1940 жылдың қыркүйегінен 1942 жылдың шілдесіне дейін Даннекер Париждегі СД кеңсесінде "Judenreferat" жетекшісі болды, онда ол француз полициясы жасаған рейдтерге бұйрық берді және қадағалауды жүргізді
. 13000-нан астам яһудилер Аушвиц концентрациялық лагеріне жер аударылды, олардың көпшілігі Соңғы шешім кезінде қаза тапты.