1980 жылдардың аяғында Кеңес Одағы дағдарысқа ұшыраған кезде Шеварднадзе барған сайын танымалдылыққа ие бола бастады және оның реформалары мен Батыспен жұмсақ желісін ұнатпайтын кеңес қатал желісімен қақтығысты. Ол Кеңес әскерлерінің көтерілісті басу жөніндегі жорығын сынға алды
1989 жылы туған жері Грузияда. Горбачевтің қатал саясатының ықпалының артуына наразылық білдіріп, 1990 жылдың желтоқсан айында Шеварднадзе кенеттен отставкаға кетіп, "Диктатура келеді" деп мәлімдеді. Бірнеше айдан кейін оның қорқынышы ішінара жүзеге асты, өйткені коммунистік қатал топтардың сәтсіз төңкерісі Кеңес Одағының ыдырауына әкелді. 1991 жылы қарашада Шеварднадзе қысқа уақытқа Кеңес Одағының сыртқы істер министрі болып оралды, бірақ келесі айда Горбачевпен бірге, Кеңес Одағы расмий түрде таратылған кезде, отставкаға кетті.