Passage: Doom 3 оқиғасы 2145 жылы орын алады. Ойынның сюжеті мен диалогтарының көп бөлігін автор Мэтью Костелло жазған. Ойынның тарихы бойынша, Union Aerospace Corporation (UAC) қазіргі кездегі ең ірі корпоративтік ұйымға айналды және Марста ғылыми-зерттеу мекемесі құрды. Бұл базада UAC бірнеше ғылыми салаларда зерттеулер жүргізе алады, соның ішінде озық қару-жарақтарды әзірлеу, биологиялық зерттеулер, ғарыш кеңістігін зерттеу және телепортация. Марста UAC өзінің операцияларын заңдық және моральдық шекарадан тыс орындай алады. Ойыншы ойын барысында дауыс естілу, түсіндірусіз байқаулар және параноя мен ақыл-ойсыздық жағдайларына байланысты базадағы қызметкерлердің алаңдаушылыққа ұшырағанын біледі.
Мэтью Дж. Костелло