2011 жылдың 13 шілдесінде Жонатанның Сантостан кетіп, Серия А гиганты Интер Миланмен жаттығатыны туралы хабарланды. Екі күннен кейін, 15 шілдеде, ол ресми түрде Интер ойыншысы болып, төрт жылдық келісімшартқа қол қойды. Джонатан 2011 жылдың 11 қыркүйегінде 2011-12 Серия А-ның екінші аптасында Интерде дебют жасады.
"Палермоға" 4-3 есебімен ұтылып, 90 минутты толық өткізді. Үш күннен кейін Джонатан Чемпиондар лигасында тұңғыш рет алаңға шықты.