Кеме қараша айының ортасында жөндеу жұмыстары үшін Жапонияға оралды. Отын мен материалдардың жетіспеушілігіне байланысты оны қайтадан пайдалануға беру мүмкін болмады және ол әуеге қарсы батареяға айналдырылды. Аэрофуганың ату қақпағын жақсарту үшін оның түтігі мен басты мачтасы алынып тасталды, оларды екі 89 типті және тоғыз үш еселенген 25 мм ату қақпақтары арттырды. Оның алдыңғы қосалқы қарулары өтемақы ретінде алынып тасталды. Кемеде жылыту және тамақ пісіру үшін көмірмен жұмыс істейтін қазан орнатылды, ал бу мен электр энергиясын қамтамасыз ету үшін су асты кемелерін іздеуші кеме орнатылды. Оның зениттік пулеметтері толық қуатты емес және тек ішінара жұмыс істеді. 20 сәуірде "Нагато" резервіне түсті. 1945 жылдың маусым айында оның барлық қосалқы қарулары мен әуе шабуылына қарсы қару-жарағының жартысы, арақашықтық өлшегіштері мен жарық шамдарымен бірге жағаға көшірілді. Сол себепті оның экипажы 1000 офицер мен жауынгерден кем болды. 1945 жылы 18 шілдеде қатаң маскировкаланған кемеге авианосецтердегі ұшақтар мен торпедолық бомбалаушылар шабуыл жасады. "Нагатоға" екі бомба мен 35 адамды өлтіріп, төрт 25-мм пулеметін зақымдаған зымыран тиді. 30 тамыз күні,
Америкалық теңізшілер кемені өз қолдарына алды.