1991 жылы Батистута Чилиде өткен Америка кубогында Аргентина құрамасы сапында ойнауға таңдалды. Келесі жылы Аргентина құрамасымен Конфедерациялар кубогының жеңімпазы атанды. 1993 жылы Батистута өзінің екінші Америка кубогында ойнады.
, бұл жолы Эквадорда өтті, Аргентина жеңіп алды, Батистута финалда Мексиканы 2:1 есебімен жеңіп, екі гол соқты.