2017 жылдың 4 наурызында Аубамеянг "Байер Леверкузенді" 6:2 есебімен жеңген матчта екі голмен екінші маусымда бірінен соң бірін 20 Бундеслига голынан өтті. Төрт күннен кейін ол "Бенфиканы" 4:0 есебімен жеңіп, "Дортмундты" Чемпиондар лигасының ширек финалына жеткізді. 20 мамырда Аубамеянг "Боруссияның" соңғы күні "Вердер Бременді" жеңіп, маусымды 31 голмен Бундеслиганың үздік бомбардирі ретінде аяқтады. Финалда
2017 жылдың 27 мамырында Дортмунд клубының "Айнтрахт" клубын 2:1 есебімен жеңгені үшін ол "Дортмунд" клубының жеңімпазы атанды.