1971 жылы Шығыс Пәкістанның әскерилері мен халқы арасындағы ықтимал қақтығысты болдырмау үшін, 1971 жылдың 23 наурызында Хан басқа да Пәкістандық саясаткерлермен бірге шейх Мужибур Рахманмен кездесті. Олар Мүжибке үкімет құруға қолдау көрсетті, бірақ Яхья Хан толыққанды әскери іс-қимылға бел буғандықтан, тұрақсыздықты бұзуға тым кеш болды. Пәкістанның әлсіздігі артып, әскери іс-қимылға қарсы халықаралық наразылық көбейіп, содан соң соғыс басталды.
Пәкістан мен Үндістан арасында. Бұл соғыс апатты болып шықты және Шығыс Пәкістанда Пәкістанның қарулы күштерінің жеңілуімен және Бангладештің жаңа мемлекетінің құрылуымен аяқталды. Жеңіске ұшыраған Яхья Хан қызметінен де, әскерден де бас тартты. Генерал Гүл Хасан Ханның тұсында Зұлфиқар Әли Бхуттоны Америкадан алып келіп, президент етіп тағайындады.