Авиациялық отынды теңіз суымен қоршалған бөлек цилиндрлерде немесе қоршауларда сақтайтын британдық авиакомпаниялардан айырмашылығы, соғысқа дейінгі барлық жапондық авиакомпаниялар өздерінің авиациялық отын резервуарларын кеме қаңқасымен біріктіріп жасады және "Шокаку" де ерекшелік емес еді. Алайда, соғыс уақытындағы тәжірибе көрсеткенше, бұл қауіптер айқын көрінбеді, өйткені олар көбінесе жарылу мен ағып кетуге бейім болатын, өйткені соққылар мен соққылар мен соққылар немесе тасымалдаушының корпусына жуық соққылар міндетті түрде жанармай резервуарларына жіберіліп, сіңіріледі. Мидуэйдегі апаттан кейін
1942 жылдың ортасында "Шокаку" авиациялық отын резервуарлары айналасындағы бос ауа кеңістіктері, әдетте инертті көмірқышқыл газымен толтырылған, оларды ықтимал зақымданудан қорғау үшін бетонмен толтырылды. Бірақ бұл зақымданулар болған жағдайда, ұшқыш булардың ангар палубаларына таралуын болдырмауға көмектеспеді, әсіресе "Кавалла" торпедалап, суға батып кеткенде. "Шокакуда" әдетте операциялық пайдалану үшін 150 000 галлон газ сақталады.