"Фаншоу-Бэй" жөндеу жұмыстарын аяқтағаннан кейін, 25-ші авианосец дивизиясының флагманы ретінде, контр-адмирал Клифтон А. Ф. Спрагтың қолбасшылығымен қызмет етуді жалғастырды. Перл-Харбордан шыққаннан кейін ол Адмиралтейство аралдарының Манус аралына жетті. "Fanshaw Bay" басқа бес эскорт тасымалдаушымен және сегіз эсминец эскорттарының экранымен бірге 77.1 жұмыс тобына тағайындалды, ол қонуды қолдайды
Моротай туралы. Оның ұшақ контингенті ауыстырылды, енді ол 66-шы құрамдас эскадрильяны (VC-66) қабылдады. Ол 10 қыркүйекте Манустан шығып, 15 қыркүйекте әуеден көмек көрсетуді бастады. 17 қыркүйекте "Фаншоу-Бей" командасынан шыққан екі "Өкшіл" кемесі су асты кемелеріне қарсы патрульде топтасып жүргенде соқтығысты. Алты адамнан тек бір ғана тірі қалғанды су асты кемелерін іздеуші тауып алды. 19 қыркүйекте "Fanshaw Bay" тағы бір ұшағын жоғалтты, оның бір "Wildcats" "Zero" ұшағынан суға түсіп, жоғалып кетті және сумен байланыста жарылды. Авиакомпания 27 қыркүйекте тағы екі ұшақ пен торпедалық бомбалаушы ұшақ құлаған.