facts:
Faits :
A.
A.a. En janvier 1995, la Ville de X._ (ci-après: la ville ou la demanderesse) a octroyé à la société A._ SA un droit de superficie sur la Place... pour la construction d'un parking souterrain. La société précitée a conclu à cette fin un contrat d'entreprise avec B._ entreprise générale SA, laquelle en a confié la conception à Z._ (ci-après: l'architecte ou le défendeur), architecte à....
La ville est alors entrée en discussion avec l'architecte en vue de l'aménagement de la place, une fois le parking souterrain achevé. Un crédit de 550'000 fr. pour cet aménagement a été adopté par le Conseil général de la ville.
Par contrat du 26 février 1999, l'architecte a été chargé par la ville de concevoir, planifier et diriger la réalisation de la définition du pourtour de la Place... et de son aménagement de surface. L'aménagement prévu comprenait essentiellement trois éléments: une arborisation périphérique de la place, l'installation de bassins et jets d'eau (fontaines) éclairés pour l'été, remplacés en hiver par des colonnes lumineuses utilisant l'éclairage encastré de la place. Les travaux d'installation de l'éclairage ont été confiés à l'entreprise C._ SA et ceux de l'hydraulique destinée aux jets d'eau à l'entreprise D._ et Cie SA (ci-après: D._).
Le contrat était soumis à la Norme SIA 102 concernant les prestations et honoraires des architectes (1984) (art. 105 al. 2 LTF).
A.b. Des défauts sont apparus lors de la mise en service des installations.
Le 7 mai 2004, la ville a notifié un avis des défauts affectant l'étanchéité de la place (infiltrations d'eau dans le parking, cunettes de récupération d'eau au sud de la place non étanches et se bouchant, non-étanchéité des installations lumineuses avec risques de courts-circuits), les luminaires (non fonctionnels ou endommagés), les jets d'eau (inondation de la place, étanchéité), enfin le kiosque et la buvette (défauts de construction). Le 17 mai 2004, l'architecte a renoncé à se prévaloir de la prescription s'agissant des défauts signalés le 7 mai 2004, pour autant que celle-ci ne fût pas déjà acquise.
A.c. Le 14 mai 2004, la ville a déposé contre B._ entreprise générale SA, l'architecte et toute une série de sous-traitants - dont C._ SA (installation d'éclairage) et D._ (hydraulique des jets d'eau) - une requête de preuve à futur tendant à déterminer les causes des défauts, les moyens de les réparer et le coût de la réfection. Par ordonnance du 1er septembre 2004, une expertise de la superstructure du parking a été ordonnée, qui a été confiée à E._, ingénieur civil diplômé.
L'expert E._ a déposé son rapport le 15 juillet 2005 concluant à une lourde responsabilité de l'architecte pour le dysfonctionnement des fontaines et les infiltrations d'eau par les spots-luminaires de sol, mettant hors de cause les entreprises sous-traitantes; ce rapport prévoit un coût de réfection de 411'607 fr. (hors taxes, mais honoraires de l'architecte compris), dont 341'000 fr. à la charge de l'architecte. Dans son rapport complémentaire du 6 septembre 2006, l'expert se place dans la même perspective, mais ajoute des variantes pour l'éclairage et procède à une modification assez sensible des bassins pour un coût apprécié - après consultations d'entreprises - de 670'836 fr.95 (hors taxes, mais honoraires de l'architecte compris), sans indication de la part à la charge de l'architecte. Le rapport et son complément ont ainsi été conçus et établis dans la perceptive de la réfection des installations défectueuses.
Il a été retenu en procédure que les aménagements de la Place... présentent des défauts dus à l'architecte: des erreurs de conception, de choix des matériaux et le non-recours à l'aide de bureaux spécialisés pour les questions hydrauliques en lien avec les bassins. Les aménagements, tant en ce qui concerne le volet de l'éclairage que celui des bassins, sont inutilisables; ils devraient être profondément remaniés, voire modifiés pour fonctionner à satisfaction et les défauts des installations inutilisables sont à l'origine d'infiltrations d'eau dans le parking (problème d'étanchéité). La responsabilité de l'architecte est lourdement engagée, alors que l'entreprise générale n'encourt qu'une très légère responsabilité, la ville n'ayant qu'une responsabilité un peu supérieure (léger défaut d'entretien).
B.
B.a. Le 28 juin 2007, la ville a ouvert action contre l'architecte devant les autorités neuchâteloises, concluant au paiement du montant de 793'865 fr.35 avec intérêts à 5% l'an dès cette date, correspondant aux postes suivants (art. 105 al. 2 LTF) :
- 649'639 fr. représentant le 90% du coût total de réfection de l'ouvrage, arrêté par l'expert à 721'821 fr.,
- 86'440 fr. représentant le 90% des frais d'expertise de preuve à futur,
- 360 fr. pour les frais de la procédure de preuve à futur,
- 57'426 fr.35 pour les factures D._.
Le défendeur s'est opposé à la demande. Il a formé une reconvention, réclamant 6'956 fr.30 à titre de solde d'honoraires.
Un nouvel expert (F._, architecte diplômé à Berne) a été désigné par le tribunal saisi pour se prononcer sur le rapport du premier expert et sur des points que celui-ci n'aurait pas traités. Il a déposé son rapport le 25 juin 2013.
Par jugement du 6 janvier 2015, le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers a condamné le défendeur à payer à la demanderesse le montant de 514'704 fr.75 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 juin 2007, soit un coût de réfection à la charge de l'architecte de 589'704 fr.75 (avec TVA), dont à déduire des plus-values estimées par le tribunal à 75'000 fr. Il a rejeté les prétentions de la demanderesse en paiement de 58'974 fr. correspondant aux honoraires d'études et de direction des travaux de réparation, faute pour elle d'avoir démontré qu'il s'agissait de frais nécessaires à la réfection, et de 57'426 fr.35 correspondant aux factures D._, qui ne se rattachaient pas à des travaux de réparation. Il a aussi rejeté la demande reconventionelle du défendeur. Les frais d'expertise E._ (par 86'440 fr.), qui n'entrent pas dans le dommage de la demanderesse, ont été pris en considération dans le calcul des dépens.
B.b. L'architecte a appelé de ce jugement, concluant à sa condamnation à payer à la demanderesse le montant maximum de 266'057 fr. 95; il a contesté également la répartition des frais judiciaires et d'expertise. Il a renoncé à contester sa responsabilité, telle que l'a retenue le tribunal, mais s'en est pris au calcul du dommage, fixé selon lui de manière arbitraire par cette autorité, qui a suivi sans les examiner de manière critique les conclusions de l'expert E._.
La demanderesse a formé un appel joint, tendant à obtenir l'allocation des deux postes de conclusions rejetés par le tribunal.
Statuant par arrêt du 5 août 2016, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a admis l'appel du défendeur et réformé le jugement de première instance en ce sens que celui-ci est condamné à payer à la demanderesse le montant de 266'057 fr.95 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 juin 2007. Elle a rejeté l'appel joint.
C.
Contre cet arrêt, la demanderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que le défendeur est condamné à lui payer le montant de 514'704 fr.75 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 juin 2007, ainsi que les sommes de 54'426 fr. et de 58'954 fr. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la Cour d'appel pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
L'architecte intimé conclut au rejet du recours. Selon lui, la cour cantonale n'a pas violé les règles de procédure neuchâteloise. A titre subsidiaire, il reprend ses critiques - non traitées par la cour cantonale - concernant le calcul du dommage effectué par l'expert. Il qualifie d'incohérents les rapports de l'expert.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la demanderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation civile dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. L'autorité de première instance avait admis en déduction du coût de réfection de 589'704 fr.75 des plus-values de 75'000 fr., d'où une condamnation à payer 514'704 fr.75. Si elle soutient principalement qu'aucune plus-value ne doit être imputée, faute de preuve suffisante apportée par l'architecte et faute de présentation d'éléments justifiant l'application de l'art. 42 al. 2 CO, la recourante ne réclame toutefois dans ses conclusions que le montant de 514'704 fr.75 (589'704,75 - 75'000), de sorte que ses griefs à cet égard, qui ne sont pas couverts par ses conclusions, sont irrecevables.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 104 Ia 381 consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Dans ce domaine, l'autorité verse dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsqu'elle tire des conclusions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 265; 137 III 226 consid. 4.2 p. 234).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié après examen des griefs du recours; art. 105 al. 1 à 2 et 97 al. 1 LTF). Il n'est toutefois pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
Lorsque le juge cantonal dispose d'un pouvoir d'appréciation (art. 4 CC), le Tribunal fédéral ne revoit en principe qu'avec réserve sa décision prise en équité. Il intervient lorsque celle-ci s'écarte sans raison des règles établies par la jurisprudence en matière de libre appréciation, ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou à l'inverse, lorsqu'elle n'a pas tenu compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; il sanctionnera en outre les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une inéquité choquante (ATF 135 III 121 consid. 2; 133 III 201 consid. 5.4).
3.
La demanderesse a fait valoir, en se référant à l'expertise, un dommage correspondant à des frais de réparation de 721'821 fr., dont le 90%, soit 649'639 fr., devait être à la charge de l'architecte défendeur. Le tribunal lui a alloué à ce titre le montant de 589'704 fr.75 (TVA comprise).
Estimant que la demanderesse avait perdu son droit à la réparation de l'ouvrage et n'avait droit qu'à la réparation de son dommage, sur la base de l'art. 398 CO, la Cour d'appel a jugé que ce dommage n'avait pas été allégué et suffisamment prouvé. Elle lui a néanmoins alloué 266'057 fr.95 correspondant au montant auquel l'architecte, selon elle, a acquiescé.
La demanderesse et recourante, qui ne conteste pas l'application de l'art. 398 CO, reproche à la cour cantonale d'être partie d'une fausse conception de la notion de dommage, d'avoir à tort considéré que l'art. 398 CO en relation avec l'art. 97 al. 1 CO ne visait qu'à la réparation de l'intérêt négatif, alors que c'est bien l'intérêt positif à l'exécution parfaite du contrat qui est visée. Elle chiffre son dommage à 589'705 fr.75 (recte 589'704 fr.75), mais, comme on l'a vu, a limité ses conclusions à 514'704 fr. 75 (déduction faite des 75'000 fr. de plus-values). Elle se plaint aussi de violation de dispositions du code de procédure civile de la république et canton de Neuchâtel du 30 septembre 1991 (CPC/NE; RSN 251.1).
3.1. Il faut en premier lieu procéder à la qualification du contrat passé entre la ville et l'architecte pour déterminer les dispositions applicables en cas d'inexécution, respectivement de défauts. La recourante soutient que la Norme SIA 102 (1984) a été intégrée au contrat et que cela doit être interprété " comme une confirmation du régime du CO ".
3.1.1. Lorsque l'architecte s'oblige à établir des plans et d'autres documents concernant des travaux de construction ou de transformation d'un immeuble, ainsi qu'à diriger ces travaux, on est en présence d'un contrat d'architecte global. Selon la jurisprudence, il s'agit d'un contrat mixte, qui est soumis, selon les prestations à fournir par l'architecte, aux règles du mandat ou à celles du contrat d'entreprise (ATF 134 III 361 consid. 5.1 p. 363; 127 III 543 consid. 2a p. 545). La responsabilité de l'architecte en tant que planificateur (études préalables, avant-projets, projets et préparation des plans et des documents de soumission) relève du contrat d'entreprise (art. 363 ss CO), alors que la responsabilité de l'architecte en tant que directeur des travaux (adjudications, direction, surveillance et coordination des travaux des entrepreneurs) relève des règles du mandat (art. 398 et 97 al. 1 CO; ATF 109 II 462 consid. 3d). Toutefois, la résiliation du contrat d'architecte global est entièrement soumise au contrat de mandat (art. 404 CO), quelle que soit la prestation considérée (ATF 127 III 543 consid. 2a p. 545).
Contrairement à ce que croit la cour cantonale, il n'y a pas eu de modification de cette jurisprudence depuis l'ATF 127 III 543 consid. 2a cité dans l'arrêt attaqué. Au contraire, le Tribunal fédéral l'a confirmée dans l'ATF 134 III 361 consid. 6.2.2 et l'a encore appliquée dans plusieurs arrêts non publiés en relation avec les contrats d'architecte ou d'ingénieur (cf. arrêts 4A_252/2010 du 25 novembre 2010 consid. 4.1; 4A_55/2012 du 31 juillet 2012 consid. 4.4; 4A_90/2013 du 10 juin 2013 consid. 3; 4A_230/2013 du 17 septembre 2013 consid. 2; 4A_210/2015 du 2 octobre 2015 consid. 4, ainsi que plusieurs arrêts antérieurs cités dans l'arrêt 4A_55/2012 déjà cité, consid. 4.5). Rappelant la conception différente de PETER GAUCH (Der Werkvertrag, 5e éd., 2011, n. 58 ss), qui veut appliquer les règles du mandat à l'ensemble du contrat d'architecte global, le Tribunal fédéral a réaffirmé que la qualification de contrat mixte permet d'adopter une solution appropriée aux circonstances concrètes de l'espèce: lorsque l'architecte (ou l'ingénieur) s'engage à fournir des prestations par lesquelles il garantit un résultat, mesurable et objectivement constatable, il s'impose de les soumettre aux règles du contrat d'entreprise; lorsqu'il ne s'engage qu'à fournir ses services, promettant toute sa diligence (obligation de moyens), les règles du mandat sont plus adaptées (arrêt 4A_55/2012 du 31 juillet 2012 déjà cité, consid. 4.4 et 4.5).
Il n'y a pas lieu en l'espèce de revenir sur cette qualification.
Le fait que la demanderesse a ouvert action en paiement des frais de réparation, en se fondant sur l'expertise, et ait mentionné les art. 398 al. 2 et 97 CO, que les parties n'aient pas critiqué en appel la conception des premiers juges selon laquelle le contrat d'architecte global doit être qualifié dans son ensemble de mandat, ne dispense pas le juge, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, d'appliquer d'office le droit, c'est-à-dire de qualifier le contrat conclu. Avant l'entrée en vigueur du CPC, le principe de l'application du droit d'office découlait déjà du droit fédéral (art. 63 al. 3 aOJ; art. 1 CC; ATF 116 II 594 consid. 3b; 107 II 119 consid. 2a), ce dans le cadre des faits allégués et prouvés lorsque la cause était soumise à la maxime des débats selon le droit de procédure cantonal. Si dans l'ATF 127 III 543, le Tribunal fédéral a appliqué les art. 398 et 97 CO, c'est parce que le maître n'avait pas exercé son droit formateur à la réduction du prix et que la question de la qualification était vaine.
3.1.2. En l'espèce, comme l'obligation violée par l'architecte porte uniquement sur les plans (erreurs de conception) et le choix des matériaux, prestations dont il pouvait garantir le résultat, sa responsabilité relève du contrat d'entreprise, singulièrement de la garantie pour les défauts des art. 367 ss CO.
3.2. Avant d'examiner les conditions de la responsabilité pour les défauts de l'architecte selon ces dispositions, il s'impose de rappeler brièvement les conditions et les effets de la responsabilité de l'entrepreneur selon ces mêmes dispositions.
3.2.1. L'entrepreneur est tenu de livrer un ouvrage sans défaut. Il assume une garantie pour les défauts. Le maître peut faire valoir les droits à la garantie suivants: la réfection de l'ouvrage, la réduction du prix ou la résolution du contrat. Il s'agit de droit formateurs alternatifs (ATF 136 III 273 consid. 2.2; PIERRE TERCIER ET AL., Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 3865). Dans l'exercice de ces droits, le maître doit respecter l'avis des défauts de l'art. 367 al. 1 CO et les délais de prescription de l'art. 371 CO.
La manifestation de volonté par laquelle le maître exerce l'un de ces droits formateurs peut être expresse ou tacite (TERCIER ET AL., op. cit., n. 3868). Elle est irrévocable; elle ne peut être modifiée sans l'accord de l'entrepreneur (ATF 136 III 273 consid. 2.2; TERCIER ET AL., op. cit., n. 3869).
Le droit à la réfection permet au maître d'obliger l'entrepreneur à réparer lui-même l'ouvrage à ses frais (TERCIER ET AL., op. cit., n. 3884 ss). Toutefois, s'il apparaît d'emblée que l'entrepreneur ne s'exécutera pas, soit parce qu'il s'y refuse, soit parce qu'il en est incapable (GAUCH, op. cit., n. 1799; TERCIER ET AL., op. cit., n. 3892), le maître peut soit demander l'exécution par un tiers (exécution par substitution) aux frais de l'entrepreneur (TERCIER ET AL., op. cit., n. 3894 ss), soit renoncer à la réparation par l'entrepreneur et exiger immédiatement des dommages-intérêts positifs (créance en remboursement pour inexécution de l'obligation de réfection, qui est une obligation de faire incombant à celui-ci; art. 107 al. 2, 2e hypothèse, CO; ATF 136 III 273 consid. 2.4; TERCIER ET AL., op. cit., n. 3901; GAUCH, op. cit., n. 1831). La quotité des dommages-intérêts correspond à la contre-valeur de la prestation gratuite que l'entrepreneur aurait dû fournir s'il avait réparé l'ouvrage lui-même (ATF 136 III 273 consid. 2.4 p. 276; TERCIER ET AL., op. cit., n. 3901).
Le maître a cumulativement le droit de demander la réparation du dommage consécutif au défaut ( Mangelfolgeschaden) lorsque l'entrepreneur (ou ses auxiliaires, art. 101 CO) est en faute (art. 368 al. 1 in fine et al. 2, 2e phrase, CO (ATF 130 III 362 consid. 4.2; arrêt 4A_90/2013 du 10 juin 2013 consid. 4.2).
En revanche, le maître doit supporter les frais qu'il aurait de toute manière dû assumer si le contrat avait été parfaitement exécuté ( Sowiesokosten) (FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, 2e éd.2012, n° 49 ad art. 368 CO).
Les art. 97 ss CO ne sont pas applicables en concours (ATF 136 III 273 consid. 2.2).
3.2.2. Dès lors que l'obligation de résultat de l'architecte consiste dans la conception de plans, il assume une responsabilité en cas de mauvaise exécution de ceux-ci. Les défauts des plans eux-mêmes sont les défauts de l'ouvrage au sens des art. 367 CO (DENZLER/HOCHSTRASSER, Die Haftung für die Planung, in Die Planerverträge, 2013, n. 8.80 p. 404). Les défauts de la construction immobilière, qui en sont la conséquence naturelle, constituent en revanche un dommage consécutif au défaut ( Mangelfolgeschaden) au sens de l'art. 368 al. 1 in fine et al. 2, 2e phrase, CO; ils subsistent même s'il y a réfection des plans, réduction des honoraires de l'architecte ou résolution du contrat d'architecte (arrêt 4A_90/2013 du 10 juin 2013 précité, consid. 4.2; ATF 130 III 362 consid. 4.2; cf. GAUCH/MIDDENDORF, Von den Planerverträgen, von ihrer Qualifikation und dem SIA-Normenwerk für Planerleistungen, in Die Planerverträge, op. cit., n. 1.31 p. 17; DENZLER/HOCHSTRASSER, op. cit., n. 8.76 p. 403 et n. 8.81 p. 404).
Le droit à la réparation du dommage consécutif au défaut, qui complète les droits spécifiques à la garantie de l'art. 368 al. 1 CO, présuppose que les conditions de fond et d'exercice de la garantie pour les défauts soient remplies, en particulier que le maître ait vérifié l'ouvrage et avisé des défauts (art. 367 al. 1 CO) et que ses droits ne soient pas prescrits (art. 371 CO). L'architecte doit, en outre, être en faute (art. 368 al. 1 in fine et al. 2, 2e phrase, CO). Le maître n'est pas obligé d'exercer l'un des droits spécifiques à la garantie; il lui suffit d'en être titulaire pour pouvoir exiger la réparation du dommage consécutif au défaut (GAUCH, op. cit., n. 1851; CARRON/FÉROLLES, Le dommage consécutif au défaut, in Le dommage dans tous ses états, 2013, p. 107; contra: CHAIX, op. cit., n° 4 et n° 56 ad art. 368 CO).
Le maître peut exiger de l'architecte la réfection des plans défectueux, la réduction de ses honoraires ou la résolution du contrat (DENZLER/HOCHSTRASSER, op. cit., n. 8.182 ss). Si le maître fait établir de nouveaux plans par un tiers, il s'agit d'une réparation - suppression du défaut de l'ouvrage que constituent les plans - par un tiers et il peut obtenir le remboursement des frais de plans correspondants au titre de son droit à la réfection (ATF 136 III 273 consid. 2.4; arrêt 4A_90/2013 du 10 juin 2013 consid. 4.2 et 4.4.2).
En revanche, le maître ne peut pas demander à l'architecte de réparer la construction immobilière défectueuse, puisque celui-ci ne s'était pas engagé à la réaliser (DENZLER/HOCHSTRASSER, op. cit., n. 8.187). Il ne peut lui réclamer que la réparation de son dommage, en argent ( Schadenersatzanspruch), correspondant aux frais de réfection. Si la construction peut être réparée, le maître peut en principe exiger le remboursement des frais (payés ou présumés) de réfection par l'entrepreneur, y compris les frais accessoires à la réfection ( Begleitkosten der Nachbesserung; RAINER SCHUMACHER, Die Haftung des Architekten aus Vertrag, in Le droit de l'architecte, 3e éd. 1995, n. 541). Toutefois, si la réparation est impossible ou qu'elle ne peut pas être raisonnablement exigée, notion qui relève du pouvoir d'appréciation du juge cantonal (art. 4 CC), la prétention du maître est limitée, en vertu du principe de la bonne foi, à l'indemnisation de son intérêt négatif ou à la moins-value de la construction défectueuse, par analogie avec l'art. 368 al. 2, 1re phrase, CO, qui interdit d'exiger de l'entrepreneur la réfection si elle n'est pas possible ou ne peut être effectuée sans dépenses excessives (SCHUMACHER, op. cit., n. 542; DENZLER/HOCHSTRASSER, op. cit., n. 8.185 et 8.186).
3.3. A l'instar de la cour cantonale, il faut examiner dans une première étape quel dommage la demanderesse a réclamé et était en droit de réclamer la réparation, étant précisé que l'architecte défendeur a renoncé à contester sa responsabilité et la faute qui lui était imputée.
3.3.1. Selon les faits constatés (art. 105 al. 1 LTF), la demanderesse s'est plainte de défauts de la construction dus aux plans établis par l'architecte. Le 7 mai 2004, elle a notifié à l'architecte un avis des défauts, puis, le 17 mai 2004, l'architecte a renoncé à se prévaloir de la prescription s'agissant de ces défauts. Avant procès, la demanderesse a requis une expertise à titre de preuve à futur dans le but notamment de faire estimer par l'expert le coût de la réfection des défauts de la construction. Les deux rapports de l'expert sont conçus et établis dans la perspective d'une réfection des ouvrages litigieux. Puis, dans sa demande, se fondant sur ces rapports d'expertise, la demanderesse a conclu au paiement du montant de 649'639 fr. représentant le 90% du coût de la réfection de l'ouvrage à charge de l'architecte, à quoi elle a ajouté les montants de 86'440 fr. représentant le 90% du coût de l'expertise de preuve à futur, de 360 fr. pour les frais de justice de cette procédure et de 57'426 fr. 35 correspondant à des factures D._ découlant d'interventions d'une société nécessitées par des défauts de construction imputables à l'architecte.
Ce faisant, il apparaît que la demanderesse a réclamé paiement des frais de réfection au titre du dommage consécutif au défaut.
3.3.2. La cour cantonale a toutefois retenu, certes dans le cadre d'une argumentation erronée fondée sur la responsabilité du mandataire, que " les aménagements de la place, tant en ce qui concerne le volet de l'éclairage que celui des bassins, sont inutilisables... et devraient être profondément remaniés, voire modifiés pour fonctionner à satisfaction ". Cette constatation de fait est encore corroborée par le fait que la cour cantonale a estimé que la réfection demandée reviendrait à la réalisation d'un ouvrage différent, de plus grande valeur, ce qu'elle a illustré de manière imagée par la commande émanant d'un chauffeur de taxi d'un véhicule de marque Citroën 2 CV - inutilisable en raison de ses défauts - lequel exigerait, au titre de la réfection, son remplacement pour le même prix par une voiture de marque Mercedes, plus adaptée à ses besoins.
La réfection totale s'élevant, selon l'expert, à 721'821 fr., sans les frais de direction des travaux de réfection que la demanderesse a réclamés séparément pour un montant de 58'974 fr., son coût est en effet bien supérieur au prix initial de l'ouvrage (crédit de 550'000 fr.).
Il y a lieu d'admettre que la cour cantonale a considéré par là que la réparation ne pouvait pas être raisonnablement exigée (art. 4 CC).
La recourante se limite à affirmer qu'elle a droit à des dommages-intérêts correspondant aux coûts d'une réhabilitation de l'ouvrage, même si le maître ne procède ensuite pas effectivement à la réparation des défauts. Elle ne démontre pas ainsi en quoi la cour cantonale aurait mésusé de son pouvoir d'appréciation.
Il s'ensuit qu'en considérant que la demanderesse avait droit à être indemnisée de ses dépenses engagées inutilement pour ces installations, auxquelles s'ajoutent les coûts de réfection de la surface de la place endommagée par ces mêmes installations (infiltrations d'eau constatées dans le parking), ce qui, en d'autres termes, revient à lui accorder l'indemnisation de son intérêt négatif, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
Les conditions de fond et d'exercice de l'action (en particulier l'avis des défauts et la prescription) ne sont par ailleurs pas contestées par les parties.
3.4. Il sied désormais d'examiner, dans une deuxième étape, si la demanderesse a allégué et prouvé son dommage consécutif au défaut, lequel correspond ici à son intérêt négatif. La Cour d'appel ne l'a pas admis.
3.4.1. Pour les prétentions fondées sur le droit privé fédéral, le fardeau de la preuve est en principe régi par l'art. 8 CC (ATF 139 III 7 consid. 2.2). Il en est ainsi pour le dommage réparable au sens de l'art. 368 al. 1 in fine et al. 2, 2e phrase, CO (cf. art. 42 al. 1 CO), qu'il incombe donc au maître de l'ouvrage de prouver. Le maître supporte également le fardeau de l'allégation objectif, qui découle de la règle sur le fardeau de la preuve, dans les procès soumis à la maxime des débats (ATF 142 III 462 consid. 4.3).
Cette désignation, par le droit matériel, de la partie qui supporte ces fardeaux, exerce indirectement une influence sur le fardeau de l'allégation subjectif et sur le fardeau de l'administration des preuves, lesquels relèvent du droit de procédure.
3.4.2. En droit de procédure civile neuchâtelois, applicable en l'espèce puisque l'action a été introduite avant le 1er janvier 2011 (art. 404 al. 1 CPC), l'action en dommages-intérêts est soumise à la maxime des débats (art. 57 CPC/NE), ce qu'admet la recourante. Il appartient donc aux parties, et non au juge, de réunir les éléments du procès: les parties doivent alléguer les faits et offrir les moyens de preuve propres à les établir; le juge ne peut ni suppléer ni suggérer des faits qu'une partie n'aurait pas allégués spontanément (art. 57 al. 1 CPC/NE). Il est toutefois sans importance que les faits aient été allégués par l'une ou l'autre des parties puisqu'ils font partie du cadre du procès et que le juge peut donc en tenir compte (arrêt 4A_566/2015 du 8 février 2016 consid. 4.2.1).
Les exigences éventuellement excessives, quant à la forme et au contenu de l'allégation, que pourrait avoir posées le droit cantonal de procédure, sont toutefois limitées par la notion de charge de la motivation en fait ( Substanzierungspflicht), déduite, par la jurisprudence, du droit matériel. La motivation des faits est suffisante si le contenu de l'allégation de chacun des faits pertinents permet au juge, non seulement d'appliquer le droit fédéral, mais encore d'administrer les preuves nécessaires pour élucider ce fait (ATF 127 III 365 consid. 2b; 123 III 183 consid. 3e; 108 II 337 consid. 2 et les arrêts cités; arrêt 4A_566/2015 du 8 février 2016 déjà cité, consid. 4.2.2).
3.4.3. En l'espèce, dans sa demande, la ville s'est contentée d'alléguer le montant global de son dommage de 649'639 fr. correspondant à une part des coûts de réfection et de renvoyer à l'expertise pour les détails. Le tribunal de première instance n'a pas eu de difficultés à examiner les différents postes litigieux pour arriver à un total de 589'704 fr. 75 (avec TVA). La question de savoir si la Cour d'appel pouvait revenir sur cette question, en reprochant à la demanderesse de n'avoir pas complété ses allégations par des précisions en relation avec les différents postes du dommage après que le défendeur a contesté les conclusions de l'expertise, n'a toutefois pas à être résolue en l'espèce.
De fait, comme la réfection ne peut pas être raisonnablement exigée, le maître de l'ouvrage doit être replacé dans la situation qui serait la sienne s'il n'avait pas conclu le contrat d'architecte global. La demanderesse devait donc alléguer ou tout au moins prouver les postes de son dommage négatif: soit les dépenses effectuées pour des installations inutilisables et les dépenses pour la réfection de l'étanchéité de la place, à quoi il faudrait ajouter la réduction ou la suppression des honoraires de l'architecte pour les plans défectueux.
La cour cantonale a examiné longuement s'il lui était possible de déduire ces éléments du tableau des dépenses de la ville et du tableau des coûts de construction, mais y a répondu par la négative.
Il appert que la demanderesse n'a pas réclamé réparation de l'intérêt négatif, persistant à invoquer son droit au remboursement des coûts de réhabilitation. Elle n'invoque pas non plus, à titre subsidiaire, que le droit neuchâtelois l'autoriserait à compléter ses écritures pour obtenir l'indemnisation de son intérêt négatif, après que la cour cantonale lui a refusé son " droit à la réfection ".
Les griefs de la recourante doivent être rejetés.
4.
La demanderesse a encore fait valoir un montant de 58'974 fr., qui est " réduit " dans les conclusions de son présent recours à 58'954 fr., au titre d'honoraires d'études et de direction des travaux. Les premiers juges et, sur appel joint, la Cour d'appel ont rejeté cette prétention. La recourante invoque en vrac qu'elle fait partie du dommage, que l'architecte aurait reconnu le montant de 23'715 fr. et qu'elle a prouvé le montant qu'elle réclame.
Dès lors qu'il a été retenu ci-dessus que la demanderesse ne peut pas raisonnablement exiger de l'architecte les frais d'une réfection de l'ouvrage, la question des honoraires d'architecte pour l'étude et la direction de ces travaux de réfection est sans objet.
5.
Enfin, la demanderesse a également fait valoir dans sa demande un montant de 57'426 fr.35, " réduit " à 54'426 fr. dans les conclusions de son recours en matière civile, montant qui correspond à des factures de l'entreprise D._. Tant le tribunal que, sur appel joint, la Cour d'appel ont rejeté cette prétention. La recourante invoque la constatation arbitraire des faits et affirme subsidiairement qu'un montant de 21'480 fr.79 lui est dû pour l'élimination des défauts.
5.1. Le tribunal de première instance a retenu que la demanderesse n'a pas satisfait à la réquisition du défendeur tendant à la production et des quittances de paiement des factures totalisant le montant réclamé, et de la correspondance échangée à ce propos. D'un courrier du 18 janvier 2007 et du témoignage G._, le tribunal a déduit que le montant réclamé ne concerne manifestement pas les travaux entrepris pour remédier au défaut. En outre, il a relevé que la demanderesse n'a pas non plus démontré qu'il s'agit de frais en rapport avec les travaux complémentaires liés à la réfection des aménagements.
Pour la cour cantonale, l'allégation de ce montant correspond à un montant que l'entreprise D._ réclame à la ville pour des interventions nécessitées par des défauts de construction imputables à l'architecte. La cour cantonale a estimé que cette allégation et la pièce produite à son appui ne permettent en aucune façon d'établir un lien de cause à effet entre les défauts et les interventions de ladite entreprise. Alors que le défendeur a contesté cet allégué, la demanderesse ne s'est pas expliquée dans sa réplique et le témoin interrogé à ce propos, s'il a déclaré qu'un montant de 47'541 fr.20 avait été payé, n'a donné aucune indication sur la cause de la créance.
5.2. Dans la mesure où la recourante se borne à invoquer que la cour cantonale aurait ignoré une autre pièce du dossier, du 16 juin 2008, elle ne démontre pas en quoi cette pièce établirait l'arbitraire de la constatation de la cour cantonale.
En se contentant de soutenir que le défendeur aurait admis dans sa réponse que cette facture concernerait des travaux de réparation, elle méconnaît que la cour cantonale a retenu que celui-ci a contesté cet allégué et qu'il lui appartenait de prouver tant le montant que la cause des travaux correspondants.
Lorsqu'elle se fonde pour la première fois sur un courrier du 16 juin 2008 afin de réclamer un montant de 21'480 fr.79 afférent à des travaux d'élimination des défauts, elle se fonde sur un fait nouveau et, partant, irrecevable (art. 99 LTF).
Le grief est totalement irrecevable.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). La recourante sera également condamnée à payer à l'intimé une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 6 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Ramelet


facts:
Considérant en fait et en droit :
1.
Par décision du 22 décembre 2016, le Secrétariat d'Etat aux migrations a rejeté la demande de regroupement familial et d'inclusion à l'endroit de sa fille Y._ déposée par X._ qui séjourne en Suisse au bénéfice d'une admission provisoire au sens des art. 83 ss LEtr, motif pris que les conditions requises par l'art. 85 al. 7 LEtr relatives au délai de carence de trois ans et à l'autonomie financière de la requérante, n'étaient pas remplies.
Par arrêt du 18 septembre 2017, le Tribunal administratif fédéral a confirmé la décision du 22 décembre 2016.
2.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et sa fille Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre la demande de regroupement familial et d'inclusion. Elles demandent à bénéficier de l'assistance judiciaire.
3.
En vertu de l'art. 83 let. c ch. 3 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent l'admission provisoire et le recours constitutionnel l'est contre les arrêts du Tribunal administratif fédéral (art. 113 LTF a contrario).
4.
Le recours est ainsi manifestement irrecevable (art. 108 al. 1 let. a LTF) et doit être traité selon la procédure simplifiée de l'art. 108 LTF, sans qu'il y ait lieu d'ordonner un échange d'écritures. Le recours étant d'emblée dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire est rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Succombant, les recourantes doivent supporter les frais de la procédure fédérale solidairement entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 2 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Président prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais de procédure, arrêtés à 200 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante des recourantes, au Secrétariat d'Etat aux migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour VI.
Lausanne, le 27 octobre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey

region: Federation

bge_label: non-critical

citation_label: non-critical


considerations:
In Erwägung,
dass die Bundesanwaltschaft (BA) im Rahmen einer Strafuntersuchung (SV.15.0869) am 18. November 2015 ein Entsiegelungsgesuch beim Zwangsmassnahmengericht des Kantons Bern (ZMG) stellte;
dass das ZMG mit verfahrensleitender Verfügung vom 18. April 2016 feststellte, der Siegelungsantrag der Stiftung A._ sei verspätet erfolgt und es komme ihr im Entsiegelungsverfahren keine Stellung als Partei oder andere Verfahrensbeteiligte zu;
dass die Stiftung am 19. Mai 2016 gegen die Zwischenverfügung vom 18. April 2016 Beschwerde beim Bundesgericht erhob und die Aufhebung der Verfügung beantragte;
dass die BA mit Stellungnahme vom 1. Juni 2016 verlauten liess, dass sie die angefochtene Verfügung des ZMG vollumfänglich unterstütze;
dass die vom Entsiegelungsgesuch mitbetroffene Bank mit Eingabe vom 8. Juni 2016 die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin unterstützt;
dass sowohl das vorinstanzliche Entsiegelungsverfahren (KZM 15 1523) als auch das Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht vorläufig sistiert wurden, nachdem die BA am 19. Mai 2016 die Einstellung des Strafverfahrens in Aussicht gestellt hatte;
dass dem Bundesgericht in einem sachkonnexen Verfahren die in Aussicht gestellte Verfügung vom 14. September 2016 der BA zugekommen ist, gemäss der sie das Strafverfahren (SV.15.0869) rechtskräftig eingestellt hat;
dass das Bundesgericht den Verfahrensbeteiligten am 7. Oktober 2016 mitteilte, dass eseine Abschreibung des Beschwerdeverfahrens in Aussicht nehme, und sie einlud, bis am 21. Oktober 2016 zu der in Aussicht genommenen Verfahrenserledigung (fakultativ) Stellung zu nehmen;
dass der Instruktionsrichter als Einzelrichter über die Abschreibung des Beschwerdeverfahrens zufolge Gegenstandslosigkeit entscheidet (Art. 32 Abs. 2 BGG);
dass das Beschwerdeverfahren angesichts der Einstellung des Strafverfahrens als gegenstandslos geworden abzuschreiben ist und innert angesetzter Frist auch keine Einwendung der Verfahrensbeteiligten zu dieser Verfahrenserledigung einging;
dass die BA mit Stellungnahme vom 18. Oktober 2016 bestätigt hat, dass ihre Einstellungsverfügung vom 14. September 2016 rechtskräftig geworden ist und dass sie am 4. Oktober 2016 ihr Entsiegelungsgesuch beim ZMG zurückgezogen hat;
dass über die Kostenfolgen mit summarischer Begründung aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden ist (Art. 72 BZP i.V.m. Art. 71 BGG), wobei das Bundesgericht nicht auf alle materiellen Streitpunkte einzeln und detailliert einzugehen hat (BGE 118 Ia 488 E. 4a S. 495; vgl. MATTHIAS HÄRRI, in: Basler Kommentar BGG, 2. Aufl. Basel 2011, Art. 32 N. 21);
dass die Beschwerde aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes wohl gutzuheissen gewesen wäre, zumal die BA schon relativ kurz nach ihrem Entsiegelungsgesuch die Einstellung des Strafverfahrens in Aussicht stellte, das massgebliche Siegelungsgesuch in der vorliegenden Konstellation rechtzeitig erfolgte und die Beschwerdeführerin im hängigen Entsiegelungsverfahren voraussichtlich als Partei bzw. Verfahrensbeteiligte zuzulassen gewesen wäre (vgl. BGE 140 IV 28 E. 4.3.4-4.3.5 S. 35-37);
dass keine Gerichtskosten zu erheben sind (Art. 66 Abs. 4 BGG);
dass die Bundesanwaltschaft der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin und der am Verfahren beteiligten anwaltlich vertretenen Bank je eine angemessene Parteientschädigung zu entrichten hat (Art. 68 BGG);

rulings:
erkennt der Einzelrichter:
1.
Das Beschwerdeverfahren wird zufolge Gegenstandslosigkeit als erledigt abgeschrieben.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Kasse der Bundesanwaltschaft) hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- (pauschal, inkl. MWST) zu entrichten.
4.
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Kasse der Bundesanwaltschaft) hat der Bank B._ AG eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- (pauschal, inkl. MWST) zu entrichten.
5.
Diese Verfügung wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonalen Zwangsmassnahmengericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Forster


facts:
Sachverhalt:
A.
A.a. Mit Urteil SB120162 vom 11. September 2012 bestrafte die II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich A._ wegen versuchter Nötigung und mehrfacher sexueller Belästigung mit einer Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 100.-- und mit einer Busse von Fr. 1'000.--. Eine dagegen erhobene Beschwerde vor dem Bundesgericht blieb erfolglos.
A.b. Im Anschluss an das Strafurteil erstattete A._ gegen verschiedene am Strafverfahren beteiligte Personen Strafanzeige.
A.b.a. Die Anzeigen gegen Gerichtspersonen des Obergerichts wurden von der Staatsanwaltschaft nicht an die Hand genommen; für diejenigen gegen Mitarbeitende der Staatsanwaltschaft erteilte das Obergericht die erforderliche Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung nicht. Auch dagegen führte A._ jeweils erfolglos Beschwerde beim Bundesgericht.
A.b.b. Mit Beschluss UE130232-O vom 16. Februar 2015 wies die III. Strafkammer des Obergerichts eine Beschwerde von A._ gegen die Nichtanhandnahme der Strafanzeigen gegen verschiedene am Strafverfahren beteiligte Privatpersonen ab. Mit Urteil 1B_417/2014 vom 20. Mai 2015 hiess die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts in diesem Zusammenhang eine Beschwerde über den Ausstand der Leitenden Staatsanwältin Frauenfelder Nohl gut, soweit sie darauf eintrat. Eine gegen den Beschwerdeentscheid vom 16. Februar 2015 erhobene Beschwerde wies die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts hingegen mit Urteil 6B_312/2015 vom 2. September 2015 ab, soweit sie darauf eintrat.
A.c. Am 31. März 2015 wies die I. Strafkammer des Obergerichts ein gegen das Strafurteil vom 11. September 2012 gerichtetes Revisionsgesuch von A._ ab. Mit Urteil 6B_527/2015 vom 2. September 2015 wies die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts eine dagegen erhobene Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
B.
B.a. Am 24. Juli 2016 reichte A._ beim Obergericht des Kantons Zürich eine Aufsichtsbeschwerde ein. Er beantragte, es sei gegenüber Oberrichter Thomas Meyer ein Disziplinarverfahren durchzuführen und der Beschluss UE130232-O der III. Strafkammer des Obergerichts vom 16. Februar 2015 für nichtig zu erklären. Zugleich verlangte er den Ausstand verschiedener Gerichtspersonen. Mit Plenarbeschluss OB160003-O vom 7. Dezember 2016 trat das Obergericht auf das Ausstandsbegehren nicht ein und wies die Aufsichtsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B.b. Am 10. Oktober 2016 stellte A._ beim Obergericht erneut ein Revisionsgesuch gegen das Strafurteil vom 11. September 2012. Mit Beschluss SR160027-O vom 9. Dezember 2016 trat die I. Strafkammer des Obergerichts auf das Gesuch nicht ein.
C.
Mit einer einheitlichen Eingabe vom 26. Januar 2017 an das Bundesgericht führt A._ Beschwerde in Strafsachen wegen Rechtsverweigerung im Zusammenhang mit dem Plenarentscheid des Obergerichts OB160003-O vom 7. Dezember 2016 einerseits sowie mit dem Beschluss der I. Strafkammer des Obergerichts SR160027-O vom 9. Dezember 2016 andererseits. Er beantragt im Wesentlichen die Feststellung der Nichtigkeit verschiedener Entscheide des Obergerichts des Kantons Zürich und der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl. Überdies sei das Obergericht anzuweisen, ebenfalls die Nichtigkeit verschiedener Entscheide festzustellen. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich sei anzuweisen, über die Zuständigkeit der Staatsanwaltschaft im Strafverfahren gegen verschiedene Privatpersonen neu zu entscheiden und in Nachachtung des Bundesgerichtsurteils 1B_417/2014 vom 20. Mai 2015 dieses Verfahren unter dem Ausstand der Leitenden Staatsanwältin Frauenfelder Nohl nochmals durchzuführen und namentlich die Amtshandlungen der fraglichen Leitenden Staatsanwältin zu wiederholen. Sodann rügt A._, Oberrichter Ch. Spiess hätte in den Ausstand treten müssen, und verlangt vor Bundesgericht ebenfalls den Ausstand der am bundesgerichtlichen Entscheid 6B_312/2015 vom 2. September 2015 beteiligten Gerichtspersonen, nämlich Bundesrichter Denys und Oberholzer, Bundesrichterin Jametti und Gerichtsschreiberin Unseld.
Die Oberstaatsanwaltschaft sowie das Obergericht des Kantons Zürich und dessen I. Strafkammer verzichteten auf eine Stellungnahme.

considerations:
Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer verlangt den Ausstand der Bundesrichter Denys und Oberholzer, von Bundesrichterin Jametti und von Gerichtsschreiberin Unseld. Da das Bundesgericht vorliegend in einer anderen Besetzung urteilt, können die Ausstandsbegehren als gegenstandslos abgeschrieben werden.
2.
2.1. Die Beschwerde richtet sich gegen zwei Entscheide. Vorweg einzugehen ist auf die Beschwerde gegen den Plenarbeschluss OB160003-O vom 7. Dezember 2016, mit dem das Obergericht auf eine Aufsichtsbeschwerde des Beschwerdeführers im Wesentlichen nicht eingetreten ist.
2.2. Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts kann der Entscheid einer Behörde, auf eine Aufsichtsbeschwerde nicht einzutreten, sie abzuweisen oder ihr keine Folge zu geben, grundsätzlich nicht mit Beschwerde angefochten werden (vgl. BGE 139 II 279 E. 2.3 S. 283; 133 II 468 E. 2 S. 471 f.; Urteil des Bundesgerichts 5A_961/2014 vom 19. Januar 2015). Dem Aufsichtsmassnahmen ablehnenden Beschluss fehlt der Verfügungscharakter, da er keinen Akt darstellt, der ein Verhältnis zwischen der Verwaltung und einem Bürger verbindlich regelt. Die Aufsichtsbeschwerde räumt nach allgemeinem Verständnis keinen Anspruch auf justizmässige Beurteilung ein und gilt deshalb nicht als eigentliches Rechtsmittel, sondern bloss als Rechtsbehelf. Da der Entscheid der Aufsichtsbehörde, keine verbindlichen Anordnungen zu treffen, nicht Verfügungscharakter hat, kann insofern auch nicht wegen Rechtsverweigerung oder Rechtsverzögerung oder wegen anderen behaupteten formellen Mängeln des Verfahrens Beschwerde geführt werden. Eine Beschwerde an das Bundesgericht wäre einzig zulässig, wenn der Beschwerdeführer ein eigenes, unmittelbares schutzwürdiges Interesse an einer aufsichtsrechtlichen Untersuchung oder an einer bestimmten Massnahme hätte (vgl. BGE 139 II 279 E. 2.3 S. 283; 133 II 468 E. 2 S. 471).
2.3. Soweit der Beschwerdeführer mit seiner Aufsichtsbeschwerde die Einleitung eines Disziplinarverfahrens gegenüber Oberrichter Thomas Meyer verlangte, hat er daran kein eigenes, unmittelbares schutzwürdiges Interesse (vgl. BGE 133 II 468 E. 2 S. 471). Die Beschwerde erweist sich insofern als unzulässig.
2.4. Soweit der Beschwerdeführer mit seiner Aufsichtsbeschwerde beantragte, der Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts vom 16. Februar 2015 im Verfahren UE130232-O über die Nichtanhandnahme seiner Strafanzeige gegen mehrere Privatpersonen sei nichtig zu erklären, verfügt er als reiner Anzeiger ebenfalls nicht über ein massgebliches schutzwürdiges Interesse für eine Beschwerde an das Bundesgericht. Auch diesbezüglich kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.5. Soweit der Beschwerdeführer schliesslich in der Aufsichtsbeschwerde ein Ausstandsgesuch gegen das Obergericht für alle laufenden und künftigen Verfahren stellte, ist zu differenzieren. Da er in der Hauptsache nicht beschwerdelegitimiert ist, trifft das auch insofern zu, als sich das Ausstandsgesuch auf das Aufsichtsverfahren selbst bezieht, da die prozessuale Ausstandsfrage das Schicksal der Hauptfrage teilt. Soweit das Ausstandsgesuch für alle anderen laufenden und künftigen Verfahren gilt, kann dem Beschwerdeführer zwar ein Interesse an der Beschwerdeführung nicht zum voraus abgesprochen werden. Ein solches pauschales Ausstandsgesuch ist aber von vornherein unzulässig. Ein Ausstandsgesuch muss sich immer auf ein bestimmtes Verfahren und bestimmte Personen beziehen und entsprechend konkretisiert werden. Mangels Bestimmtheit des Anliegens fehlt es derzeit auch insofern an der Schutzwürdigkeit des geltend gemachten Interesses. Im Übrigen erwiese sich die Beschwerde, selbst wenn insoweit darauf einzutreten wäre, aus analogen Gründen als offensichtlich unbegründet, weil pauschale Vorwürfe von vornherein keinen Ausstandsgrund zu belegen vermögen.
3.
3.1. Zweitens ficht der Beschwerdeführer den Beschluss der I. Strafkammer des Obergerichts vom 9. Dezember 2016 an, mit dem diese auf sein Gesuch um Revision des Urteils der II. Strafkammer vom 11. September 2012 nicht eingetreten ist. Dabei handelte es sich bereits um das zweite Revisionsgesuch gegen dasselbe Strafurteil SB120162, mit dem der Beschwerdeführer wegen versuchter Nötigung und mehrfacher sexueller Belästigung mit einer Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 100.-- und mit einer Busse von Fr. 1'000.-- bestraft worden war.
3.2. Beim Beschluss vom 9. Dezember 2016 handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid, gegen den die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht nach Art. 78 ff. BGG offen steht. Der strafrechtlich verurteilte Beschwerdeführer ist als Gesuchsteller und direkter Adressat des angefochtenen Entscheides zur Beschwerde berechtigt (vgl. Art. 81 BGG). Damit kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht unter Einschluss der Rechtsverweigerung geltend gemacht werden (vgl. Art. 95 lit. a und Art. 94 BGG). Das Bundesgericht prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide jedoch grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
3.3. Die Beschwerdeschrift ist in weiten Teilen nur schwer verständlich. Es ist nicht durchgängig nachvollziehbar, inwiefern der angefochtene Entscheid bundesrechtswidrig sein sollte. Die Beschwerdeschrift äussert sich hauptsächlich zu vom Beschwerdeführer behaupteten Rechtsbrüchen in verschiedenen Verfahren, die im Wesentlichen auf mehreren Verfahrensfehlern beruhen sollen. Offenbar geht der Beschwerdeführer davon aus, dass die beteiligten Gerichtspersonen befangen seien, weil sie die vermeintlichen Mängel verursacht hätten oder nicht korrigieren wollten, und daher die für ihn nachteilig ausgegangenen Entscheide nichtig seien. Nur am Rande geht der Beschwerdeführer auf die Gründe ein, die zum für ihn negativen Ausgang des obergerichtlichen Verfahrens geführt haben. Nur soweit er sich jedoch mit den entsprechenden Ausführungen des angefochtenen Entscheides auseinander setzt, kann auf die Beschwerde im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingetreten werden. Im Übrigen erweist sie sich als unzulässig. Das gilt namentlich, soweit sich der Beschwerdeführer auf grund- und menschenrechtliche Ansprüche gemäss der Bundesverfassung oder der Menschenrechtskonvention (EMRK) beruft, legt er doch nicht dar, inwieweit der angefochtene Entscheid gegen solche verstossen sollte. Auf die Beschwerde einzutreten ist damit nur insoweit, als der Beschwerdeführer eine Rechtsverweigerung durch Verletzung der einschlägigen Gesetzesbestimmungen ausreichend substanziiert rügt.
3.4. Wer durch ein rechtskräftiges Strafurteil oder einen Strafbefehl beschwert ist, kann nach Art. 410 Abs. 1 lit. b StPO die Revision verlangen, wenn der Entscheid mit einem späteren Strafentscheid, der den gleichen Sachverhalt betrifft, in unverträglichem Widerspruch steht. Das Revisionsverfahren gemäss der Strafprozessordnung gliedert sich grundsätzlich in zwei Phasen, nämlich eine Vorprüfung (Art. 412 Abs. 1 und 2 StPO) sowie eine materielle Prüfung der geltend gemachten Revisionsgründe (Art. 412 Abs. 3 und 4 sowie Art. 413 StPO). Es handelt sich dabei um ein zweistufiges Verfahren, für welches das Berufungsgericht zuständig ist (Art. 412 Abs. 1 und 3 StPO). Gemäss Art. 412 Abs. 2 StPO tritt das Gericht auf das Revisionsgesuch nicht ein, wenn es offensichtlich unzulässig oder unbegründet ist oder es mit den gleichen Vorbringen schon früher gestellt und abgelehnt wurde. Bei dieser vorläufigen und summarischen Prüfung sind grundsätzlich die formellen Voraussetzungen zu klären. Das Gericht kann jedoch auf ein Revisionsgesuch auch nicht eintreten, wenn die geltend gemachten Revisionsgründe offensichtlich unwahrscheinlich oder unbegründet sind (Urteil 6B_791/2014 vom 7. Mai 2015 E. 2.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: BGE 141 IV 298). Wie die Vorinstanz schliesslich zutreffend ausführt, können in einem zweiten Revisionsverfahren in gleicher Sache nur noch Vorbringen geprüft werden, die im ersten unberücksichtigt geblieben bzw. als nicht massgeblich erachtet worden sind.
3.5. Der Beschwerdeführer verlangt bereits zum zweiten Mal die Revision desselben Strafurteils. Das erste Revisionsverfahren endete mit dem für ihn nachteiligen Urteil des Bundesgerichts 6B_527/2015 vom 2. September 2015. Im hier angefochtenen Entscheid zum zweiten Revisionsgesuch verneinte die Vorinstanz die vom Beschwerdeführer neu oder wiederholt behaupteten Mängel des Strafurteils der II. Strafkammer vom 11. September 2012, namentlich die Befangenheit der beteiligten Gerichtspersonen, den Amtsmissbrauch durch (ganz oder teilweise) dieselben, die Unterdrückung von Beweisen, die falsche Darstellung von Zeugenaussagen und weitere Verfahrensmanipulationen, eine fehlerhafte Beweiswürdigung sowie deliktische Einwirkungen auf das Strafurteil. Das Obergericht hielt im angefochtenen Entscheid fest, die erhobenen Vorwürfe hätten entweder bereits im Strafverfahren vorgebracht werden können, seien offensichtlich unbegründet, stellten keine zulässigen Revisionsgründe dar oder seien bereits im ersten Revisionsentscheid beurteilt worden. Der Beschwerdeführer wiederholt zwar seinen Standpunkt und erläutert in der Beschwerdeschrift eingehend seine Vorwürfe. Entscheidend ist hier aber einzig die prozessuale Frage, ob Gründe für eine Revision vorlagen, d.h. ob die Annahme der Vorinstanz, die behaupteten Revisionsgründe seien unzulässig oder offensichtlich unbegründet, gegen Bundesrecht verstiess. Soweit sich die Beschwerdeschrift überhaupt rechtsgenüglich dazu äussert, sind die Erwägungen des Obergerichts im angefochtenen Entscheid jedoch nachvollziehbar und nicht zu beanstanden. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt und sonst noch rügt, schlägt nicht durch.
3.6. Der angefochtene Entscheid verstösst nicht gegen Bundesrecht und stellt insbesondere gegenüber dem Beschwerdeführer keine Rechtsverweigerung dar. Die Beschwerde im Zusammenhang mit dem obergerichtlichen Beschluss vom 9. Dezember 2016 über ein Revisionsgesuch ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.
Ergänzend rechtfertigen sich die folgenden Bemerkungen:
4.1. Die dem obergerichtlichen Entscheid UE130232-O zugrunde liegende Nichtanhandnahme der Anzeige des Beschwerdeführers gegen mehrere Privatpersonen leidet an sich an einem Verfahrensmangel. Der Beschwerdeführer stellte im fraglichen Verfahren am 22. Juli 2014 ein Ausstandsgesuch gegen die Leitende Staatsanwältin Frauenfelder Nohl. Am 2. August 2014 erging der Entscheid der Staatsanwaltschaft über die Nichtanhandnahme, der von der betreffenden Leitenden Staatsanwältin genehmigt worden war. Am 31. Oktober 2014 wies das Obergericht das Ausstandsgesuch und am 16. Februar 2015 die Beschwerde gegen den Entscheid über die Nichtanhandnahme ab. Am 20. Mai 2015 hiess die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts eine Beschwerde des Beschwerdeführers gegen den obergerichtlichen Entscheid über den Ausstand gut, soweit sie darauf eintrat, hob den entsprechenden Ausstandsentscheid auf und hiess das Ausstandsgesuch gegenüber der Leitenden Staatsanwältin Frauenfelder Nohl gut (Urteil 1B_417/2014). In der Folge wies die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts am 2. September 2015 eine Beschwerde des Beschwerdeführers gegen den obergerichtlichen Entscheid über die Nichtanhandnahme in der Sache ab, soweit sie darauf eintrat (Urteil 6B_312/2015). Zu einem Ausstand der Leitenden Staatsanwältin ist es demnach nie gekommen; vielmehr war der Sachentscheid des Obergerichts über die Nichtanhandnahme bereits gefällt, als das Bundesgericht über den Ausstand entschied. Im strafrechtlichen Verfahren vor dem Bundesgericht war die Ausstandsfrage kein Thema.
4.2. Wie das Obergericht in seinem (hier angefochtenen) Plenarbeschluss vom 7. Dezember 2016 zutreffend ausführt, ist ein unter Verletzung von Ausstandsvorschriften zustande gekommener Entscheid grundsätzlich nicht nichtig, sondern bloss anfechtbar (vgl. Art. 60 StPO e contrario). Der Beschwerdeführer hat den hier fraglichen obergerichtlichen Sachentscheid zwar angefochten; die zuständige Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts, die auch vom Beschwerdeführer nicht nachträglich darauf hingewiesen worden war, hatte aber offenbar keine Kenntnis vom Urteil der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung über den Ausstand.
4.3. Im Strafprozess gilt indessen zusätzlich die Regelung, dass eine Partei innert fünf Tagen, nachdem sie vom Entscheid über den Ausstand Kenntnis erhalten hat, verlangen kann, Amtshandlungen, an denen eine zum Ausstand verpflichtete Person mitgewirkt hat, aufzuheben und zu wiederholen (Art. 60 Abs. 1 StPO); andernfalls bleiben diese Amtshandlungen gültig und bestehen. Wird der Ausstand erst nach Abschluss des Verfahrens entdeckt, gelten die Bestimmungen über die Revision (Art. 60 Abs. 3 StPO), wobei die entsprechenden Voraussetzungen unter Einschluss der einschlägigen Bestimmungen über die Fristen erfüllt sein müssen. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, nach der Vorschrift von Art. 60 Abs. 1 StPO innert fünf Tagen nach Kenntnis des Bundesgerichtsurteils vom 20. Mai 2015 ein Gesuch um Wiederholung einer Amtshandlung, nämlich des Nichtanhandnahmeentscheids der Staatsanwaltschaft, eingereicht oder gemäss Art. 60 Abs. 3 StPO ein Revisionsgesuch gegen den Beschluss UE130232-O der III. Strafkammer des Obergerichts vom 16. Februar 2015 gestellt zu haben. Soweit er die ihm damals offen gestandenen gesetzlichen Möglichkeiten nicht sachgerecht genutzt haben sollte, hätte er sich das selbst zuzuschreiben.
4.4. Soweit der Beschwerdeführer die Nichtigkeit des Entscheids vom 16. Februar 2015 UE130232-O über die Nichtanhandnahme der Strafanzeigen gegen verschiedene am Strafverfahren beteiligte Privatpersonen geltend macht, ist er hier, wo es einzig um den Plenarbeschluss vom 7. Dezember 2016 über die Aufsichtsbeschwerde des Beschwerdeführers einerseits und um den Entscheid des Obergerichts vom 9. Dezember 2016 über die bereits zum zweiten Mal beantragte Revision des gegen den Beschwerdeführer selbst gerichteten Strafurteils vom 11. September 2012 andererseits geht, aus den dargelegten Gründen nicht zu hören.
5.
Insgesamt erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 68 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die gegen Gerichtspersonen des Bundesgerichts gerichteten Ausstandsbegehren werden als gegenstandslos abgeschrieben.
2.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich, dem Obergericht des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax


facts:
Sachverhalt:
A.
Zwischen A._ als Pächter und der Firma B._ als Verpächterin ist der höchstzulässige Pachtzins pro Jahr für die Alp C._ und für den D._ umstritten. Die Abteilung Landwirtschaft des Kantons Glarus setzte diesen am 21. Mai 2012 für die Dauer von 2004 bis 2009 auf Fr. 19'320.-- (Alp C._) und für den D._ für die Dauer von 2004 bis 2006 auf Fr. 2'085.-- bzw. für die Jahre 2007 bis 2009 auf Fr. 1'845.-- fest; hieraus resultierte unter Berücksichtigung des kantonalrechtlichen Zuschlags für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur ein höchstzulässiger Pachtzins von Fr. 21'405.-- (2004 bis 2006) bzw. Fr. 21'165.-- (2007 bis 2009) pro Jahr. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus hiess am 19. Dezember 2012 eine von A._ hiergegen eingereichte Beschwerde teilweise gut; es hob die Verfügung der Abteilung Landwirtschaft auf und wies die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück.
B.
Am 18. Mai 2016 stellte die Abteilung Landwirtschaft des Kantons Glarus erneut fest, dass der höchstzulässige Pachtzins pro Jahr für die Alp C._ für die Dauer von 2004 bis 2009 Fr. 19'320.-- und für den D._ für die Zeit von 2004 bis 2006 Fr. 2'085.-- und für die Dauer von 2007 bis 2009 Fr. 1'845.-- betrage; unter Berücksichtigung des kantonalrechtlichen Zuschlags für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur ergab sich erneut ein höchstzulässiger Pachtzins von Fr. 21'405.-- (2004 bis 2006) bzw. Fr. 21'165.-- (2007 bis 2009) pro Jahr. A._ gelangte hiergegen erfolglos mit dem Antrag an das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, den höchstzulässigen Pachtzins pro Jahr für die Alp C._ und den D._ um den Zuschlag von Fr. 65.-- pro Rohfutter verzehrender Grossvieheinheit (RGVE) für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur, d.h. um Fr. 7'475.-- pro Jahr (Alp C._) bzw. um Fr. 650.-- pro Jahr (D._) zu reduzieren; demzufolge sei der höchstzulässige Pachtzins auf Fr. 11'845.-- (Alp C._) und auf Fr. 1'435.-- (2004 bis 2006) bzw. Fr. 1'195.-- (Jahre 2007 bis 2009) pro Jahr für den D._ festzusetzen. Das Gericht begründete seinen ablehnenden Entscheid damit, dass die vertragsgemässe Nutzung der jeweiligen Alpen die Haltung von Milchkühen und die direkte Produktion von Milch zu Butter und Rohziger vorgesehen habe und nicht die vom Pächter betriebene Produktion von Alpkäse. Solange die Firma B._ für die erforderliche Infrastruktur für Butter und Ziger aufgekommen sei, habe sie einen Zuschlag von Fr. 65.-- pro Rohfutter verzehrender Grossvieheinheit (RGVE) zum höchstzulässigen Pachtzins hinzurechnen dürfen; der Pachtzinszuschlag sei jeweils für den Unterhalt der insofern bestimmungsgemässen Infrastruktur verwendet worden, woran der Umstand nichts ändere, dass A._ Alpkäse, statt Butter und Ziger produziert habe.
C.
A._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Glarus vom 6. Oktober 2016 betreffend Feststellung des höchstzulässigen Pachtzinses aufzuheben. Dieser sei für die Alp C._ und den D._ gemäss der Berechnung der Abteilung Landwirtschaft in ihrer Verfügung vom 18. Mai 2016 um den Zuschlag von Fr. 65.-- pro Rohfutter verzehrender Grossvieheinheit (RGVE) für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur, d.h. um Fr. 7'475.-- pro Jahr für die Alp C._, und um Fr. 650.00 pro Jahr für den D._ zu reduzieren. Der höchstzulässige Pachtzins sei - wie im kantonalen Verfahren beantragt - auf Fr. 11'845.-- pro Jahr für die Alp C._ und auf Fr. 1'435.-- (Jahre 2004 bis 2006) beziehungsweise Fr. 1'195.00 pro Jahr (Jahre 2007 bis 2009) für die D._ festzusetzen; allenfalls sei die Sache zu neuem Entscheid an die kantonalen Behörden zurückzuweisen. A._ macht geltend, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und dadurch das einschlägige kantonale Recht in offensichtlich unhaltbarer Weise angewandt.
Die Firma B._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne, und den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts zu bestätigen. Das Departement Volkswirtschaft und Inneres und das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus ersuchen darum, die Beschwerde abzuweisen. Die Verfahrensbeteiligten hielten am 12. und 26. Januar 2017 an ihren Anträgen und Ausführungen fest.

considerations:
Erwägungen:
1.
Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Glarus über den höchstzulässigen Pachtzins kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden (vgl. Art. 49 und 50 des Bundesgesetz vom 4. Oktober 1985 über die landwirtschaftliche Pacht [LPG; SR 221.213.2] i.V.m. Art. 82 lit. a, Art. 83 [e contrario], Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Auf die frist- (Art. 100 BGG) und grundsätzlich (vgl. indessen E. 2) auch formgerecht (vgl. Art. 42 und Art. 106 Abs. 2 BGG) eingereichte Eingabe des durch die Zinsfestsetzung direkt betroffenen Pächters (Art. 89 Abs. 1 BGG) ist einzutreten.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 95 lit. a und Art. 106 Abs. 1 BGG). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich erscheinen (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Das Bundesgericht ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich potentiell stellenden Fragen zu beantworten, wenn diese in seinem Verfahren nicht mehr problematisiert werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht geht auf entsprechende Rügen nur ein, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287). Mit ungenügend motivierten Einwänden und bloss allgemein gehaltener, appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid setzt es sich nicht weiter auseinander. Wird eine Verletzung des Willkürverbots behauptet, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen aufgezeigt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130; 134 II 244 E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen). Die vorliegende Beschwerdeschrift, welche über weite Teile appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz enthält, genügt diesen Anforderungen nur punktuell.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dieser kann nur als unzutreffend kritisiert bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn er in einem entscheidwesentlichen Punkt offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht. Obwohl nicht ausdrücklich im Gesetz erwähnt, beruht auch die unvollständige Sachverhaltsfeststellung auf einer Rechtsverletzung: Was rechtserheblich ist, bestimmt sich nach dem materiellen Recht; eine in Verkennung der Rechtserheblichkeit unvollständige Ermittlung der für die rechtliche Beurteilung massgeblichen Tatsachen verletzt deshalb direkt die anzuwendende materielle Norm selber (Art. 95 BGG; BGE 136 II 65 E. 1.4 S. 68; 134 V 53 E. 4.3 S. 62). Neue Tatsachen und Beweismittel können im bundesgerichtlichen Verfahren schliesslich nur insoweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz hierzu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG: Verbot echter Noven; BGE 136 II 497 E. 3.3 S. 500 f.; Urteil 2C_359/2014 vom 1. Dezember 2014 E. 2).
3.
Der Pachtzins für Grundstücke zur landwirtschaftlichen Nutzung unterliegt von Bundesrechts wegen der behördlichen Kontrolle; er darf das "zulässige Mass" nicht übersteigen (vgl. Art. 1 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 36 Abs. 1 LPG [Öffentlich-rechtliche Beschränkungen]). Für die Pacht von Alpen und Weiden sowie von Nutzungs- und Anteilsrechten haben die Kantone die Befugnis, "abweichende Bestimmungen" zu erlassen (Art. 3 LPG). Der Kanton Glarus hat dies im hier relevanten Zeitraum (2004 bis 2009) im Einführungsgesetz vom 3. Mai 1987 zum Bundesgesetz über die landwirtschaftliche Pacht (EG LPG) getan (IX D/2/7). Gemäss dessen Art. 6a Abs. 1 setzt sich der höchstzulässige Pachtzins für Alpbetriebe mit Grossvieh, die im Alpurbar aufgenommen sind, neben dem Pachtzins für den Boden gemäss der (eidgenössischen) Verordnung vom 11. Februar 1987 über die Bemessung des landwirtschaftlichen Pachtzinses (Pachtzinsverordnung [SR 221.213.221]; Art. 6a Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 11 Abs. 2 Pachtzinsverordnung), aus dem Pachtzins für die Gebäude (Art. 6 Abs. 1 lit. b EG LPG i.V.m. Art. 10 Pachtzinsverordnung) und einem Zuschlag für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur zusammen (Art. 6a Abs. 1 lit. c EG LPG). Dieser Zuschlag darf nur erhoben werden, "wenn der Verpächter für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur des Alpbetriebs tatsächlich aufkommt" (Art. 6a Abs. 2 EG LPG). Der Landrat regelt die Bemessung des Zuschlags (Art. 6a Abs. 3 EG LPG). Der Pachtzinszuschlag für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur eines Alpbetriebs beträgt gemäss Art. 1 Abs. 1 des Landratsbeschlusses vom 22. November 2000 über die Bemessung des höchstzulässigen Pachtzinses für Alpen (Landratsbeschluss; IX D/3/1) Fr. 65.-- je Stoss Grossvieh (in RGVE); die maximal anrechenbare Stosszahl entspricht der in der Alpordnung für den jeweiligen Alpbetrieb festgelegten höchstzulässigen Bestossung mit Grossvieh (Art. 1 Abs. 2 des Landratsbeschlusses). Zweck des Zuschlags ist es, den Alpeigentümern zu ermöglichen, die bestimmungsgemässe Infrastruktur der jeweiligen Alp zu unterhalten bzw. zu erneuern und diese nicht aus finanziellen Gründen zu vernachlässigen. Der Zuschlag ist nicht geschuldet, wenn das Pachtobjekt nicht mehr bestimmungsgemäss genutzt werden kann oder der Alpeigentümer nicht tatsächlich für die notwendige Instandhaltung sorgt.
4.
4.1. Zwischen den Parteien ist die Frage umstritten, zu welcher Nutzung die Alp C._ und der D._ bestimmt waren. Der Beschwerdeführer vertritt die Auffassung, dass es dabei darum gegangen sei, Alpkäse herzustellen, wozu die Firma B._ als Verpächterin die Infrastruktur nicht unterhalten bzw. zur Verfügung gestellt habe, weshalb der Pachtzinszuschlag von Fr. 65.-- je Stoss Rohfutter verzehrender Grossvieheinheit (RGVE) nicht geschuldet sei. Die Vorinstanz habe den Sachverhalt diesbezüglich willkürlich festgestellt und sei in unhaltbarer Weise davon ausgegangen, dass die Milchproduktion auf den entsprechenden Alpen bloss Butter und Rohziger umfasst habe und nicht Alpkäse; diesbezüglich habe (noch) keine bestimmungsgemässe Infrastruktur bestanden, weshalb der Zuschlag nach Art. 6a Abs. 1 lit. c EG LPG von der Verpächterin nicht habe eingefordert werden dürfen. Die Beschwerdegegnerin habe gewusst bzw. wissen müssen, dass er Alpkäse herstellte, weshalb nicht auf den jeweiligen Pachtvertrag und die Alpordnung habe abgestellt werden dürfen. Es habe bezüglich des zulässigen Verarbeitungsprodukts eine mündliche bzw. konkludente Änderung der Verträge bzw. der Alpordnung bestanden, was die Vorinstanz verkannt habe; das Verwaltungsgericht habe deshalb zu Unrecht den von der Verpächterin bzw. von der Abteilung Landwirtschaft festgestellten Pachtzins geschützt, zumal die Verpächterin für die erforderliche Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur des Alpbetriebs nicht tatsächlich aufgekommen sei, sondern vielmehr er als Pächter dafür gesorgt habe, dass die Herstellung von Alpkäse möglich war.
4.2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehörs vor, wenn die Vorinstanz auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und sie, ohne in Willkür zu verfallen, in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen darf, dass ihre Erkenntnisse auch durch weitere Erhebungen nicht mehr entscheidend beeinflusst würden (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_785/2015 vom 29. März 2016 E. 3.1). Von Willkür kann nicht bereits dann die Rede sein, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erschiene oder sogar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Den kantonalen Instanzen steht bei der Beweiswürdigung ein weiter Beurteilungsspielraum zu. Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nur vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren Beweiswürdigung beruht, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Grundlagen ausgegangen ist, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder an einem offenkundigen Fehler leiden (BGE 141 IV 369 E. 6.3 S. 375 mit Hinweisen). Solche können darin liegen, dass die Vorinstanz offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweismittel übersehen oder solche in willkürlicher Weise ausser Acht gelassen hat (BGE 129 I 8 E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen). Dass der vom Gericht festgestellte Sachverhalt nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Person übereinstimmt, begründet für sich allein noch keine Willkür (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266).
4.3. Unabhängig davon, ob der Beschwerdeführer seine Willkürrügen hinreichend substanziiert erhoben hat (vgl. BGE 141 IV 369 E. 6.3 S. 375; vorstehende E. 2) und er am angefochtenen Urteil nicht bloss appellatorische Kritik übt, indem er lediglich seine Sicht der Dinge und Wertungen derjenigen der Vorinstanz gegenüberstellt, ohne auszuführen, inwiefern diese das Willkürverbot verletzt haben soll, ist seine Kritik inhaltlich unberechtigt:
4.3.1. Der Beschwerdeführer hat einen ersten Pachtvertrag am 29. Dezember 2003 unterzeichnet, worin er die Alpordnung der Verpächterin in ihrer Fassung vom 10. Dezember 2003 (genehmigt am 18. Dezember 2003) als Bestandteil der Pachtregelung anerkannte. Die entsprechende Alpordnung sah in Ziffer 1 ausdrücklich vor, dass mindestens 30 Milchkühe zu halten seien und die Milch in beiden Stäfeln zu Butter und Ziger verarbeiten werden sollte. Für den bestimmungsgemässen Gebrauch und die hierfür zu unterhaltende Infrastruktur bildete somit die Butter- und Zigerproduktion die entscheidende Grundlage; die Abmachung sah keine Verpflichtung zur Produktion von Alpkäse vor; im Gegenteil: Die Formulierung, wonach die Milch zu Butter und Ziger verarbeitet werden "soll", auferlegte dem Pächter eine entsprechende Pflicht. Die Verpächterin war zwar ihrerseits nicht abgeneigt, zu prüfen, ob auf der umstrittenen Alp nicht eine Alpkäseproduktion denkbar wäre, und hat sich in der Folge mit dem Pächter für eine solche stark gemacht, doch musste sie von einer Umnutzung absehen, da sie dadurch verschiedene, für den bisherigen Gebrauch erhaltene Subventionen hätte zurückerstatten müssen. Zudem standen die kantonalen Instanzen einer Umnutzung kritisch gegenüber, da sie bei einer solchen das (noch) auszuarbeitende Gesamtkonzept der Alpnutzung im Kanton gefährdet sahen. Im Pachtvertrag vom 29. Dezember 2003 für den D._ (ohne Sennhütte) bildete der Zuschlag für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur ausdrücklich Teil des Pachtvertrags (Art. 2: 10 Rohfutter verzehrende Grossvieheinheit à Fr. 65.-- = Fr. 650.--).
4.3.2. Im Pachtvertrag C._-Alp vom 2. Dezember 2006 akzeptierte der Beschwerdeführer die entsprechende neue Alpordnung "C._-Alp" vom 2. Dezember 2006; diese sah wiederum die Haltung von mindestens 30 Milchkühen vor, hielt aber lediglich noch fest, dass die Milch auf der Alp zu verarbeiten sei. Sie nannte somit den Produktionszweck nicht mehr. Wenn die Vorinstanz dennoch davon ausging, dass die Bestimmung im Lichte der bisherigen Alpordnung zu verstehen sei und keine für die Verpächterin verpflichtende Vertragsänderung zur Produktion von Alpkäse (statt Butter und Ziger) umfasste, kann dies nicht als offensichtlich unhaltbar bezeichnet werden: Der Pachtvertrag bezüglich der D._ (ohne Sennhütte und ohne Weidestall) sah wiederum vor, dass ein Zuschlag nach Art. 6a EG LPG für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur geschuldet sei (Art. 2: 10 Rohfutter verzehrende Grossvieheinheit à Fr. 32.50.-- = Fr. 325.--). Wie sich aus den Akten ergibt, hat die Verpächterin sich zwar darum bemüht, im Sinne einer Umnutzung der beiden Alpen dem Anliegen ihres Pächters Rechnung zu tragen; ihre Bemühungen scheiterten indessen aus finanziellen (Pflicht zur Rückzahlung bezogener Subventionen) und rechtlichen Gründen (künftiges Gesamtkonzept der Alpbewirtschaftung). Sie duldete zwar die Herstellung von Alpkäse durch den Beschwerdeführer weiter, verpflichtete ihn aber nicht hierzu, weil die Infrastruktur dies nicht sachgerecht erlaubte. Die Änderung der Formulierung in der Alpordnung 2006 dürfte auf den Inspektionsbericht aus dem Jahr 2005 zurückzuführen sein, wo festgehalten wurde:
"Gemäss Alpordnung soll die Milch zu Butter und Ziger verarbeitet werden, was jedoch nicht der Fall ist. Bestimmungen in der Alpordnung, welche nicht eingehalten werden müssen, sind auch nicht aufzuführen."
Hieraus ergab sich einzig, dass das faktische Handeln des Beschwerdeführers geduldet werden sollte, indessen nicht, dass die Verpächterin bereit war, eine neue Infrastruktur zu erstellen bzw. auf den Infrastrukturbeitrag zugunsten der bestehenden, an den bisherigen Gebrauch gebundenen Infrastruktur zu verzichten (Butter und Ziger). Auf jeden Fall kann ein entsprechendes Verständnis der Neuregelung der Alpordnung in Verbindung mit dem Pachtvertrag bezüglich der D._, der - wie dargelegt - ausdrücklich den Infrastrukturbeitrag vorsah, nicht als offensichtlich unhaltbar gelten.
4.3.3. Die Annahme der Vorinstanz, der schriftliche Vertrag sei durch die Bemühungen der Verpächterin nachträglich weder mündlich noch konkludent abgeändert worden, ist damit nicht willkürlich; sie durfte ohne Verletzung von Art. 9 BV feststellen, dass "die Abklärungen im Zeitpunkt des ersten Vertragsschlusses noch im Gange" waren und eine Produktion von Alpkäse "bei weitem nicht als beschlossene Sache" gelten konnte. Dies musste im Übrigen auch dem Beschwerdeführer bewusst sein: Am 16. September 2008 wurde die Problematik an der Kommissionssitzung der Beschwerdegegnerin diskutiert und festgehalten, dass der Alppächter bereit sei, einen Eigenbeitrag von Fr. 20'000.-- zur Anpassung der Infrastruktur zur Alpkäseherstellung zu leisten und diesbezüglich noch ein entsprechender Vereinbarungsvertrag zu unterzeichnen sei; hiermit wurde klargestellt, dass eine verbindliche Umnutzung und deren Bedingungen schriftlich vereinbart werden sollten, was offenbar nicht geschehen ist. Dies spricht dagegen, dass die Verpächterin bereit gewesen sein könnte, stillschweigend eine Vertragsänderung mit weitgehenden finanziellen Folgen für sie zu akzeptieren, nachdem ihre Subventionsgesuche gescheitert waren und mit der Vertragsänderung eine Rückzahlungspflicht bereits bezogener Gelder verbunden gewesen wäre. Am 3. Juni 2008 hatte der Beschwerdeführer erklärt, bereit zu sein, "die Investitionen für das Käselager" und damit die durch ihn faktisch vorgenommene Umnutzung "zu übernehmen"; sollte allenfalls "doch ein Umbau zustande" kommen, "werde er das Geld retour fordern"; ansonsten er "das Risiko für die Investition" übernehme. An der Kommissionssitzung vom 19. Juni 2008 konnte er sein Projekt zu der von ihm gewünschten Umnutzung (Alpkäseherstellung) der Kommission der Verpächterin vorstellen, was dafür spricht, dass auch aus seiner Sicht die bestimmungsgemässe Infrastruktur im Rahmen der Pachtverträge sich auf die Produktion von Butter und Ziger bezog; diese wurde ihm von der Verpächterin zur Verfügung gestellt; im Übrigen duldete sie lediglich, die von ihm ohne rechtliche Absicherung auf eigenes Risiko praktizierte Alpkäseproduktion.
4.4. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, der Zuschlag für die Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur habe nicht erhoben werden dürfen, da die Verpächterin nicht für die tatsächliche Erneuerung der bestimmungsgemässen Infrastruktur des Alpbetriebes aufgekommen sei (Art. 6a Abs. 2 EG LPG), legt er nicht dar, inwiefern die gegenteilige Annahme der Vorinstanz Bundesverfassungsrecht verletzen würde und insbesondere willkürlich wäre. Dies ist auch nicht ersichtlich: Die eigenen Investitionen fielen für die vom Beschwerdeführer vorgenommene Herstellung von Alpkäse an; aus dem Inspektionsbericht 2005 bezüglich der Alp C._ ergibt sich, dass sich diese für den bestimmungsgemässen Gebrauch in einem ordentlichen Zustand befand, der Unterstafel einen neu sanierten Stall aufwies und der dortige Wohnraum als korrekt bezeichnet werden konnte. Die Verpächterin sanierte unbestrittenermassen den Unterstafel in den Jahren 1999/2000 und erbrachte dabei Eigenleistungen von rund Fr. 190'000.-- (inkl. Spenden). Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Auffassung der Vorinstanz willkürlich sein könnte, dass die Erneuerungszuschläge nicht jeweils für das einzelne Pachtverhältnis zu nutzen sind, sondern generell und auf längere Dauer bzw. grösseren Erneuerungsbedarf hin auch Rückstellungen erlauben. Nur wenn der bestimmungsgemässe Gebrauch nicht mehr sichergestellt ist, darf der Zuschlag nicht (mehr) erhoben werden, was sich, wie die Vorinstanz willkürfrei feststellen durfte, aus Art. 6a Abs. 2 EG LPG ergibt. Schliesslich hat die Verpächterin die entsprechenden Beiträge auch zugunsten des Beschwerdeführers insofern verwendet, als sie während seiner Pachtzeit zwischen Fr. 6'235.15 (Jahr 2004) und Fr. 19'770.30 (Jahr 2007) in die Alp C._ investierte.
5.
5.1. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist deshalb abzuweisen. Ergänzend zu den vorstehenden Ausführungen kann auf die zutreffenden Darlegungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
5.2. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen (Art. 68 Abs. 3 BGG); die Beschwerdegegnerin ist eine Körperschaft des kantonalen Rechts (Art. 59 Abs. 3 ZGB; Art. 34 Abs. 1 des Gesetzes vom 7. Mai 1911 über die Einführung des Schweizerischen Zivilgesetzbuchs im Kanton Glarus [EG ZGB; III B/1/1], vgl. zum Kanton Graubünden: BGE 132 I 270 ff.); sie hat ihre juristische Persönlichkeit durch die Genehmigung ihrer Statuten seitens des zuständigen Departements ohne Eintragung in das Handelsregister erworben (Art. 34 Abs. 2 EG ZGB). Sie wurde als durch den Kanton beaufsichtigte Alpkorporation und damit als Verpächterin bzw. Zusammenschluss der Alpeigentümer im Streit um den maximalen Pachtzins wie ein Privater in das bundesgerichtliche Verfahren einbezogen. Dabei war sie auf eine rechtliche Beratung angewiesen; es rechtfertigt sich deshalb, ihr eine Entschädigung zulasten des Beschwerdeführers zuzusprechen. Den obsiegenden Behörden ist indessen keine Entschädigung geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, I. Kammer, und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar