1861 жылдың шілдесінде Иллинойс және Миссури штаттарында негізінен жалданған Батыс инженерлік полк деп аталатын полкті полковник Дж. В. Бисселл ұйымдастырды, ал Генри Фладты Б ротасының капитаны етіп тағайындады. Сол жылдың тамызында оны генерал Фремонт, сол кезде Сент-Луистегі қолбасшы, Миссури штатының Жирадо мысырындағы бекіністерді салуға қызмет етуге тағайындады, онда ол бірнеше ай болды. Жылдың соңында, Фремонттың орнын генерал Галлек басқарған кезде, капитан Фладқа генерал Поупқа Миссуридің оңтүстік-шығысында қосылуға бұйрық берілді және Нью-Мадрид пен Пойнт-Плезанттың науқаны мен Оралдың No 10-ын алу кезінде штаб офицері болып қызмет етті, содан кейін ол өзінің полкіне Нью-Мадридте қосылды. Ол өзінің полкімен бірге Форт-Пиллоу мен Питтсбург десантында болды.
және Коринфке дейінгі операцияларда. 1862 жылдың жазында ол Мобайл және Огайо темір жолын жөндеу, Коринтте бекіністер салу және Миссисипи орталық темір жолын жөндеумен айналысты. Ол сондай-ақ Гранттың Гренададағы шабуылына қатысқан. 1863 жылдың ақпан айында ол Янгс-Пойнтқа жіберілді, онда ол инженерлік жұмыста жұмыс істеді, кейінірек ол Бакстер-Байу, Провиденс көлі және Мейкон-Байуда болды.