1862 жылдың көктемінде Банкс әскері генерал-лейтенант Томас Джексонның Конфедерация әскерімен Джексонның аңғары жорығы деп аталатын бірнеше шайқаста кездесті. 1862 жылы мамыр айында Эндрюс полковник Джордж Генри Гордонның орнын басып, 2-ші Массачусетс полкының қолбасшысы болды және Винчестердегі бірінші шайқаста полкті басқарды.
. 1862 жылдың 13 маусымында Эндрюс полковник атағына көтерілді.