1861 жылы Азамат соғысының басында Нью-Йорк Ұлттық гвардиясының командирі, бригадир генерал Джон Ф. Ратбоун оны Албаниде бас дәрігер болып тағайындады. 1862 жылдың маусым айында Савидж станциясының шайқасынан кейін
Потомак армиясы дәрігерлерімен бірге кері шегінгенде, Суинберн одақ пен конфедерацияның мыңдаған жараланған тұтқындарына қамқорлық жасау үшін қалды. Конфедерация командирі Стоунволл Джексон оның принциптік ұстанымын құрметтеп, одақ тұтқындарына баруға рұқсат беретін жеке жазбамен бірге оған рұқсат берді. 1864 жылы губернатор Горацио Сеймур оны Нью-Йорк портының денсаулық сақтау қызметкері лауазымына тағайындады, ал 1867 жылы оны губернатор Рубен Фентон қайта тағайындады, ол 1870 жылға дейін жалпы алты жыл қызмет етті. Өзінің әкімшілігі кезінде, мемлекеттік заң шығарушы органның қаржыландыруды тағайындаудан бас тартқанына қарамастан, ол Суинберн және Хоффман деп аталатын аралдарда сол кездегі заманауи карантиндік нысандарды салуды бақылады.