1672 жылға қарай ол өзінің теологиялық зерттеулерін жазбаларға жазуға кірісті, бірақ ол ешкімге көрсетпеді және олар жақында ғана зерттелді. Олар ерте шіркеу жазбаларын кеңінен білетіндігін көрсетеді және Символды айқындайтын Афанасий мен Арий арасындағы қақтығыста ол Арийдің жағына шыққанын көрсетеді. Ньютон "Христосты Құдай мен адам арасындағы құдайлық арадасушы ретінде мойындады, ол оны жаратқан Әкеге бағынышты болды". Ол әсіресе пайғамбарлыққа қызығушылық танытты, бірақ ол үшін "Христостан бас тарту мүмкін болды".
еретик болды