1845 жылдың тамызында Магрудер Техас штатының Корпус-Кристи қаласында генерал Закари Тейлордың армиясына қосылып, бұрынғы республиканы басып алу үшін ерікті түрде тағайындалды; АҚШ Мексикамен аннексия мәселесі бойынша соғысқа жақын болды. 1846 жылы 25 сәуірде соғыс басталғаннан кейін, Магрудер алғаш рет Пало-Альто шайқасында шайқасты көрді.
, 14 күннен кейін. 1847 жылы 18 сәуірде Магрудер генерал Уинфилд Скотттың экспедициясында қатты соққыға ұшырап, Мексиканың артиллериясын оларға қарсы айналдырды. 12 қыркүйекте АҚШ әскерлері Мексика қаласы шайқасындағы бірнеше жекпе-жектің бірі ретінде Чапультепекті нысанаға ала бастады. Магрудер - жеңіл жарақаттанған - 13-ші күні таңертең алғашқы оқ атуды бұйырды және мексикалықтардың басымдылығына қарамастан, Анжурес, Вероника және Белен қиылысын - генерал Санта Аннаның сарайды босату күшін бөгейтін маңызды жол қиылысын басып алу үшін қууға ұмтылды.