Кийомидзу-дера Хэйан дәуірінің басында құрылған. 778 жылы Саканоэ но Тамурамаро құрған, ал қазіргі ғимараттар 1633 жылы Токугава Иэмицуның бұйрығымен салынған. Бүкіл құрылыста бірде-бір мысқыл қолданылмаған. Ол өзінің атын кешендегі су тасқынынан алады, ол жақын маңдағы төбелерден ағады. Кийомидзу - таза су немесе таза су дегенді білдіреді. Ол бастапқыда Нара дәуірінен бастап ежелгі және ықпалды Хоссо сектасына қатысты. Алайда, 1965 жылы ол осы серіктестікті үзді, ал оның қазіргі қамқоршылары өздерін "Китахоссо" сектасының мүшелері деп атайды. Сұрақ: Қай жылы олар Хоссо сектасымен байланысын үзді?
1965 жыл