18 ғасырда әлсіреген Польша-Литва одақтастығы 1790-шы жылдардың ортасында көршілері Ресей, Габсбургтер империясы және Пруссиямен екі рет бөлінді. 1791 жылы Австрия және Киелі Рим империясының императоры Иосиф II Казимеждің мәртебесін бөлек қала ретінде өзгертіп, оны Краковтың ауданына айналдырды. Бай яһуди отбасылары көшіп-қонуға кірісті. Алайда діни демалыс күндері жол жүруге тыйым салынғандықтан, яһуди отбасыларының көбісі ежелгі мәжілісханаларға жақын тұратын. 1794 жылы Тадеуш Костюшко сәтсіз көтеріліс ұйымдастырды
қаладағы басты алаңда Рацлавице шайқасында жеңіске жеткеніне қарамастан, саны жағынан басым орыс әскеріне қарсы Польшаның үшінші және соңғы бөлінуімен аяқталды. 1809 жылы Наполеон Бонапарт Польшаның бұрынғы аумақтарын Австриядан тартып алып, қаланы Варшава герцогтігінің бөлігіне айналдырды. Наполеонның жеңілісінен кейін 1815 жылы Вена конгресі соғыс алдындағы шекараларды қалпына келтірді, сонымен қатар жартылай тәуелсіз Краков еркін қаласын құрды. 1846 жылғы көтеріліс сәтсіз аяқталды, нәтижесінде қала Австрияға Краков Ұлы Герцогтығы (,) деген атпен қосылды.