1989 жылы Янша Словениядағы алғашқы оппозициялық партиялардың бірі - Словения Демократиялық Одағының (СДО) құрылуына қатысып, оның бірінші вице-президенті, кейіннен партия кеңесінің төрағасы болды. 1990 жылы мамыр айында өткен алғашқы еркін сайлаудан кейін ол Лойзе Петерле кабинетінде қорғаныс министрі болды, ол Словенияның тәуелсіздік соғысы кезінде осы лауазымда болды.
1991 жылғы маусым мен шілдеде. Ішкі істер министрі Игорь Бавчармен бірге Янша Словенияның Югослав халық армиясына қарсы стратегиясының негізгі ұйымдастырушысы болды.