеде Олбани, Джорджия посттарын басқарды. Ол 1865 жылы 21 тамызда Джорджия штатының Макон қаласында әскери қызметке шақырылды. Ол Шило, Коринт, Ричмонд, Чикамауга, Морганның Кентуккиге шабуыл жасағаны, Ресака шайқасы және Вильсонның Монтгомериге шабуыл жасағаны үшін майдан құрметтерін алды. 1867 жылдың 2 наурызында Регламенттік армияда лейтенант-полковник және полковник лауазымына ие болды.
Джорджиядағы Ресака шайқасында және Монтгомериді (Алабама штаты) басып алуда.