1856 жылы Кекуле Гент университетінің профессорлық қызметіне қабылданды, содан кейін 1867 жылы ол Боннға шақырылды, онда ол өзінің қалған мансабында болды. Өз идеяларын Уильямсон, Эдвард Фрэнкленд, Уильям Одлинг, Огюст Лоран, Чарльз-Адольф Вурц және басқалардың идеяларына негіздеп, Кекуле химиялық құрылым теориясының негізгі құрастырушысы болды (1857<unk>58). Бұл теория атомдық валенттілік идеясынан, әсіресе көміртектің тетраваленттілігінен (1857 жылдың соңында Кекуле жариялаған) және көміртек атомдарының бір-бірімен байланысу қабілетінен (1858 жылы жарияланған газетте) шығады. Кейбір физиктер оның идеяларын тікелей органикалық молекуладағы барлық атомдардың байланысын анықтау үшін жалданады. Архибальд Коперланд, Уильям Одлинг, Огюст Лоран, Шарльз-Адольф Вурц және басқалар сияқты алдыңғылардың идеяларына сүйене отырып, оның идеяларына негізделген, бірақ кейбір химиялық
химиялық құрылымы