1861 жылы наурыз айында Фергюсон Оңтүстік Каролина ополчениесының капитаны болып тағайындалды, кейіннен лейтенант және К.С. армиясының бригадир-генералы П.Г.Т. Борегардтың көмекшісі болып тағайындалды. Ол Форт-Самтерде АҚШ армиясының майоры Роберт Андерсонның ресми берілуін қабылдаған офицерлердің бірі болды, ол тұңғыш Конфедеративтік мемлекеттердің туын көтерді және Форт-Самтерде алғашқы күзетшілерді орналастырды. Қоршаудан кейін ол Конфедеративтік мемлекеттердің Уақытша конгрессіне жаудың атуымен зақымданған алғашқы Конфедеративтік туды ұсынуға жіберілді. Шило шайқасы кезінде генерал Борегардтың подполковник және лагерь көмекшісі болды.
. Фармингтон шайқасында 28-ші Миссисипи кавалерия полкінде болды. Ол Виксбургті қорғаған кезде бөлімге қолбасшылық етті және АҚШ генерал-майоры Уильям Т. Шерман мен АҚШ коммодоры Дэвид Портер жасаған шабуылдарды тоқтатуға көмектесті.