1846 жылы мамыр айында Бакнер Мексика-Америка соғысына қатысып, 6-шы АҚШ жаяу әскер полкіне қосылу үшін ұстаздық қызметінен кетті. Оның алғашқы міндеттеріне сарбаздарды жалдап, Техас шекарасына жеткізу кірді. 1846 жылдың қарашасында оған өз компаниясына далаға қосылуға бұйрық берілді; ол олармен Монклова мен Паррас арасында кездесті. Компания Saltillo-да Джон Э. Вулға қосылды. 1847 жылдың қаңтар айында Бакнерге Уильям Дж. Уорттың дивизиясымен бірге Вера-Крузге баруға бұйрық берілді. Генерал-майор Винфилд Скотт Вера-Крусты қоршап алған кезде
Бакнердің бөлімшесі жақын маңдағы Амазоке қалашығында бірнеше мың мексикалық атты әскермен соғысты.