facts:
Faits :
A.
Par jugement du 29 juin 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a reconnu X._ coupable d'appropriation illégitime (art. 137 CP), de dommages à la propriété (art. 144 CP), de tentative de contrainte (art. 181 CP), d'infraction par négligence à la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), de contravention à la loi vaudoise sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RS/VD 700.11), de contravention à la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), de contravention à la loi forestière vaudoise (LVLFo; RS/VD 921.01), de contravention à la loi fédérale sur les épizooties (LFE; RS 916.40) et de contravention à la loi fédérale sur les médicaments et dispositifs médicaux (LPTh; RS 812.21). Le Tribunal a condamné l'intéressé à une peine pécuniaire de 80 jours-amende à 1'000 fr. et à une amende de 30'000 fr., peine convertible en 30 jours de peine privative de liberté de substitution, sanction partiellement complémentaire à la peine prononcée le 13 mars 2014 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne. Le sursis accordé le 13 mars 2014 a été révoqué et l'exécution de la peine prononcée ordonnée. Pour finir, le Tribunal a condamné l'intéressé à payer au canton de Vaud la somme de 20'000 fr. à titre de créance compensatrice.
B.
Par jugement du 17 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté aussi bien l'appel de X._ que l'appel joint formé par le Ministère public.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement dont il demande la réforme. Il conclut à sa condamnation uniquement pour les chefs d'accusation de contraventions à la LATC, à la LVLFo, à la LFE et à la LPTh, à sa libération de tous les autres chefs d'accusation retenus dans le jugement attaqué, à sa condamnation à une peine pécuniaire de 15 jours-amende à 100 fr. et à une amende de 1'000 fr., au renoncement à la révocation du sursis accordé le 13 mars 2014 et à la libération de toute créance compensatrice à l'égard de l'Etat de Vaud. Il requiert par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif.
Invités à se déterminer sur la question de la valeur retenue à titre de jour-amende, la Cour d'appel pénale et le Ministère public ont en substance conclu à la confirmation du jugement attaqué sur ce point. Le recourant a déposé des observations complémentaires.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Par exception à ce principe, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2.
En premier lieu, le recourant conteste, pour des motifs identiques, sa condamnation pour infraction par négligence à la LEaux et pour contravention à la LPE.
2.1. Le recourant ne remet pas en cause le fait que du purin provenant du domaine agricole qu'il exploite s'est écoulé dans les eaux de la rivière "C._", polluant le cours d'eau et entraînant la mort de nombreux poissons, crevettes et insectes (art. 70 al. 1 let. a LEaux), et que des déchets ont été incinérés en plein air dans l'enceinte d'un autre de ses domaines, alors qu'ils auraient dû être évacués via les filières officielles (art. 61 let. f LPE). Il considère néanmoins qu'aucun reproche ne peut lui être adressé personnellement et, partant, critique sa condamnation en application de l'art. 6 al. 2 de la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313.0). La juridiction cantonale n'aurait pas démontré que des obligations résultant de sa position de garant avaient été fautivement violées.
2.2.
2.2.1. Conformément à l'art. 6 DPA, applicable par analogie aux actes punissables en vertu de la LEaux et de la LPE (art. 73 LEaux et 62 al. 1 LPE), lorsqu'une infraction est commise dans la gestion d'une personne morale, d'une société en nom collectif ou en commandite, d'une entreprise individuelle ou d'une collectivité sans personnalité juridique ou de quelque autre manière dans l'exercice d'une activité pour un tiers, les dispositions pénales sont applicables aux personnes physiques qui ont commis l'acte (al. 1). Le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté qui, intentionnellement ou par négligence et en violation d'une obligation juridique, omet de prévenir une infraction commise par le subordonné, le mandataire ou le représentant ou d'en supprimer les effets, tombe sous le coup des dispositions pénales applicables à l'auteur ayant agi intentionnellement ou par négligence (al. 2). Lorsque le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté est une personne morale, une société en nom collectif ou en commandite, une entreprise individuelle ou une collectivité sans personnalité juridique, l'al. 2 s'applique aux organes et à leurs membres, aux associés gérants, dirigeants effectifs ou liquidateurs fautifs (al. 3).
2.2.2. La violation d'une obligation juridique au sens de l'art. 6 al. 2 DPA suppose une position de garant, soit l'existence d'une obligation juridique spécifique d'empêcher le comportement en cause en exerçant une surveillance, en donnant des instructions et en intervenant au besoin. Dans la mesure où, dans la règle, c'est au chef d'entreprise que s'adressent les normes de droit administratif, il faut admettre qu'il est juridiquement tenu d'en garantir l'application, respectivement d'en empêcher la violation (arrêt 6B_189/2009 du 20 mai 2009 consid. 3.2.3 et les références).
2.3.
2.3.1. Selon les constatations du jugement de première instance, auxquelles renvoie le jugement attaqué, le recourant a toujours été très impliqué dans la gestion de son domaine et est plutôt interventionniste. C'est d'ailleurs le recourant qui, de son propre aveu, avait ordonné que le réduit annexe à la fosse à purin soit aménagé en pièce pour la traite des vaches destinées à la consommation de viande. Il a fait installer un tuyau reliant ce local à la fosse à purin, dans l'idée d'y faire évacuer le lait. Au moment de la réalisation de ce projet, il n'a pas tenu compte du fait que la fosse à purin pouvait être relativement haute et que le purin pouvait déborder dans l'autre sens par le tuyau reliant les deux espaces et s'évacuer par le collecteur d'eaux claires qui se trouvait dans le réduit en cours d'aménagement. Or lorsque le recourant a donné l'instruction à l'un de ses employés de brasser la fosse à purin, la masse de purin est montée et s'est déversée dans le réduit par le tuyau litigieux, puis s'est écoulée dans le collecteur d'eaux claires et enfin dans la rivière. Si le recourant n'a pas agi de manière intentionnelle, il a omis de veiller à ce que ses employés prennent toutes les précautions qui s'imposaient lors de la manipulation de la fosse à purin. Au moment d'ordonner le brassage, il aurait dû demander aux employés de veiller à ce que le purin ne déborde pas et ne vienne pas souiller l'entrée de ce tuyau dont il connaissait l'existence, puisqu'il en avait conçu le plan. Il aurait également dû instruire ses employés sur le fait qu'il fallait prêter une attention particulière à la grille d'évacuation vers les eaux claires dans le réduit en cours d'aménagement.
2.3.2. S'agissant de l'incinération illicite de déchets, il a été considéré que le fait que des déchets étaient régulièrement incinérés sur le domaine ne pouvait échapper au recourant, compte tenu de sa présence régulière et de son implication dans la gestion de celui-ci. Or il n'a rien fait pour interdire cette façon de faire et veiller de manière scrupuleuse à ce que les déchets soient évacués via les filières officielles.
2.4. Le recourant ne remet pas en question les faits constatés par les autorités cantonales, mais allègue qu'il ne lui incombait aucun devoir juridique particulier. Or l'art. 6 al. 1 LEaux, selon lequel il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer, et l'art. 30c al. 2 LPE, selon lequel il est interdit d'incinérer les déchets ailleurs que dans une installation (à l'exception des déchets naturels, provenant des forêts, des champs et des jardins, si leur incinération n'entraîne pas d'immissions excessives), interdisent de façon claire et non équivoque des comportements susceptibles de porter atteinte à l'environnement. C'est au recourant qu'il incombait, en sa qualité de chef d'entreprise, de veiller à ce que les dispositions précitées soient respectées. Son omission - non contestée - de prendre des mesures et de donner des instructions adéquates à son personnel suffit ainsi à engager sa responsabilité pénale. Le grief est mal fondé.
3.
Le recourant estime en second lieu ne pas s'être rendu coupable d'appropriation illégitime au sens de l'art. 137 ch. 2 CP.
3.1. Les juridictions cantonales ont constaté que A._ avait confié au recourant le gardiennage de son troupeau de vaches. Faute de paiement de la contribution financière prévue dans le contrat, le recourant a prélevé quatorze têtes de bétail qu'il a conduites à l'abattoir. S'il est vrai que les parties au contrat avaient convenu de la possibilité d'un paiement en nature de la contribution financière, rien ne permettait de déduire que le recourant pouvait choisir lui-même les animaux à abattre et passer outre l'accord préalable de A._. Les juridictions cantonales ont par conséquent considéré que le recourant s'était approprié sans droit les vaches qui lui avaient été confiées. Il ne pouvait toutefois être retenu que le recourant avait accompli cet acte afin de se procurer un enrichissement illégitime, dans la mesure où il semblait convaincu que A._ lui devait de l'argent. Il s'agissait en l'occurrence d'un acte de justice privée auquel le recourant ne pouvait se livrer.
3.2. Le recourant estime qu'il ne pouvait y avoir appropriation illégitime dans le cas d'espèce, dès lors que le contrat qui le liait à A._ lui laissait la faculté de se payer en nature.
3.3.
3.3.1. Selon l'art. 137 CP, celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illégitime, se sera approprié une chose mobilière appartenant à autrui sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire, en tant que les conditions prévues aux art. 138 à 140 CP ne seront pas réalisées (ch.1). Si l'auteur a trouvé la chose ou si celle-ci est tombée en son pouvoir indépendamment de sa volonté, s'il a agi sans dessein d'enrichissement ou si l'acte a été commis au préjudice des proches ou des familiers, l'infraction ne sera poursuivie que sur plainte (ch. 2).
3.3.2. L'acte d'appropriation signifie tout d'abord que l'auteur incorpore économiquement la chose ou la valeur de la chose à son propre patrimoine, pour la conserver, la consommer ou pour l'aliéner; il dispose alors d'une chose comme propriétaire, sans pour autant en avoir la qualité. L'auteur doit avoir la volonté, d'une part, de priver durablement le propriétaire de sa chose, et, d'autre part, de se l'approprier, pour une certaine durée au moins. Il ne suffit pas que l'auteur ait la volonté d'appropriation, celle-ci devant se manifester par un comportement extérieurement constatable (ATF 129 IV 223 consid. 6.2.1 p. 227; 121 IV 25 consid. 1c p. 25; 118 IV 148 consid. 2a p. 151 s.). Il n'y a pas d'appropriation si d'emblée l'auteur veut rendre la chose intacte après un acte d'utilisation. Elle intervient cependant sans droit lorsque l'auteur ne peut la justifier par une prétention qui lui soit reconnue par l'ordre juridique (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3e éd. 2010, n° 11 ad art. 137 CP).
3.4. En l'occurrence, il n'est pas contesté - ni contestable - que A._ disposait contractuellement de la faculté de s'acquitter de sa dette à l'égard du recourant par le biais d'un paiement en nature, singulièrement par le transfert de têtes de bétail. Ce faisant, le recourant ne démontre pas que les juridictions cantonales auraient fait preuve d'arbitraire en considérant qu'un paiement en nature requérait l'accord préalable du propriétaire des animaux. En particulier, il n'établit pas que le contrat de garde lui octroyait formellement le droit de prélever unilatéralement des animaux dans le troupeau de A._ en cas de demeure de ce dernier. Dans ces conditions, on ne saurait reprocher aux juridictions cantonales d'avoir considéré que le recourant avait disposé sans droit de biens dont il n'était pas le propriétaire et que, partant, il s'était rendu coupable d'appropriation sans dessein d'enrichissement illégitime.
4.
Le recourant estime également n'avoir pas commis de tentative de contrainte à l'encontre de B._, agent d'affaires breveté.
4.1. Les juridictions cantonales ont considéré qu'en s'en prenant par le truchement d'un commandement de payer d'un montant - non négligeable - de 5'000 fr. au mandataire professionnel de la partie avec laquelle il était en conflit plutôt qu'à cette dernière, il ne pouvait échapper au recourant qu'il faisait notifier une poursuite injustifiée et, partant, qu'il faisait usage d'un procédé clairement illicite.
4.2. Le recourant explique que, dans la mesure où il avait reçu un commandement de payer qu'il jugeait injustifié et dommageable pour lui, il avait voulu s'en prendre à son auteur, car celui-ci avait agi de manière abusive. Affirmer dans ces circonstances que la poursuite était, aux yeux d'un non-juriste, dépourvue de tout fondement et injustifiée était arbitraire. Dirigée contre un agent d'affaires, elle ne pouvait par ailleurs constituer raisonnablement une entrave.
4.3.
4.3.1. Se rend coupable de contrainte selon l'art. 181 CP celui qui, en usant de violence envers une personne ou en la menaçant d'un dommage sérieux, ou en l'entravant de quelque autre manière dans sa liberté d'action, l'aura obligée à faire, à ne pas faire ou à laisser faire un acte.
4.3.2. Alors que la violence consiste dans l'emploi d'une force physique d'une certaine intensité à l'encontre de la victime (ATF 101 IV 42 consid. 3a p. 44), la menace est un moyen de pression psychologique consistant à annoncer un dommage futur dont la réalisation est présentée comme dépendante de la volonté de l'auteur, sans toutefois qu'il soit nécessaire que cette dépendance soit effective (ATF 117 IV 445 consid. 2b p. 448; 106 IV 125 consid. 2a p. 128) ni que l'auteur ait réellement la volonté de réaliser sa menace (ATF 105 IV 120 consid. 2a p. 122). La loi exige un dommage sérieux, c'est-à-dire que la perspective de l'inconvénient présenté comme dépendant de la volonté de l'auteur soit propre à entraver le destinataire dans sa liberté de décision ou d'action. La question doit être tranchée en fonction de critères objectifs, en se plaçant du point de vue d'une personne de sensibilité moyenne (ATF 122 IV 322 consid. 1a p. 325; 120 IV 17 consid. 2a/aa p. 19).
4.3.3. Selon la jurisprudence, la contrainte n'est contraire au droit que si elle est illicite, soit parce que le moyen utilisé ou le but poursuivi est illicite, soit parce que le moyen est disproportionné pour atteindre le but visé, soit encore parce qu'un moyen conforme au droit utilisé pour atteindre un but légitime constitue, au vu des circonstances, un moyen de pression abusif ou contraire aux moeurs (ATF 137 IV 326 consid. 3.3.1 p. 328; 134 IV 216 consid. 4.1 p. 218 et les arrêts cités).
4.3.4. Pour une personne de sensibilité moyenne, faire l'objet d'un commandement de payer d'une importante somme d'argent est, à l'instar d'une plainte pénale, une source de tourments et de poids psychologique, en raison des inconvénients découlant de la procédure de poursuite elle-même et de la perspective de devoir peut-être payer le montant en question. Un tel commandement de payer est ainsi propre à inciter une personne de sensibilité moyenne à céder à la pression subie, donc à l'entraver d'une manière substantielle dans sa liberté de décision ou d'action. Certes, faire notifier un commandement de payer lorsqu'on est fondé à réclamer une telle somme est licite. En revanche, utiliser un tel procédé comme moyen de pression pour dissuader la personne visée d'agir correctement dans sa profession est clairement abusif, donc illicite (cf. ATF 115 III 18 consid. 3, 81 consid. 3b; arrêt 6S.853/2000 du 9 mai 2001 consid. 4c).
4.4. En l'espèce, le commandement de payer était dépourvu de tout fondement, puisqu'il n'était pas adressé à la personne avec qui il était en litige mais au mandataire de celle-ci. Or faire notifier un commandement de payer à une personne contre laquelle on n'est pas fondé à réclamer quoi que ce soit est une démarche clairement illicite. Par ce moyen, le recourant voulait dissuader B._ de poursuivre les démarches entreprises pour le compte de son mandant auprès des autorités de poursuite. L'entrave à la liberté que constitue le procédé utilisé est, d'un point de vue objectif, loin d'être légère. La notification d'un commandement de payer est propre en effet, pour un destinataire raisonnable, à l'amener à adopter un comportement qu'il n'aurait pas eu s'il avait eu toute sa liberté de décision ou d'action, et cela même si le montant du commandement pouvait de prime abord ne pas apparaître très élevé. Le recourant admet d'ailleurs dans son recours que son action constituait un acte de représailles au commandement de payer dont il avait fait l'objet. Dans ce contexte, il importe peu que la démarche du recourant n'ait eu que peu de chances d'impressionner un agent d'affaires breveté, car l'aptitude subjective à résister à une telle démarche ne constitue pas un critère dont il convient de tenir compte. Dans la mesure où B._ ne s'est effectivement pas laissé intimider par la démarche du recourant, puisqu'il a fait opposition au commandement de payer, c'est à juste titre que les juridictions cantonales ont retenu la seule tentative de contrainte.
5.
Le recourant conteste ensuite la valeur retenue à titre de jour-amende.
5.1. La juridiction précédente a estimé que le montant de 1'000 fr. avait été calculé par la juridiction de première instance sur des bases correctes, soit un revenu de 440'000 fr. par an et une fortune imposable de 5'136'000 francs. Les frais de logement n'avaient pas à être pris en compte, tandis que les frais professionnels et les charges d'assurance-maladie avaient été inclus dans le calcul par le biais des déductions fiscales. Dans tous les cas, le montant des revenus excédait encore de plusieurs dizaines de milliers de francs le revenu annuel de 365'000 fr. correspondant à un montant de 1'000 fr. retenu pour le jour-amende.
5.2. Le recourant reproche à la juridiction précédente de n'avoir pas tenu compte dans le cadre de la détermination du montant du jour-amende du montant de ses impôts (au moins 180'000 fr.), du fait qu'il avait encore trois enfants majeurs à charge ainsi que de ses autres frais (logement, assurances, frais d'acquisition du revenu, minimum d'existence). A son avis, le revenu net déterminant pour la fixation du montant du jour-amende ne s'élevait pas à plus de 50'000 francs.
5.3.
5.3.1. Selon l'art. 34 al. 2, 2ème phrase, CP, le juge fixe le montant du jour-amende selon la situation personnelle et économique de l'auteur au moment du jugement, notamment en tenant compte de son revenu et de sa fortune, de son mode de vie, de ses obligations d'assistance, en particulier familiales, et du minimum vital.
5.3.2. Le montant du jour-amende doit être fixé en partant du revenu que l'auteur réalise en moyenne quotidiennement, quelle qu'en soit la source, car c'est la capacité économique réelle de fournir une prestation qui est déterminante. Constituent des revenus, outre ceux d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, notamment les revenus d'une exploitation industrielle, agricole ou forestière, ainsi que les revenus de la fortune (loyers et fermages, intérêts du capital, dividendes, etc.), les contributions d'entretien de droit public ou privé, les prestations d'aide sociale ainsi que les revenus en nature. Ce qui est dû en vertu de la loi ou ce dont l'auteur ne jouit pas économiquement doit en être soustrait. Il en va ainsi des impôts courants, des cotisations à l'assurance-maladie et accidents obligatoire, ou encore des frais nécessaires d'acquisition du revenu, respectivement pour les indépendants, des frais justifiés par l'usage de la branche. Le principe du revenu net exige que seul le disponible excédant les frais d'acquisition du revenu soit pris en considération, dans les limites de l'abus de droit. L'évaluation du revenu net peut, dans la règle, être effectuée sur la base des données de la déclaration d'impôt (cf. art. 34 al. 3 CP). La notion pénale de revenu au sens de l'art. 34 al. 2 CP ne se confond cependant pas avec celle du droit fiscal, ce qui peut notamment avoir une incidence pour les indépendants, les propriétaires d'habitations ou les bénéficiaires de bourses. Si les revenus fluctuent fortement, il est nécessaire de se référer à une moyenne représentative des dernières années, sans que cela remette en cause le principe selon lequel la situation déterminante est celle existant au moment où statue le juge du fait. Cette règle ne signifie en effet rien d'autre que le tribunal doit établir de manière aussi exacte et actuelle que possible la capacité économique de l'intéressé, en tenant compte si possible de la période durant laquelle la peine pécuniaire devra être payée. Il s'ensuit que les augmentations ou les diminutions attendues du revenu doivent être prises en considération. Elles ne doivent toutefois l'être que si elles sont concrètes et imminentes (ATF 134 IV 60 consid. 6.1 p. 68; arrêt 6B_845/2009 du 11 janvier 2010 consid. 1.1.2, in SJ 2010 I 205).
5.3.3. La loi mentionne encore la fortune comme critère d'évaluation. Il s'agit de la substance même du patrimoine, les fruits de ce dernier constituant déjà des revenus. La mesure dans laquelle l'étendue de la fortune influence la fixation du jour-amende résulte du sens et du but de la peine pécuniaire. Celui qui subvient à ses besoins par ses revenus courants, doit s'acquitter de la peine pécuniaire au moyen de ces derniers et se laisser ainsi restreindre dans son train de vie habituel, qu'il s'agisse de revenus du travail, de la fortune ou de rentes. Qu'il y ait ou non de la fortune ne justifie de la sorte respectivement ni augmentation ni diminution de la quotité du jour-amende. La peine pécuniaire tend en effet avant tout à toucher l'auteur dans ses revenus et non dans les sources de ces derniers. On ne voit pas non plus que l'auteur, qui par ses propres moyens ou en ayant par le passé renoncé à consommer a accumulé de la fortune, doive être moins bien traité que celui qui, dans le même temps, a consommé ses revenus. La peine pécuniaire ne peut tendre à la confiscation totale ou partielle de la fortune. Cette dernière ne doit donc être prise en compte qu'à titre subsidiaire pour fixer la quotité du jour-amende, lorsque la situation patrimoniale, particulière, contraste avec un revenu comparativement faible. En d'autres termes, elle demeure significative lorsque l'auteur vit de toute façon de la substance même de sa fortune. Cette dernière constitue un élément pertinent dans la mesure où l'auteur en tire sa subsistance quotidienne (ATF 134 IV 60 consid. 6.2 p. 69; voir également arrêt 6B_83/2010 du 8 juillet 2010 consid. 5.1.3 in fineet 5.2).
5.3.4. La loi mentionne aussi spécialement d'éventuelles obligations d'assistance, familiales en particulier. La raison en est que les membres de la famille ne doivent, autant que possible, pas être affectés par la restriction apportée au train de vie. Le revenu net doit être amputé des montants dus à titre d'entretien ou d'assistance, pour autant que le condamné s'en acquitte effectivement. Le tribunal peut, dans une large mesure, se référer aux principes du droit de la famille en ce qui concerne le calcul de ces montants. D'autres charges financières ne peuvent être prises en compte que dans le cadre de la situation personnelle. Des engagements plus importants de l'auteur, préexistants et indépendants des faits (p. ex. des paiements par acomptes pour des biens de consommation), n'entrent en principe pas en ligne de compte. Si tout type d'engagement financier devait être déduit, l'auteur obéré ou tenu de s'acquitter d'acomptes ou par un leasing se verrait mieux traité que celui qui n'a pas de telles charges. En règle générale, les intérêts hypothécaires et les frais de logement ne peuvent pas être déduits. Il n'y a pas lieu non plus de prendre en considération les obligations qui sont la conséquence directe ou indirecte des faits (dommages-intérêts, tort moral, frais judiciaires, etc.). Si l'auteur a reconnu le dommage et qu'il s'acquitte déjà avant le jugement de sommes en mains du lésé, cette circonstance doit être prise en compte dans le cadre du repentir et de la réparation du dommage pour fixer le nombre des jours-amende (art. 48 let. d CP) ainsi que dans le pronostic pour l'octroi du sursis à la peine pécuniaire (art. 42 al. 1 à 3 CP). Il est exclu d'en tenir compte cumulativement lors de la fixation du montant des jours-amende. Des charges financières extraordinaires peuvent en revanche conduire à une réduction lorsqu'elles correspondent à des besoins financiers accrus résultant de la situation de l'auteur et indépendants de sa volonté (ATF 134 IV 60 consid. 6.4 p. 70; arrêt 6B_845/2009 du 11 janvier 2010 consid. 1.1.4 in SJ 2010 I 205).
5.4. En l'occurrence, le recourant démontre à satisfaction de droit que la juridiction précédente n'a, au moment de fixer le montant du jour-amende, pas soustrait des revenus réalisés les impôts courants dus. Contrairement à ce que soutiennent la juridiction précédente et le Ministère public, il ne se justifie pas de tenir compte de la fortune du recourant; les conditions fixées par la jurisprudence pour qu'elle soit prise en considération ne sont manifestement pas remplies, dès lors qu'il n'est pas établi que le recourant vit de la substance même de sa fortune. De même n'y a-t-il pas lieu d'examiner la prise en considération d'autres charges financières, faute pour le recourant d'établir le caractère erroné de la motivation du jugement attaqué à leur propos. Quant à l'allégation selon laquelle ses trois enfants seraient encore à sa charge, le grief, invoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral, est nouveau et, partant, irrecevable.
5.5. Le vice peut être corrigé directement, sans renvoi à l'autorité précédente (art. 107 al. 2 LTF). Il ressort du dossier que la charge fiscale découlant d'un revenu net de 440'000 fr. s'élève à env. 210'000 francs. Dans ces conditions, il apparaît adéquat de fixer la valeur du jour-amende à 630 francs.
6.
En tant que le recourant critique le montant à son avis exorbitant de l'amende prononcée à son encontre eu égard aux infractions dont il a été libéré, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant le grief. Dans la mesure où le présent arrêt confirme les condamnations prononcées par la juridiction cantonale d'appel et compte tenu du fait que le recourant n'explique pas, de manière précise et détaillée, en quoi, au vu de l'ensemble des circonstances, les magistrats cantonaux auraient, en confirmant le montant de l'amende fixée par la juridiction de première instance afin de sanctionner les nombreuses contraventions commises, abusé de leur pouvoir d'appréciation et, partant, violé le droit fédéral, il n'y a pas lieu de s'écarter de la peine retenue.
7.
Pour finir, le recourant s'oppose à sa condamnation au paiement d'une créance compensatrice de 20'000 francs.
7.1. La juridiction cantonale d'appel a constaté, contrairement à ce qu'avait retenu la juridiction de première instance, que la contravention concernant la location de logements sans permis d'habiter n'était pas prescrite, le comportement illicite du recourant se poursuivant encore à ce jour. Le total annuel des loyers correspondant aux logements sans permis d'habiter s'élevait à 20'700 fr. pour les chambres et à 36'000 fr. pour les appartements, soit un total de 56'700 fr. par année pour l'ensemble des logements litigieux. Bien qu'il ne représentât qu'une faible partie des loyers encaissés au cours de la période allant de 2011 à 2014, le montant de la créance compensatrice a été fixé à 20'000 fr., au motif notamment que le recourant avait fourni des logements à divers ouvriers et leur famille et que cette contre-prestation n'apparaissait pas illicite d'un point de vue contractuel.
7.2. Le recourant estime que la juridiction cantonale ne pouvait ordonner le prononcé d'une créance compensatrice, dès lors que l'occupation d'un local sans permis d'habiter ne constitue pas un délit pénal. Pour qu'elle puisse l'être, il aurait fallu que l'autorité administrative ait statué en temps utile sur l'octroi du permis d'habiter et prononcé un ordre de vider les lieux assorti d'une menace pénale au sens de l'art. 292 CP. Dans la mesure où rien de tel n'avait été fait, il ne pouvait y avoir d'occupation illicite et, partant, de profit illicite et de créance compensatrice.
7.3. L'infraction prise en considération est réprimée par une norme de droit cantonal (art. 128 LATC). La créance compensatrice repose ainsi sur les art. 70 et 71 CP appliqués à titre de droit cantonal supplétif que le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire. En vertu de l'art. 70 al. 1 CP, le juge prononce la confiscation des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits. Aux termes de l'art. 71 al. 1, 1ère phrase, CP, lorsque les valeurs patrimoniales à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne leur remplacement par une créance compensatrice de l'État d'un montant équivalent.
7.4. Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion par le passé de constater que l'utilisation de locaux sans le permis requis en vertu de l'art. 128 LATC constituait une infraction pénale aux prescriptions de la LATC, singulièrement un délit continu (arrêt 1P.48/2002 du 6 mars 2002). Dans la mesure où le recourant semble soutenir le contraire, le grief est par conséquent mal fondé. Rien n'indique par ailleurs - le recourant ne l'établit en tous cas pas - que les autorités compétentes avaient délivré un permis d'habiter les locaux litigieux. Certes le recourant se réfère-t-il à un document attestant d'une visite de contrôle en vue de la délivrance d'un permis d'habiter qui se serait déroulée le 16 novembre 2010. Outre que ce document, produit pour la première fois en procédure fédérale, constitue un moyen de preuve nouveau qui n'est pas recevable devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF), on ne saurait déduire de cette pièce que les autorités compétentes ont délivré un permis d'habiter. L'existence de la contravention n'étant par conséquent pas remise en cause, il n'y a pas lieu de remettre en question le bien-fondé de la créance compensatrice, singulièrement le montant de celle-ci. La question de savoir si la juridiction cantonale d'appel a opéré une confusion quant au statut des différents locaux mis à disposition par le recourant peut demeurer indécise, faute pour celui-ci de présenter une argumentation claire et motivée sur ce point.
8.
8.1. Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis et le jugement cantonal réformé en tant qu'il porte sur la valeur du jour-amende.
8.2. Dans la mesure où le recourant succombe sur l'essentiel des points déférés devant le Tribunal fédéral, il doit assumer une partie des frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF) et n'a droit qu'à des dépens réduits à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 LTF).
8.3. La cause étant tranchée, le requête d'effet suspensif devient sans objet.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 17 novembre 2015 est réformé en ce sens que la valeur du jour-amende est fixée à 630 francs. Pour le surplus, le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le canton de Vaud versera au recourant le montant de 1'500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 2 juin 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Piguet


facts:
Sachverhalt:
A.
A.a. Die Stadt Zürich plant eine Erneuerung des Seewasserwerks Moos, das über eine Kapazität von 100'000m 3 pro Tag verfügt. Die Arbeiten sollen bei laufendem Betrieb und unter Erhaltung denkmalgeschützter Gebäude erfolgen. Zur Vergabe von Ingenieurleistungen für die Planung und Projektierung dieses Vorhabens eröffnete die Stadt Zürich mit Ausschreibung vom 17. Juli 2015 ein offenes Submissionsverfahren.
Gemäss den allgemeinen Submissionsbedingungen galten folgende Zuschlagskriterien:
- Qualität des Angebots: 30% - Honorarofferte: 30% - Referenzen: 20% - Qualifikation des Anbieters: 20%
Das Honorar war auf der Grundlage einer Kostenschätzung der Stadt Zürich für verschiedene Projektphasen (Vorprojekt, Bauprojekt, Bewilligungsprojekt) als Pauschale zu offerieren. Für weitere Projektphasen (Ausschreibung für das Gesamtprojekt, Ausführungsprojekt, Ausführung und Inbetriebnahme/Abschluss) mussten verbindliche Faktoren offeriert werden, die nach Vorliegen eines Kostenvoranschlags für das Bauprojekt als Grundlage für die Pauschalisierung des restlichen Honorars dienen sollen. Zusatzleistungen sollen nur separat in Rechnung gestellt werden können, wenn sie schriftlich verlangt werden.
Zur Bewertung des Zuschlagskriteriums "Honorarofferte" führten die Submissionsbedingungen als Unterkriterien die Offertsumme, die Ansätze für Zusatzaufträge sowie die Plausibilität der Honorarofferte auf, letzteres Unterkriterium versehen mit dem Hinweis, dass "Abzüge für nicht plausible Annahmen oder Berechnungen vorgenommen" würden. Soweit aus den Akten ersichtlich wurden die Submissionsbedingungen nicht angefochten.
A.b. Für den Auftrag gingen drei Offerten über Fr. 5'938'839.-- (X._ AG), Fr. 7'408'504.-- (Y._ GmbH [fortan: Y._ GmbH]) und Fr. 11'833'039.44 (Z._ AG) ein. Die Auswertung der Offerten durch die Stadt Zürich ergab für die hier interessierenden Bewerber X._ AG und Y._ GmbH folgendes Ergebnis (gerundet) :
Qualität Honorar Referenzen Qualifikation Total Y._ 27,5 24,8 19,0 18,4 89,6 X._ 23,9 27,8 15,7 18,5 85,8
Bei der Bewertung des Zuschlagskriteriums "Honorarofferte" gewichtete die Stadt Zürich die Unterkriterien Offertsumme mit 70%, die Ansätze für Zusatzleistungen mit 10% und die Plausibilität der Honorarofferte mit 20%.
A.c. Der Stadtrat der Stadt Zürich erteilte der Y._ GmbH mit Beschluss vom 9. Dezember 2015 zu einem Preis von Fr. 6'799'426.-- (ohne Mehrwertsteuer) den Zuschlag.
B.
Die X._ AG erhob dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Während die Stadt Zürich auf Abweisung der Beschwerde schloss, reichte die Y._ GmbH keine Stellungnahme ein.
Das Verwaltungsgericht kam zum Ergebnis, dass die Stadt Zürich mehrere Zuschlagskriterien falsch bewertet habe. Es erachtete unter anderem das Unterkriterium "Plausibilität" im Rahmen des Zuschlagskriteriums "Honorarofferte" als unzulässig. An dessen Stelle erhöhte es die Gewichtung der verbleibenden Unterkriterien "Offertsumme" und "Ansätze für Zusatzleistungen" um je 25%. Aufgrund von weiteren, hier nicht näher interessierenden Korrekturen gelangte das Verwaltungsgericht schliesslich zu folgender Bewertung:
Qualität Honorar Referenzen Qualifikation Total Y._ 27,5 23,5 19,0 18,9 88,9 X._ 24,2 29,5 17,7 19,2 90,6
Entsprechend hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde in Aufhebung des Vergabeentscheids mit Urteil vom 27. September 2016 gut und wies die Sache an die Stadt Zürich zurück, damit diese der X._ AG den Zuschlag erteile.
C.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts gelangen die Stadt Zürich und die Y._ GmbH mit je separaten Eingaben an das Bundesgericht.
C.a. Die Stadt Zürich erhebt mit ihrer Eingabe Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiäre Verfassungsbeschwerde (Verfahren 2C_1021/2016). Sie verlangt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und die Bestätigung des Zuschlags an die Y._ GmbH, eventualiter die Rückweisung der Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz. Die Y._ GmbH pflichtet den Vorbringen der Stadt Zürich bei und beantragt die Vereinigung der beiden Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016.
C.b. Die Y._ GmbH erhebt ihrerseits ausschliesslich subsidiäre Verfassungsbeschwerde und verlangt die Aufhebung des angefochtenen Urteils unter gleichzeitiger Bestätigung des an sie erteilten Zuschlags (Verfahren 2D_39/2016). Die Stadt Zürich beantragt die Gutheissung der Beschwerde sowie die Vereinigung der beiden Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016.
C.c. Die X._ AG beantragt in beiden Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016 auf die Rechtsmittel nicht einzutreten, eventualiter sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht Zürich schliesst ebenfalls auf Abweisung der Rechtsmittel, soweit auf sie einzutreten ist.
Die zur Vernehmlassung eingeladene Wettbewerbskommission vertritt die Auffassung, dass das Unterkriterium "Plausibilität" zu einer ungerechtfertigten Benachteiligung von besonders effizienten oder innovativen Anbieterinnen führt und mit Art. 5 des Bundesgesetzes über den Binnenmarkt (Binnenmarktgesetz, BGBM; SR 943.02) nicht vereinbar ist.
In freiwilligen Stellungnahmen halten die Parteien jeweils an ihren Anträgen und der Begründung fest.
C.d. Mit Verfügungen vom 28. November 2016 hat der Abteilungspräsident den Beschwerden der Stadt Zürich und der Y._ GmbH antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt.

considerations:
Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 BGG; BGE 141 II 113 E. 1 S. 116).
I. Eintretensvoraussetzungen Verfahren 2C_1021/2016
2.
Die Beschwerde der Stadt Zürich im Verfahren 2C_1021/2016 richtet sich gegen einen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG).
2.1. Streitgegenstand ist die Vergabe von Ingenieurleistungen im Zusammenhang mit der Planung und Projektierung der Erneuerung eines Trinkwasserwerks der Stadt Zürich. Die Vergabe dieses Auftrags fällt in den subjektiven und objektiven Anwendungsbereich des Übereinkommens vom 15. April 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (SR 0.632.231.422; nachfolgend: GPA), wie sich aus dessen Art. I Ziff. 1 i.V.m. Anhang I Annex 3 Ziff. 1 sowie Anhang I Annex 4 (Ziff. 867 der zentralen Produktklassifikation) ergibt. Der Auftragswert überschreitet ausserdem den Schwellenwert von Fr. 700'000.-- für Dienstleistungen in den Sektoren Wasser, Energie, Verkehr und Telekommunikation (vgl. Anhang 1 lit. a des Gesetzes des Kantons Zürich vom 15. September 2003 über den Beitritt zur revidierten Interkantonalen Vereinbarung über das öffentliche Beschaffungswesen vom 15. März 2001 [Beitrittsgesetz; LS 720.1]). Es liegt ein Entscheid auf dem Gebiet öffentlicher Beschaffungen vor.
2.1.1. Gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen ist nach Art. 83 lit. f BGG die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgeschlossen, wenn der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags weder den im Zeitpunkt der Beschwerdeeinreichung massgebenden Schwellenwert des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (Beschaffungsgesetz, BöB; SR 172.056.1) noch jenen des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über bestimmte Aspekte des öffentlichen Beschaffungswesens (SR 0.172.052.68) erreicht oder wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (Art. 83 lit. f BGG; vgl. BGE 141 II 14 E. 1.2 S. 20 f.; 133 II 396 E. 2.1 S. 398).
2.1.2. Bei der Frage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG muss es sich um eine Rechtsfrage aus dem Gebiet des öffentlichen Beschaffungsrechts handeln (vgl. BGE 141 II 14 E. 1.2.2.1 S. 21; 134 II 192 E. 1.3 S. 195). Keine Grundsatzfrage stellt die Anwendung rechtsprechungsgemässer Prinzipien auf einen Einzelfall dar. Der blosse Umstand, dass die aufgeworfene Rechtsfrage noch nie entschieden wurde, genügt ebenfalls nicht, um ihr grundsätzlichen Charakter zu verleihen. Vielmehr muss es sich um eine Rechtsfrage handeln, deren Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann und die von ihrem Gewicht her nach einer höchstrichterlichen Klärung ruft (vgl. BGE 141 II 14 E. 1.2.2.1 S. 21; 138 I 143 E. 1.1.2 S. 147; Urteil 2C_91/2013 vom 23. Juli 2013 E. 1.1.2 [nicht publ. in: BGE 139 II 489]). Im Rahmen ihrer Begründungspflicht hat die Beschwerdeführerin darzutun, dass die Voraussetzung nach Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG erfüllt ist (Art. 42 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 141 II 113 E. 1.2 S. 116 f.; 141 II 14 E. 1.2.2.1 S. 21; 133 II 396 E. 2.2 S. 398 f.). Wenn sich ergibt, dass eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung vorliegt, beschränkt sich die bundesgerichtliche Prüfung nicht auf die Beurteilung der Grundsatzfrage. Das Bundesgericht prüft die Beschwerde in diesem Fall nach Massgabe der Art. 95 ff. und Art. 105 ff. umfassend (vgl. BGE 141 II 113 E. 1.4.5 S. 122; 141 II 14 E. 1.2.2.4 S. 22 f.).
2.1.3. Die Stadt Zürich macht geltend, dass die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig sei. Sie unterbreitet dem Bundesgericht folgende Rechtsfrage, der sie grundsätzlichen Charakter beimisst:
"Ist es zulässig, beim Zuschlagskriterium Preis neben den Unterkriterien Preis für Gesamtangebot und Preis für Stundenansätze ein Unterkriterium 'Plausibilität' anzuwenden und bei fraglicher Plausibilität (z.B. wegen massiver Unterschreitung der mit üblichen Faktoren gemäss SIA-Ordnung errechneten Stundenaufwände oder aufgrund von Einschränkungen des verlangten Leistungsumfanges) Punkteabzüge vorzunehmen, wenn dieses Unterkriterium und das Bewertungsvorgehen mit Punkteabzügen in der Ausschreibung bekanntgegeben wurden?"
2.1.4. Die Rechtsfrage, wie sie von der Stadt Zürich aufgeworfen wird, ist in dieser Form eng verknüpft mit dem konkreten Einzelfall, sodass ihr grundsätzlicher Charakter auf den ersten Blick fraglich erscheint. Im Kern geht es jedoch um die Klärung der Frage, ob und unter welchen Voraussetzungen ein Unterkriterium "Plausibilität" im Rahmen des Zuschlagskriteriums "Preis" zulässig ist. Ausdrücklich zu beantworten hatte das Bundesgericht diese Frage soweit ersichtlich noch nicht: Im Rahmen einer subsidiären Verfassungsbeschwerde war nicht grundsätzlich umstritten und vom Bundesgericht entsprechend nicht näher zu prüfen (vgl. Art. 116 BGG, Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG), ob ein Unterkriterium "Plausibilität der Stunden" zur Bewertung des Hauptkriteriums "Angebotspreis" herangezogen werden darf (vgl. Urteil 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 6 und E. 7). In einem weiteren Verfahren konnte offen bleiben, ob ungewöhnlich niedrige Angebote mit einem Bewertungsabzug sanktioniert werden dürfen (vgl. BGE 130 I 241 E. 7.1-7.3 S. 253 ff.). Mit Blick auf die erwähnten Urteile und das vorliegende Verfahren zeigt sich allerdings, dass im Anwendungsbereich des GPA und des Binnenmarktgesetzes unterschiedliche kantonale Rechtsprechung zur Zulässigkeit eines Unterkriteriums "Plausibilität" im Rahmen des Zuschlagskriteriums "Preis" besteht.
2.1.5. Angesichts dessen kommt der aufgeworfenen Rechtsfrage für die Vergabepraxis grundsätzliche Bedeutung zu. Sie bedarf der Klärung durch das Bundesgericht. Der Wert des streitgegenständlichen Auftrags überschreitet jenen nach Art. 83 lit. f Ziff. 1 BGG in der Höhe von Fr. 700'000.-- (vgl. Art. 1 lit. d der Verordnung des WBF vom 23. November 2015 über die Anpassung der Schwellenwerte im öffentlichen Beschaffungswesen für die Jahre 2016 und 2017 [Schwellenwerteverordnung; SR 172.056.12]). Die von der Stadt Zürich erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Verfahren 2C_1021/2016) ist daher zulässig. Bei dieser Ausgangslage verbleibt für die von der Stadt Zürich ebenfalls erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde kein Raum (Art. 113 BGG). Auf sie ist nicht einzutreten.
2.2. Das Rechtsmittel der Stadt Zürich richtet sich gegen das kantonal letztinstanzliche Urteil eines oberen Gerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Gemeinden sind nach Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG zur Beschwerde berechtigt, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt. Zu den von Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG angesprochenen Garantien zählt insbesondere die von der Bundesverfassung und vom kantonalen Recht ausdrücklich gewährleistete Autonomie als Gemeinde (vgl. Art. 50 Abs. 1 und Art. 189 Abs. 1 lit. e BV, Art. 85 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 [SR 131.211]; BGE 140 I 90 E. 1.1 S. 92; 138 I 143 E. 1.3.1 S. 148 f.; Urteil 2C_756/2015 vom 3. April 2017 E. 1.3.4). Für das Eintreten auf das Rechtsmittel ist entscheidend, dass die Gemeinde durch einen Akt in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt berührt ist und sie sich auf ihre Gemeindeautonomie beruft. Ob die beanspruchte Autonomie besteht und ob sie im konkreten Fall verletzt ist, stellt nicht eine Frage des Eintretens dar, sondern ist Gegenstand der materiellen Beurteilung (BGE 140 I 90 E. 1.1 S. 92; 136 I 404 E. 1.1.3 S. 407; Urteil 2C_886/2015 vom 16. November 2016 E. 1.1 [nicht publ. in: BGE 142 I 177]).
Die Stadt Zürich wird durch das vorinstanzliche Urteil dazu verhalten, einen öffentlichen Auftrag anders zu vergeben, als sie dies selber wollte. Dies berührt sie in ihrer Funktion als Trägerin hoheitlicher Gewalt (vgl. BGE 138 I 143 E. 1.3.2 S. 149 mit Hinweis). Gleichzeitig führt sie aus, dass sie mit dem angefochtenen Entscheid gezwungen werde, den Auftrag zur Erfüllung einer ihrer öffentlichen Aufgaben anders zu vergeben als sie selber will und nicht dem wirtschaftlich günstigsten Angebot den Zuschlag zu erteilen. Sie beruft sich dabei auf ihre Gemeindeautonomie, die sich grundsätzlich auch auf den Bereich des öffentlichen Beschaffungswesens erstreckt (vgl. BGE 140 I 285 E. 1.2 S. 291; 138 I 143 E. 3.1 S. 150). Die Beschwerdeberechtigung der Stadt Zürich ist folglich gegeben (Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG).
2.3. Die Vorinstanz hat die Zuschlagsverfügung der Stadt Zürich vom 9. Dezember 2015 aufgehoben und die Sache an den Stadtrat zurückgewiesen, damit dieser der Beschwerdegegnerin den Zuschlag erteile. Formal handelt es sich beim angefochtenen Urteil zwar um einen Zwischenentscheid, der das Verfahren nicht definitiv zum Abschluss bringt. Der Stadt Zürich verbleibt im Hinblick auf die Zuschlagserteilung jedoch kein Entscheidungsspielraum mehr, sodass materiell ein Endentscheid vorliegt, gegen den die Beschwerde zulässig ist (Art. 90 BGG; BGE 141 II 14 E. 1.1 S. 20; 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist einzutreten (Art. 42 Abs. 2 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
II. Eintretensvoraussetzungen Verfahren 2D_39/2016
3.
Im Verfahren 2D_39/2016 erhebt die Y._ GmbH innert Frist (Art. 117 i.V.m. Art. 100 Abs. 1 BGG) subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts. Diese ist grundsätzlich zulässig, zumal die Y._ GmbH keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung aufwirft (Art. 113 i.V.m. Art. 83 lit. f Ziff. 2, Art. 114 i.V.m. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG; vgl. E. 2.1.1 hiervor).
3.1. Näher zu prüfen ist die Beschwerdeberechtigung der Y._ GmbH. Ein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von Art. 115 lit. b BGG liegt im Bereich des öffentlichen Vergabewesens vor, wenn die nicht berücksichtigte Bewerberin eine reelle Chance hätte, im Falle der Gutheissung ihres Rechtsmittels den Zuschlag zu erhalten (BGE 141 II 14 E. 4.1 S. 27 mit Hinweisen; Urteil 2C_257/2016 vom 16. September 2016 E. 1.3). Das trifft bei der Y._ GmbH als ursprünglicher Zuschlagsempfängerin und zweitplatzierter Anbieterin nach dem verwaltungsgerichtlichen Verfahren offenkundig zu.
3.2. Umstritten ist die formelle Beschwer der Y._ GmbH. Nach Art. 115 lit. a BGG ist zur Verfassungsbeschwerde berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat. Im vorinstanzlichen Verfahren reichte die Y._ GmbH keine Stellungnahme ein, nachdem die Vorinstanz dazu Gelegenheit eingeräumt und gleichzeitig darauf hingewiesen hatte, dass die Y._ GmbH mit allfälligen Anträgen nach kantonalem Verwaltungsverfahrensrecht Parteistellung erhalten würde. Aus bundesrechtlicher Sicht ist die Y._ GmbH als ursprüngliche Zuschlagsempfängerin jedoch unabhängig von einer aktiven Teilnahme am vorinstanzlichen Verfahren notwendige Gegenpartei der Beschwerdegegnerin (Art. 115 lit. a BGG; vgl. Urteile 2C_582/2016 vom 22. Mai 2017 E. 7 [zur Publikation vorgesehen]; 2C_658/2016 vom 25. August 2016 E. 4.2 mit Hinweisen). Das den Prozessgegenstand bildende Rechtsverhältnis (Vergabe eines öffentlichen Auftrags im Anwendungsbereich des GPA, vgl. E. 2.1 hiervor) zeichnet sich gerade dadurch aus, dass es in persönlicher Hinsicht eine ausschliessliche Rechtsposition vermittelt, um die sich die Y._ GmbH mit ihrer Teilnahme am Submissionsverfahren bereits im unterinstanzlichen Verfahren erfolgreich beworben hatte. Die Erteilung des Zuschlags an sie zieht daher zwangsläufig ihre Teilnahme im Sinne von Art. 115 lit. a BGG (bzw. Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG) am kantonalen Beschwerdeverfahren nach sich, ohne dass die Y._ GmbH noch förmlich mit Anträgen und einer Vernehmlassung im kantonalen Gerichtsverfahren hätte aktiv werden müssen. Damit ist die Y._ GmbH im bundesgerichtlichen Verfahren formell beschwert und zur Erhebung der subsidiären Verfassungsbeschwerde berechtigt (Art. 115 BGG; vgl. Urteil 2P.153/2001 vom 18. Oktober 2001 E. 1a; PETER GALLI/ ANDRÉ MOSER/ELISABETH LANG/MARC STEINER, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 3. Aufl. 2013, Rz. 1303 S. 645).
3.3. Auf die Beschwerde der Y._ GmbH im Verfahren 2D_39/2016 ist entsprechend einzutreten.
III. Vereinigung der Verfahren
4.
4.1. Die beiden Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016 betreffen dasselbe Anfechtungsobjekt und denselben Sachverhalt. Die Stadt Zürich (als Beschwerdeführerin im Verfahren 2C_1021/2016) und die Y._ GmbH (als Beschwerdeführerin im Verfahren 2D_39/2016) beantragen beide die Vereinigung der Verfahren. Zudem fechten sie das vorinstanzliche Urteil übereinstimmend in zwei Punkten an, nämlich in Bezug auf die Zulässigkeit des Unterkriteriums "Plausibilität" und die Bewertung des Zuschlagskriteriums "Referenzen". Aufgrund ihrer engen sachlichen Nähe erscheint eine Vereinigung der beiden Verfahren als geboten (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP [SR 273]).
4.2. Zu beachten bleibt, dass die Y._ GmbH im Unterschied zur Stadt Zürich nur subsidiäre Verfassungsbeschwerde einlegt und konsequenterweise keine Ausführungen dazu macht, dass sich eine Frage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG). Die falsche Bezeichnung eines Rechtsmittels allein schadet im bundesgerichtlichen Verfahren zwar grundsätzlich nicht (vgl. BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399; Urteil 2C_187/2016 vom 31. Januar 2014 E. 1.2 [nicht publ. in: BGE 140 II 112]), was dafür sprechen würde, das Rechtsmittel der Y._ GmbH als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu behandeln. Dem steht jedoch entgegen, dass die Y._ GmbH ausdrücklich nur subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhebt und von den Beschwerdeführenden im Rahmen ihrer Begründungspflicht praxisgemäss Ausführungen zum Vorliegen einer Grundsatzfrage verlangt werden, damit auf eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingetreten werden kann (Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG; vgl. E. 2.1.2 hiervor und GIOVANNI BIAGGINI, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 2 zu Art. 119 BGG). Hinzu kommt, dass ein Absenken der Begründungsanforderungen im Zusammenhang mit der Voraussetzung nach Art. 83 lit. f Ziff. 2 BGG mit prozessualen Nachteilen für die X._ AG verbunden sein könnte, die sachlich nicht gerechtfertigt sind. Abgesehen von möglichen Auswirkungen auf das materielle Verfahrensergebnis gilt dies namentlich mit Blick auf ihren Anspruch auf rechtliches Gehör und die Kostenverteilung.
4.3. Aus diesem Grund sind die beiden Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016 zwar zu vereinigen, die von den Beschwerdeführern vorgebrachten Rügen behandelt das Bundesgericht aber je nach den Vorschriften über die entsprechende Beschwerdeart (vgl. auch Art. 119 Abs. 3 BGG).
IV. Kognition und massgebender Sachverhalt
5.
5.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Stadt Zürich alle Rechtsverletzungen nach Art. 95 rügen. Dazu zählen Verstösse gegen Bundes- und Völkerrecht (Art. 95 lit. a und lit. b BGG) sowie interkantonales Recht (Art. 95 lit. e BGG). Abgesehen von kantonalen verfassungsmässigen Rechten und Bestimmungen über politische Rechte (Art. 95 lit. c und lit. d BGG) wird hingegen die Anwendung kantonalen Rechts als solche durch das Bundesgericht nicht überprüft. Diesbezüglich ist nur die Rüge möglich, die Anwendung kantonalen Rechts widerspreche dem in Art. 95 BGG genannten Katalog von Rechtsnormen, wozu auch das Willkürverbot zählt (Art. 95 lit. a BGG i.V.m. Art. 9 BV; vgl. BGE 142 II 369 E. 2.1 S. 372). Das Recht wird vom Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen angewendet (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es jedoch nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde klar und detailliert vorgebracht und begründet worden ist (qualifizierte Rügepflicht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 142 II 369 E. 2.1 S. 372; 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.).
5.2. Die Y._ GmbH ist im Rahmen der von ihr erhobenen subsidiären Verfassungsbeschwerde nur befugt, die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend zu machen (Art. 116 BV). Weil die Anbieter im öffentlichen Beschaffungsrecht ein rechtlich geschütztes Interesse an der Einhaltung der entsprechenden Gesetzgebung haben, ist sie insbesondere zur Rüge einer willkürlichen Anwendung der massgebenden Submissionsgesetzgebung zugelassen (vgl. BGE 125 II 86 E. 4 S. 95 f.; Urteile 2C_384/2016 vom 6. März 2017 E. 1.3.4 [zur Publikation vorgesehen]; 2C_665/2015 vom 26. Januar 2016 E. 2.3). Zur Unterstützung ihr zustehender anderweitiger Verfassungsrügen kann die Y._ GmbH zudem hilfsweise eine Verletzung der Gemeindeautonomie (Art. 50 BV) geltend machen, obwohl sie selber nicht Rechtsträgerin dieses verfassungsmässigen Rechts ist. Voraussetzung dafür ist, dass die Gemeinde nicht ausdrücklich oder stillschweigend verzichtet hat, sich auf eine Autonomieverletzung zu berufen (vgl. BGE 141 I 36 E. 1.2.4 S. 40 f.; 119 Ia 214 E. 2c S. 218; WALTER KÄLIN, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. 1994, S. 274 f.). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte prüft das Bundesgericht auch im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde nur auf klar und detailliert begründete Rüge hin (vgl. Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG, E. 5.1 hiervor).
5.3. Seinem Urteil legt das Bundesgericht den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 und Art. 118 Abs. 1 BGG). Von den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz weicht es nur ab, wenn sie offensichtlich unrichtig sind (Art. 105 Abs. 2 und Art. 118 Abs. 2 i.V.m. Art. 116 BGG, vgl. BGE 136 I 332 E. 2.2 S. 334; Urteil 2C_1196/2013 vom 21. Februar 2014 E. 1.7).
V. Zulässigkeit des Unterkriteriums "Plausibilität"
6.
6.1. Die Vorinstanz erachtete das Unterkriterium "Plausibilität" im Rahmen der Bewertung des Kriteriums "Honorarofferte" als unzulässig. Sie führte dazu aus, dass die Anbieter bei der Berechnung und Einrechnung des Personalaufwands frei seien. Eine Verpflichtung, die tatsächlich anfallenden Kosten vollständig im Offertpreis einzurechnen bestehe nicht, zumal Pauschalpreise zu offerieren gewesen seien. Der Befürchtung, dass ein tiefer Preis Auswirkungen auf die Auftragserfüllung zeitigen könne, habe die Stadt Zürich bereits mit dem Kriterium "Qualität des Angebots" Rechnung getragen, das mit 30% gleich hoch wie der Preis gewichtet worden sei. Das Vorgehen der Stadt Zürich führe zu einer verfälschten Bewertung des Angebotspreises und widerspreche der vorgängig bekannt gegebenen Gewichtung der einzelnen Zuschlagskriterien. Entsprechend sei das Unterkriterium "Plausibilität" zu streichen und stattdessen seien die beiden verbleibenden Unterkriterien "Offertsumme" und "Ansätze für Zusatzaufträge" um je 25% zu erhöhen.
6.2. Die Stadt Zürich rügt, dieses Vorgehen stelle eine Verletzung ihrer Gemeindeautonomie dar. Nach § 33 der Submissionsverordnung des Kantons Zürich vom 23. Juli 2003 (Submissionsverordnung, SubmV; LS 720.11) sei der Zuschlag für das wirtschaftlich günstigste Angebot zu erteilen, wobei sich dieses nicht ausschliesslich über den Preis definiere. Die in § 33 SubmV festgelegten Kriterien zur Bestimmung des wirtschaftlich günstigsten Angebots seien weit gefasst und nicht abschliessend genannt. Bei der Festlegung der Zuschlagskriterien verfüge sie über eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit. In diesen von der Gemeindeautonomie geschützten Bereich griff das Verwaltungsgericht nach Auffassung der Stadt Zürich ein, indem es die Zulässigkeit des Unterkriteriums "Plausibilität" verneinte und stattdessen die Punktezahl der Anbieter für die verbleibenden zwei Unterkriterien "Offertsumme" und "Zusatzaufträge" je proportional erhöhte.
6.3. Die Bundesverfassung gewährleistet die Gemeindeautonomie nach Massgabe des kantonalen Rechts (Art. 50 Abs. 1 BV). Gemeinden sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus (vgl. BGE 141 I 36 E. 5.4 S. 43 f.; 139 I 169 E. 6.1 S. 172 f.; 138 I 242 E. 5.2 S. 244 f.).
6.3.1. Bei der Gemeindeautonomie handelt es sich um ein verfassungsmässiges Recht (vgl. BGE 140 I 285 E. 1.2 S. 290 f.; 140 I 90 E. 2 S. 95). Die bundesgerichtliche Kognition im Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Zusammenhang mit der Rüge einer Verletzung der Gemeindeautonomie unterscheidet sich somit nicht von jener im Verfahren der subsidiären Verfassungsbeschwerde (vgl. Art. 95 lit. c und Art. 116 BGG; vgl. auch E. 5.1 und 5.2 hiervor). Frei zu prüfen ist im Zusammenhang mit der Rüge einer Verletzung der Gemeindeautonomie folglich die Anwendung desjenigen kantonalen Verfassungsrechts, das die Aufgabenteilung zwischen Kanton und Gemeinde regelt. Ebenfalls frei prüft das Bundesgericht, ob die kantonale Rechtsmittelinstanz einen in den Anwendungsbereich der Gemeindeautonomie fallenden Beurteilungsspielraum respektiert hat (BGE 141 I 36 E. 5.4 S. 43; 136 I 395 E. 2 S. 397).
6.3.2. Die Verfassung des Kantons Zürich räumt den Gemeinden Autonomie ein (Art. 85 KV). Wie weit diese im Bereich des öffentlichen Beschaffungswesens reicht, bestimmt die Kantonsverfassung nicht ausdrücklich. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung steht indes fest, dass die Gemeinden als Vergabestellen zwar an die einschlägigen Submissionsvorschriften gebunden sind, dabei aber über eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit verfügen und somit Autonomie geniessen. Das gilt namentlich bei der Festlegung des Verfahrens, der Zuschlagskriterien und schliesslich beim Zuschlag selber (BGE 140 I 285 E. 4.1 S. 292 f. [Kanton Genf]; 138 I 143 E. 3.1 S. 150 [Kanton Zürich]; 129 I 313 E. 5.2 S. 320 [Kanton Wallis]; vgl. auch Art. 16 Abs. 2 der Interkantonalen Vereinbarung vom 15. März 2001 über das öffentliche Beschaffungswesen [IVöB], welcher sich der Kanton Zürich gemäss § 1 Abs. 1 des Beitrittsgesetzes angeschlossen hat; BGE 141 II 353 E. 3 S. 362 f.; Urteil 2D_52/2011 vom 10. Februar 2012 E. 3.2). In Bezug auf die Zuschlagskriterien besteht ein erheblicher Spielraum der Gemeinden jedenfalls insoweit, als sie einen direkten, sachlichen Bezug zur nachgesuchten Leistung aufweisen (vgl. BGE 140 I 285 E. 5.2 S. 295 f.; BGE 139 II 489 E. 2.2.1 S. 491 f.; 129 I 313 E. 8.1 S. 323 f.; je mit Hinweisen).
6.4. In Übereinstimmung mit Art. XIII Ziff. 4 lit. b GPA und Art. 13 lit. f IVöB sieht § 33 Abs. 1 SubmV vor, dass das wirtschaftlich günstigste Angebot den Zuschlag erhält. Zur Bestimmung des wirtschaftlich günstigsten Angebots können neben dem Preis weitere Zuschlagskriterien berücksichtigt werden (vgl. BGE 141 II 353 E. 7.1 S. 369), insbesondere die Qualität der angebotenen Leistung. Das "wirtschaftlich günstigste Angebot" wird damit gerade nicht ausschliesslich über den tiefsten Preis definiert (vgl. BGE 138 I 143 E. 4.2 S. 151). Vielmehr kann das Zuschlagskriterium Preis nur bei der Beschaffung von standardisierten Gütern das allein massgebliche Kriterium bilden (GALLI/MOSER/ LANG/STEINER, a.a.O., Rz. 879 S. 394 f.; vgl. auch § 33 Abs. 2 SubmV). Demgegenüber kommt dem Preis zur Bestimmung des wirtschaftlich günstigsten Angebots bei der Beschaffung komplexer Werke oder Dienstleistungen regelmässig weniger Gewicht zu; hier rücken andere Kriterien wie Qualität oder Termine in den Vordergrund. Allerdings muss der Preis einer nachgesuchten Leistung auch bei komplexen Beschaffungen im Umfang von mindestens 20% Berücksichtigung finden (vgl. BGE 130 I 241 E. 6.3 S. 253; 129 I 313 E. 9.2 S. 327; Urteil 2P.230/2006 vom 5. März 2007 E. 4.1). Zudem darf eine relativ geringe Gewichtung des Kriteriums Preis durch die verwendete Bewertungsmethode nicht weiter abgeschwächt werden (BGE 130 I 241 E. 6.1 S. 250 f.; 129 I 313 E. 9.2 S. 327 f.; Urteil 2P.230/2006 vom 5. März 2007 E. 4.1).
7.
7.1. Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass die Anbieter bei der Kalkulation ihrer Offertpreise grundsätzlich frei sind. Angebote, die unter den Gestehungskosten liegen (sogenannte "Unterangebote"; vgl. GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., Rz. 1109 S. 515), sind deshalb als solche nicht unzulässig, solange der Anbieter die Eignungskriterien und Zuschlagsbedingungen gleichwohl erfüllt. Bestehen daran Zweifel, etwa weil das (Unter-) Angebot ungewöhnlich niedrig ist, kann die Vergabestelle ergänzende Erkundigungen einholen (Art. XIII Ziff. 4 lit. a GPA; vgl. BGE 141 II 14 E. 10.3 S. 48 f.; 130 I 241 E. 7.3 S. 255 f.; Urteil 2C_582/2016 vom 22. Mai 2017 E. 5.2 [zur Publikation vorgesehen]). Zeigt sich aufgrund der zusätzlichen Abklärungen, dass das besonders niedrige Angebot tatsächlich Mängel aufweist, wird es wegen dieser Mängel ausgeschlossen oder schlechter bewertet, nicht wegen des niedrigen Preises (ROBERT WOLF, Preis und Wirtschaftlichkeit, BR 2004 [Sonderheft], S. 13). Während der Preis für die Leistung des Gemeinwesens steht, die es für den Auftrag zu erbringen hat, dienen die anderen Zuschlagskriterien (z.B. Qualität, Zweckmässigkeit, Termine, technischer Wert, Betriebskosten, etc.; vgl. § 33 Abs. 1 SubmV) der Bewertung der Gegenleistung, die dem Gemeinwesen für den Preis angeboten wird. Entsprechend ist das preislich tiefste Angebot beim Zuschlagskriterium "Preis" im Verhältnis zu den anderen Angeboten stets am besten, aber nicht zwingend mit der Maximalnote zu bewerten (vgl. WOLF, a.a.O., S. 12; GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., Rz. 912 S. 411; DENIS ESSEIVA, BR 2004 [Sonderheft], S. 34; ferner ETIENNE POLTIER, Droit des marchés publics, 2014, Rz. 336 S. 211; BLAISE CARRON/MANON SIMEONI, BR 2011 S. 102 f.; BERTRAND REICH, RDAF 2012, S. 70). Mithin darf ein tiefes Angebot allein aufgrund seines Preises nicht schlechter bewertet werden als höhere Angebote, worauf die Vorinstanz im angefochtenen Urteil und die WEKO in ihrer Stellungnahme mit Blick auf Art. 5 BGBM ebenfalls hinweisen (vgl. dazu auch EVELYNE CLERC, in: Vincent Martenet/Christian Bovet/ Pierre Tercier [Hrsg.], Commentaire romand, Droit de la concurrence, 2. Aufl. 2013, N. 125 zu Art. 5 BGBM; MATTHIAS OESCH/THOMAS ZWALD, in: Matthias Oesch/Rolf H. Weber/Roger Zäch, Kommentar Wettbewerbsrecht, Bd. II, 2011, N. 3 zu Art. 5 BGBM). Beim Zuschlagskriterium "Preis" einen Bewertungsabzug vorzunehmen mit der Begründung, dieser sei unplausibel, weil er als solcher nicht den Erwartungen entspreche oder weil er nicht kostendeckend sei, ist demzufolge unzulässig. In diesem Sinne ist auch die in BGE 130 I 241 (vgl. dort E. 7.3 S. 255 f.) noch offen gelassene Frage, ob ungewöhnlich niedrige Angebote allein aufgrund ihres tiefen Preises sanktioniert werden dürfen, zu verneinen.
7.2. Aus dem Dargelegten folgt, dass die Bewertung eines Angebots unter dem Titel der "Plausibilität" unstatthaft ist, sofern sich dieses Kriterium auf den Angebotspreis als solchen bezieht. Andere Aspekte einer Offerte im Rahmen der Zuschlagskriterien unter dem Gesichtswinkel der "Plausibilität" zu bewerten, ist der Vergabestelle hingegen nicht verwehrt, solange damit in objektivierbarer Weise die Leistungen bewertet werden, die vom Angebotspreis abgedeckt sind: In diesem Fall dient das Kriterium der "Plausibilität" in grundsätzlich zulässiger Weise der Ermittlung des wirtschaftlich günstigsten Angebots (vgl. Art. XIII Ziff. 4 lit. b GPA, Art. 13 lit. f IVöB, § 33 Abs. 1 SubmV), sodass ein solches Vorgehen auch mit Blick auf das binnenmarktrechtliche Prinzip des diskriminierungsfreien Zugangs zu öffentlichen Beschaffungen (Art. 5 Abs. 1 BGBM; vgl. BGE 141 II 113 E. 3.1.4 und 3.1.5 S. 125 f. mit Hinweisen) nicht generell ausgeschlossen ist. Entsprechend war es auch nicht zu beanstanden, dass die Vergabestelle die eingegangenen Angebote in dem Beschaffungsverfahren, das Anlass für das bundesgerichtliche Urteil 2D_49/2011 vom 25. September 2012 gab, auf ihre "Plausibilität" hin prüfte und bewertete: Massgebende Variable für die Bewertung des Kriteriums "Plausibilität" bildete dort nicht der Angebotspreis, sondern das offerierte Zeitbudget für komplexe Ingenieurdienstleistungen im Zusammenhang mit dem Bau eines Pumpspeicherkraftwerks (vgl. Urteil 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 7 und E. 8). Die vorgeschlagene Stundenzahl wurde herangezogen, um unter anderem anhand eines nach objektiven Kriterien geschätzten Mengengerüsts zu benoten, wie gut die Offerte in Umfang und Qualität den Anforderungen des ausgeschriebenen Auftrags entsprach. Nicht der Angebotspreis als solcher bildete demnach Gegenstand des Kriteriums "Plausibilität", sondern das offerierte Zeitbudget mit Blick auf die zur Auftragserfüllung notwendigen Arbeiten und die dabei verlangte Qualität.
7.3. In ihrer Stellungnahme an das Bundesgericht führt die WEKO aus, dass ein Zuschlagskriterium, das die "Plausibilität" eines Angebots bewertet, mit dem binnenmarktrechtlichen Diskriminierungsverbot und dem Transparenzgebot im Bereich öffentlicher Beschaffungen (Art. 5 Abs. 1 und Abs. 2 BGBM) sowie dem Anspruch auf freien Marktzugang (Art. 3 BGBM) in Konflikt geraten kann. Sie tut dies unter der Prämisse, dass der Preis als solcher bzw. die Schätzung des Auftragswerts unter dem Titel der "Plausibilität" zur Bewertung des Angebots dient, was nach den vorstehenden Erwägungen in der Tat bereits aus beschaffungsrechtlicher Sicht nicht angeht. Allerdings weist die Stadt Zürich zutreffend darauf hin, dass sich die WEKO in ihrer Stellungnahme nicht eingehend mit der Bewertung des Kriteriums "Plausibiltät" im konkreten Fall auseinandersetzt. Der Standpunkt der WEKO kann denn auch nicht so verstanden werden, dass die Plausibilität eines Angebots als Zuschlagskriterium selbst dann ausgeschlossen sein soll, wenn damit unter Beachtung des binnenmarktrechtlichen Gleichbehandlungs- und Transparenzgebots nach objektivierbaren Kriterien jene Leistungen bewertet werden, die der Offertpreis abdeckt. Eine Benachteiligung besonders effizienter oder innovativer Anbieterinnen ist bei diesem letzteren Verständnis ebenfalls nicht zu befürchten.
7.4. Die Vorinstanz hat die Zulässigkeit des Unterkriteriums "Plausibilität" verneint, ohne näher zu prüfen, welche Aspekte die Vergabebehörde damit im Rahmen der Offertbewertung erfasste. Mit Blick auf die vorstehenden Erwägungen (vgl. E. 7.2 und E. 7.3) greift die Argumentation des Verwaltungsgerichts zu kurz. Im Folgenden ist deshalb zunächst der Frage nachzugehen, ob die Stadt Zürich mit dem Unterkriterium "Plausiblität" allein den Angebotspreis bewertete, was unzulässig wäre, oder aber ein Bewertungskriterium zur Anwendung brachte, auf das sie in Ausübung ihrer Gemeindeautonomie grundsätzlich abstellen durfte.
7.4.1. Das Zuschlagskriterium "Honorarofferte" bewertete die Stadt Zürich mit einem Gewicht von 30% gestützt auf die Unterkriterien "Offertsumme" (Gewichtung: 70%), "Ansätze für Zusatzleistungen" (Gewichtung: 10%) und "Plausibilität" (Gewichtung: 20%). Zur Operationalisierung des Unterkriteriums "Plausibilität" hat die Stadt Zürich zwanzig Punkte vergeben und unter der Bezeichnung "Nachvollziehbarkeit der Honorarberechnung" (5 Punkte), "Plausibilisierung des Stundenaufwands" (10 Punkte) sowie "Kommentar, Bemerkungen" (5 Punkte) weitere Subkriterien gebildet.
7.4.2. Für die Verteilung der Punkte in den erwähnten Subkriterien war nach den Ausführungen der Stadt Zürich massgebend, ob für die Honorarberechnung realistische Faktoren (namentlich in Bezug auf den Schwierigkeitsgrad der Arbeiten) gewählt wurden, ob das von ihr vorgesehene Konzept bei der Erneuerung des Seewasserwerks Moos mit der errechneten Stundenzahl realistischerweise umgesetzt werden kann und wie allfällige Bemerkungen in der Offerte im Lichte dieser Parameter interpretiert werden können. Die Stadt Zürich führt weiter aus, sie habe bei der Bewertung des Unterkriteriums "Plausibilität" namentlich berücksichtigt, dass das Angebot der X._ AG auf nicht nachvollziehbar tiefen Faktoren zum Schwierigkeitsgrad der Arbeiten beruhe, zu anderen Angeboten einen eklatanten Unterschied beim errechneten Stundenaufwand aufweise und dass die X._ AG zudem vorgeschlagen habe, einen Teil der Engineering-Leistungen, die sie gemäss der Ausschreibung selber erbringen müsste, frühzeitig auf Lieferanten zu übertragen. Die Differenz beim stundenmässigen Gesamtaufwand zwischen der Offerte der X._ AG und jener der Y._ GmbH betrage 17'000 Stunden, was rund 10 Mannjahre ausmache. Betroffen sei davon mit 16'000 Stunden weit überwiegend der Bereich Verfahrenstechnik, der das Herzstück des Projekts ausmache. Indem sie entgegen der städtischen Anforderungen von einer Verlagerung von Ingenieurleistungen auf andere Unternehmen ausgehe, habe die X._ AG ihrer Offerte genau hier ein Vorgehen zugrunde gelegt, das mit dem Ausschreibungskonzept nicht übereinstimme. Es ergäben sich aufgrund der Auftragsanalyse und der errechneten Stundenaufwände deutliche Lücken im Bereich der für das Gelingen des Projekts zentralen Engineering-Leistungen, was namentlich Anlass zur Befürchtung gebe, dass sich im Verlauf des komplexen, mehrjährigen Projekts Auseinandersetzungen über Nachträge und Zusatzleistungen ergeben würden.
7.4.3. Aus diesen Vorbringen, die sich in Bezug auf das Vorgehen bei der Bewertung auf die Feststellungen des Verwaltungsgerichts und die vorinstanzlichen Akten stützen können (Art. 105 und Art. 118 BGG), ergibt sich Folgendes: Ausgehend von der Erfahrung der Wasserversorgung als Fachbehörde nahm die Stadt Zürich eine Einschätzung dazu vor, ob die Anbieter den Komplexitätsgrad der jeweiligen Fachbereiche in einer Weise beurteilten, die den Anforderungen des Projekts gerecht werden. Eine realistische Einschätzung des Komplexitätsgrads durch den Anbieter gibt Aufschluss über die Qualität des Angebots und kann sich auf die Auftragserfüllung auswirken ("Nachvollziehbarkeit der Honorarofferte"). Weiter berücksichtigte die Stadt Zürich, ob mit dem vorgesehenen personellen Aufwand die verlangten Leistungen in Qualität und Umfang vernünftigerweise erbracht werden können. Dabei gilt es zu berücksichtigen, dass im Rahmen komplexer Dienstleistungsaufträge ein grundsätzlicher Zusammenhang zwischen Leistungsqualität und Personaleinsatz nicht von der Hand zu weisen ist. Damit ist zwar weder gesagt, dass die Qualität einer Leistung mit Einsatz von mehr Personal stets zunimmt, noch dass Anbieter einen tiefen Personalaufwand mit Erfahrung, Qualifikation oder Innovation nicht wettmachen können. Beides hat die Vergabestelle zu beachten, was bei der Stadt Zürich der Fall war ("Plausibilisierung des Stundenaufwands", vgl. auch E. 8 hiernach). Kommentare und Bemerkungen zur Kalkulation einer Honorarofferte können schliesslich ihrerseits Hinweise auf die Qualität des Anbieters und der vorgesehenen Leistungserbringung geben ("Kommentare, Bemerkungen"). Keines der Subkriterien im Unterkriterium "Plausibilität" bezieht sich damit direkt auf den Angebotspreis. Vielmehr stehen sie nach dem Gesagten in sachlichem Bezug zur angebotenen Leistung. Mit dem als "Plausibilität" bezeichneten Unterkriterium hat die Stadt Zürich im Ergebnis also nicht den Angebotspreis als solchen bewertet, sondern letztlich eine Einschätzung zur Qualität des Angebots vorgenommen. Dabei handelt es sich um ein Zuschlagskriterium, das von der Submissionsverordnung vorgesehen ist (§ 33 Abs. 1 SubmV) und bei dessen Ausgestaltung die Stadt Zürich für Beschaffungen in ihrem Zuständigkeitsbereich über einen durch die Gemeindeautonomie geschützten Gestaltungsbereich verfügt (vgl. E. 6.3.2 hiervor).
7.5. Ohne sich grundsätzlich gegen eine Plausibilitätsprüfung von Offerten zu wenden, bringt die X._ AG vor, dass eine Plausibilitätsprüfung im konkreten Fall unzulässig gewesen sei. Im Einklang mit den Ausführungen der Vorinstanz im angefochtenen Urteil macht sie geltend, dass die Vergabestelle in der Ausschreibung Pauschalangebote mit Fixpreisen verlangt habe. Wenn die Vergabestelle unter diesen Umständen ein Angebot als grundsätzlich zuschlagswürdig erachte, verbiete es sich, auch noch dessen Plausibilität zu bewerten.
7.5.1. Dieser Einwand mag bei Leistungen zutreffen, die nach Eigenschaft, Qualität und Umfang bereits in der Ausschreibung und den zugehörigen Unterlagen detailliert bestimmt werden können. Die Vergabestelle kann in solchen Fällen gestützt auf die eingereichten Offerten abschliessend beurteilen, ob die offerierten Leistungen im Einzelnen der Ausschreibung entsprechen und Angebote widrigenfalls vom Verfahren ausschliessen (vgl. Urteil 2C_257/2016 vom 16. September 2016 E. 3.3.1 mit Hinweisen). Die Offerte in Verbindung mit dem konkreten Leistungsbeschrieb in der Ausschreibung kann beim Zustandekommen eines Vertrags mit einer Anbieterin sodann als Grundlage für kauf- oder werkvertragliche Rechtsbehelfe der Vergabestelle dienen (BGE 141 II 14 E. 10.3 S. 48 f.; Urteil 2C_346/2013 vom 20. Januar 2014 E. 1.3.3).
7.5.2. Im Rahmen komplexer Beschaffungen wie der vorliegenden, bei denen die zu erbringende Dienstleistung nach Eigenschaft, Qualität und Umfang in der Ausschreibung nicht bereits in allen Einzelheiten fixiert werden kann (vgl. MARTIN BEYELER, Der Geltungsanspruch des Vergaberechts, 2013, Rz. 2846 ff. S. 1554 ff.), bleibt es der Vergabestelle demgegenüber auch bei Angeboten zu Pauschalpreisen unbenommen, deren "Plausibilität" im Sinne einer Qualitätsbewertung einzuschätzen (vgl. auch Urteile 2D_39/2014 vom 26. Juli 2014 E. 4; 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 8.5-8.6). Diese kann das notorische Risiko späterer Auseinandersetzungen über Nachträge und Zusatzaufträge miteinbeziehen, zu denen es auch bei Verträgen mit Pauschalpreisen regelmässig kommt. Dabei handelt es sich im Vergleich zum Ausschluss eines Anbieters vom Verfahren wegen (wahrscheinlicher) Abweichungen der Offerte vom ausgeschriebenen Leistungsumfang um die mildere Massnahme. Sie belässt dem betroffenen Anbieter unter Berücksichtigung des Risikos für spätere Auseinandersetzungen über Leistungsumfang und -qualität weiterhin die Chance auf den Zuschlag. Vorausgesetzt für eine Bewertung der so verstandenen "Plausibilität" eines Angebots ist freilich, dass die Qualitätsprognose nach objektivierbaren Kriterien erfolgt. Das war hier wie gezeigt der Fall (vgl. E. 7.4 hiervor). Die Einwände der Beschwerdegegnerin im bundesgerichtlichen Verfahren sind damit nicht stichhaltig.
7.6. Nach dem Dargelegten ist das Kriterium "Plausibilität", wie es die Stadt Zürich bei der Offertbewertung im konkreten Fall zur Anwendung brachte, nicht von vorneherein unzulässig, sondern bewegt sich im Rahmen der ihr zustehenden Autonomie auf dem Gebiet gemeindeeigener Beschaffungen. Allerdings bewertete die Stadt Zürich die "Plausibilität" der Offerten als Unterkriterium im Zuschlagskriterium "Preis". Deshalb ist weiter zu prüfen, ob das Vorgehen der Stadt Zürich mit dem Transparenzprinzip (vgl. E. 7.7 hiernach) und den Vorgaben zur Mindestgewichtung des Zuschlagskriteriums "Preis" zu vereinbaren ist (vgl. E. 7.8 hiernach).
7.7. Der Grundsatz der Transparenz ist für öffentliche Beschaffungen der Kantone und Gemeinden in Art. 5 Abs. 2 BGBM und Art. 1 Abs. 3 lit. c IVöB verankert. Er verlangt unter anderem, dass Eignungs- und Zuschlagskriterien in der Ausschreibung bekannt gegeben werden (BGE 141 II 353 E. 6.4 S. 367 f.; 125 II 86 E. 7 S. 101; Urteile 2C_384/2016 vom 6. März 2017 E. 1.2.4 [zur Publikation vorgesehen]; 2P.148/2006 vom 2. Oktober 2006 E. 3.1). Eine nachträgliche Änderung dieser Kriterien ist grundsätzlich unzulässig (BGE 130 I 241 E. 5.1 S. 248 f.; 125 II 86 E. 7 S. 99 ff.; Urteil 2C_384/2016 vom 6. März 2017 E. 1.2.4 [zur Publikation vorgesehen]). Die Zuschlagskriterien sind nach prozentualer Gewichtung oder zumindest nach der Reihenfolge zu nennen. Die Angabe von Unterkriterien ist hingegen unter Verfassungsgesichtspunkten nicht zwingend erforderlich, sofern sie bloss die Hauptkriterien konkretisieren (BGE 130 I 241 E. 5.1 S. 248 f.; Urteile 2C_91/2013 vom 23. Juli 2013 E. 4.1 [nicht publ. in: BGE 139 II 489]; 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 7.4; 2C_549/2011 vom 27. März 2012 E. 2.4).
7.7.1. Mit dem Unterkriterium "Plausibilität" nahm die Stadt Zürich eine Einschätzung zur Qualität der eingegangenen Angebote vor und bewertete nicht den Offertpreis als solchen (vgl. E. 7.4 und 7.5 hiervor). Im Unterschied zu den beiden anderen Unterkriterien "Offertsumme" und "Ansätze für Zusatzleistungen" stellt das Unterkriterium "Plausibilität" deshalb nicht bloss eine Konkretisierung des Zuschlagskriteriums "Honorarofferte" bzw. "Preis" dar. Im Rahmen des Zuschlagskriteriums "Honorarofferte" ist das Unterkriterium "Plausibilität" daher als (preis-) fremdes Kriterium zu betrachten, was mit dem Transparenzprinzip nicht ohne Weiteres vereinbar ist. Im vorliegenden Fall hat die Stadt Zürich in der Ausschreibung jedoch klar festgehalten, dass sie das Zuschlagskriterium "Honorarofferte" anhand der genannten Unterkriterien bewerten werde. Zum Unterkriterium "Plausibilität" erwähnte sie zudem ausdrücklich, dass "Abzüge für nicht plausible Annahmen oder Berechnungen vorgenommen" würden. Folglich war für die Anbieter erkennbar, dass im Rahmen des Unterkriteriums "Plausibilität" nicht eigentlich der Angebotspreis bewertet, sondern eine qualitative Einschätzung des Angebots vorgenommen wird. Vor diesem Hintergrund ist die Anwendung eines Unterkriteriums "Plausibilität" im erwähnten Sinne (vgl. E. 7.4 und 7.5) für das Zuschlagskriterium "Preis" mit dem Transparenzgebot vereinbar. Mangels entsprechender Rügen der Beschwerdeführer (Art. 106 Abs. 2 [i.V.m. Art. 117] BGG, vgl. E. 5.1 und 5.2 hiervor) ist im Übrigen nicht weiter zu untersuchen, ob die Vorinstanz nach dem anwendbaren (inter-) kantonalen Recht überhaupt befugt war, die prinzipielle Zulässigkeit des in der Ausschreibung aufgeführten Unterkriteriums "Plausibilität" noch im Rahmen der Beschwerde gegen den Zuschlagsentscheid zu überprüfen, nachdem gegen die Ausschreibung kein Rechtsmittel ergriffen worden war (vgl. BGE 130 I 241 E. 4 S. 245 ff.; 129 I 313 E. 6 S. 321 ff.; 125 I 203 E. 3a S. 205 ff.; Urteil 2C_409/2015 vom 28. September 2015 E. 4.2).
7.8. Mit der Verwendung des Unterkriteriums "Plausibilität" (Gewichtung: 20%) verringerte sich die effektive Gewichtung des Zuschlagskriteriums "Preis" von 30% auf 24%. Da das Unterkriterium "Ansätze für Zusatzleistungen" seinerseits mit 10% gewichtet wurde, floss der Preis für das Grundangebot noch mit einer Gewichtung von 21% in die Gesamtbewertung der Offerten ein (vgl. E. 7.4.1 hiervor). Die Gewichtung des Preises für das Grundangebot bewegt sich damit am untersten Rand dessen, was die bundesgerichtliche Rechtsprechung bei der Beschaffung komplexer Werke und Dienstleistungen noch erlaubt (vgl. E. 6.4 hiervor). Von einer solchen hohen Komplexität des ausgeschriebenen Auftrags ist mit Blick auf seine Grösse und die technischen, baulichen sowie denkmalpflegerischen Besonderheiten im vorliegenden Fall auszugehen; die tiefe Gewichtung des Preises erscheint daher gerade noch als zulässig. Dass die Bewertungsmethode keine steile Preiskurve vorsah, ändert daran im vorliegenden Fall nichts (vgl. E. 6.4 hiervor) : Gemäss einlässlicher Prüfung der Vorinstanz orientierte sich die Stadt Zürich bei ihrer Bewertungsmethode mit linearer Skala an einer Preisspanne, die gestützt auf die eingereichten Angebote realistisch erscheint, was die Beschwerdegegnerin im bundesgerichtlichen Verfahren im Übrigen auch nicht mehr in Frage stellt.
7.9. Im Ergebnis ist festzuhalten, dass die Verwendung eines Zuschlagskriteriums unter dem Titel der "Plausibilität" in der konkreten Ausgestaltung zulässig war, weil es nicht den Angebotspreis als solchen, sondern die vom Angebot umfassten Leistungen nach zulässigen Kriterien beurteilte (vgl. E. 7.4 und 7.5 hiervor). Dabei bewegte sich die Stadt Zürich innerhalb des Beurteilungsspielraums, der ihr im Rahmen ihrer Gemeindeautonomie auf dem Gebiet des öffentlichen Beschaffungswesens zusteht (vgl. E. 6.3.2 hiervor). Dass die "Plausibilität" als Unterkriterium zum Offertpreis beurteilt wurde, ist mit dem beschaffungsrechtlichen Transparenzprinzip vereinbar, weil die Vergabebehörde in der Ausschreibung ausdrücklich auf dieses Vorgehen hinwies und die Anbieter erkennen konnten, was unter der zu beurteilenden "Plausibilität" zu verstehen war (vgl. E. 7.7 hiervor). Schliesslich führte die Anwendung des Unterkriteriums "Plausibilität" nicht dazu, dass der Preis zu wenig stark gewichtet wurde (vgl. E. 7.8 hiervor). Folglich dringt die Stadt Zürich in diesem Punkt mit ihrer Beschwerde (Verfahren 2C_1021/2016) durch.
8.
8.1. Vor dem Verwaltungsgericht machte die X._ AG nicht geltend, dass das Unterkriterium "Plausibilität" grundsätzlich unzulässig sei. Sie rügte vielmehr, die Stadt Zürich habe bei der Bewertung ihrer Offerte ungerechtfertigte Abzüge vorgenommen. Das Verwaltungsgericht ging auf diese Vorbringen der X._ AG nicht ein, weil es das Unterkriterium "Plausibilität" ganz grundsätzlich als unzulässig erachtete. Die diesbezüglichen Rügen der X._ AG blieben folglich ungeprüft.
8.2. Aus prozessökonomischen Gründen rechtfertigt es sich, dass das Bundesgericht diese Prüfung selber vornimmt, anstatt die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG; BGE 141 II 353 E. 9.1 S. 381; 141 II 14 E. 1.5 S. 24 und E. 8.2 S. 38). Es kann den rechtserheblichen Sachverhalt gestützt auf die Akten selber feststellen, soweit er sich nicht aus dem angefochtenen Urteil ergibt (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 141 II 14 E. 1.6 S. 24 f.). Das rechtliche Gehör der Parteien ist gewahrt; es war ihnen bewusst, dass das Bundesgericht allenfalls reformatorisch entscheiden würde. Zudem hatte die X._ AG vor der Vorinstanz und auch im bundesgerichtlichen Verfahren Gelegenheit, sich ausführlich zu äussern und sich zu sämtlichen Standpunkten der Stadt Zürich und der Y._ GmbH vernehmen zu lassen (vgl. BGE 141 II 14 E. 8.2 S. 38). Das Bundesgericht beschränkt sich bei der Prüfung der im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen Rügen auf eine Rechtskontrolle. Es steht ihm nicht zu, die Angemessenheit des Vergabeentscheids bzw. einzelner Bewertungen zu prüfen. Das ergibt sich aus Art. 16 Abs. 1 und Abs. 2 der hier gestützt auf § 1 des Beitrittsgesetzes anwendbaren Interkantonalen Vereinbarung über das öffentliche Beschaffungswesen vom 15. März 2001. Art. 16 IVöB steckt die Kognition der kantonalen Beschwerdeinstanz und damit zugleich die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich (Art. 50 Abs. 1 BV) ab (vgl. E. 6.3.1 hiervor).
8.3. Die Stadt Zürich erteilte dem Angebot der X._ AG im Unterkriterium "Plausibilität" 14 von insgesamt 20 Punkten. Sie stützte sich dabei auf die in E. 7.4.1 bereits wiedergegebenen Kriterien, allerdings nicht ohne die X._ AG in der Bewertungsphase auf die erhebliche Abweichung ihres Angebots beim Stundenaufwand hinzuweisen und ihr in Nachachtung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV; vgl. BGE 139 II 489 E. 3.3 S. 496 f.) Gelegenheit für entsprechende Erläuterungen einzuräumen.
8.3.1. Gegen die Bewertung des Unterkriteriums "Plausibilität" durch die Stadt Zürich brachte die X._ AG vor, dass der von ihr angegebene Stundenaufwand sehr wohl plausibel sei. Beim Umbau könne aufgrund zweier zeitlich versetzter Bauetappen von einem gewissen Wiederholungsfaktor profitiert werden. Ihre grosse Erfahrung und Fachkompetenz führten ebenfalls zu einem geringeren Zeitaufwand. Hinzu komme, dass die Y._ GmbH einen längeren Anfahrtsweg habe und der grosse Unterschied beim Stundenaufwand hauptsächlich den Hin- und Rückreisen der ausländischen Anbieterin geschuldet sei.
8.3.2. Dagegen machte die Stadt Zürich geltend, dass weder der Anfahrtsweg, noch der Wiederholungsfaktor für die grosse Differenz beim Aufwand im Fachbereich "Verfahrenstechnik" verantwortlich sein könnten. Allfällige Reisezeit könne ortsunabhängig produktiv für Planung und Projektierung genutzt werden. Aus der Kalkulation der Y._ GmbH ergebe sich sodann, dass sie den Wiederholungsfaktor ebenfalls berücksichtigt habe. Zudem argumentiere die X._ AG hauptsächlich mit dem Wiederholungsfaktor durch die Etappierung in zwei Bauphasen, der die Differenz für Ingenieurleistungen im Bereich Verfahrenstechnik jedoch nicht erkläre. Gestützt auf die Offertunterlagen und die Erläuterungen der X._ AG im Rahmen der Anbieterpräsentation gelangte die Stadt Zürich zur Überzeugung, dass jene eine Verlagerung von Ingenieurleistungen auf eine weitere Lieferfirma vornehmen wolle und mit Auseinandersetzungen über Nachträge für Zusatzleistungen zu rechnen sei.
8.3.3. Die Vorbehalte der Stadt Zürich gegenüber der Offerte der X._ AG sind nicht sachfremd. Die Befürchtung, dass die X._ AG versucht wäre, gewisse Ingenieurleistungen auf weitere Unternehmer abzuwälzen oder Nachträge zu stellen, ist gestützt auf die Submissionsunterlagen und die Äusserungen der X._ AG in der Bewertungsphase nachvollziehbar. Hinzu kommt, dass die X._ AG nicht stichhaltig erklären konnte, wie sie im Stande sein will, mit deutlich weniger Personalaufwand eine qualitativ ebenso gute Leistung zu erbringen wie ihre Mitbewerberin. Ihren Stellungnahmen lässt sich nicht schlüssig entnehmen, dass sie die bestehende Differenz mit entsprechend grösserer Erfahrung, Qualifikation oder Innovation wettmachen könnte (vgl. E. 7.4.3 hiervor). Schliesslich machte sie auch nicht geltend, zwar den Aufwand für die Projektausführung realistisch eingeschätzt zu haben, aber bewusst ein grundsätzlich zulässiges Unterangebot (vgl. E. 7.1 hiervor) eingereicht zu haben. Angesichts dessen überschritt die Stadt Zürich ihr Ermessen nicht, indem sie dem Angebot der X._ AG im Unterkriterium "Plausibilität" 14 von 20 Punkten erteilte.
9.
Die Stadt Zürich bewertete das Zuschlagskriterium "Preis" nach dem Gesagten innerhalb des Beurteilungsspielraums, der ihr aufgrund ihrer Gemeindeautonomie zukommt. Die ursprüngliche Punkteverteilung (Y._ GmbH: 24,8 Punkte / X._ AG: 27,8 Punkte) ist wiederherzustellen. Dies führt dazu, dass die Y._ GmbH mit 90,2 Punkten wiederum den ersten und die X._ AG mit 88,9 Punkten den zweiten Platz einnimmt.
Qualität Honorar Referenzen Qualifikation Total Y._ 27,5 24,8 19,0 18,9 90,2 X._ 24,2 27,8 17,7 19,2 88,9
Die Beschwerde der Stadt Zürich (Verfahren 2C_1021/2016), die mit ihrer Rüge einer Verletzung der Gemeindeautonomie durchdringt, ist folglich gutzuheissen und das angefochtene Urteil ist aufzuheben. Die Zuschlagsverfügung vom 9. Dezember 2015 an die Y._ GmbH ist zu bestätigen. Auf die weiteren Rügen der Stadt Zürich braucht dabei nicht näher eingegangen zu werden.
10.
Im Rahmen der von ihr erhobenen subsidiären Verfassungsbeschwerde rügt die Y._ GmbH in erster Linie eine willkürliche Anwendung der einschlägigen Submissionsgesetzgebung, wozu sie legitimiert ist (vgl. E. 3.1 und 5.2 hiervor). Sie beruft sich dabei aber auch auf die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich. Im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde ist dies entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin zulässig (vgl. E. 5.2 hiervor). Wie sich aus den vorstehenden Erwägungen (E. 6.-9. hiervor) ergibt, hat die Vorinstanz in unzulässiger Weise in die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich eingegriffen. Folglich ist auch das Rechtsmittel der Y._ GmbH gutzuheissen. Ihre weiteren Rügen müssen bei dieser Sachlage ebenfalls nicht weiter behandelt werden.
VI. Ergebnis
11.
Im Ergebnis ist im Verfahren 2C_1021/2016 auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten. Hingegen ist die gleichzeitig erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ebenso gutzuheissen wie die subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Verfahren 2D_39/2016. Der Zuschlagsentscheid der Stadt Zürich vom 9. Dezember 2015 ist zu bestätigen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdegegnerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie schuldet der Y._ GmbH eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 BGG), nicht hingegen der Stadt Zürich, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt (Art. 68 Abs. 3 BGG). Zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens ist die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen.

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1021/2016 und 2D_39/2016 werden vereinigt.
2.
Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Verfahren 2C_1021/2016 wird nicht eingetreten.
3.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Verfahren 2C_1021/2016 und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Verfahren 2D_39/2016 werden gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. September 2016 wird aufgehoben und die Zuschlagsverfügung vom 9. Dezember 2015 bestätigt.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 11'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
5.
Die Beschwerdegegnerin hat die Y._ GmbH für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
6.
Zur Neuverlegung der Kosten und Parteientschädigungen des kantonalen Verfahrens wird die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, und der Wettbewerbskommission schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juli 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Fellmann

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