facts:
Faits :
A.
B.X._ est une société à responsabilité limitée inscrite au registre du commerce du canton de Genève, dont le but consiste en l'acquisition, la vente, la détention et la gestion de participations dans tous types de sociétés et entreprises, en Suisse et à l'étranger, dans le respect des prescriptions de la LFAIE. Elle fait partie du groupe X._.
L'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale), lors d'un contrôle fiscal relatif à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) pour les périodes allant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2012, a constaté que la société intéressée avait acquis des prestations de services auprès d'entreprises étrangères membres du groupe. Suite à ce contrôle, l'Administration fédérale a fixé la créance fiscale et la correction en sa faveur à un montant de 59'236 fr. L'intéressée a contesté le résultat du contrôle par courrier du 28 mars 2014.
B.
Par décision du 22 avril 2014, couplée à une notification d'estimation, l'Administration fédérale a confirmé le montant total de la correction de l'impôt en sa faveur tel que déterminé suite au contrôle fiscal. Le 23 mai 2014, la société intéressée a en particulier demandé l'annulation de cette décision. Par décision du 12 février 2015, l'Administration fédérale a partiellement admis la réclamation, tout en constatant que l'intéressée s'était acquittée du montant de 56'837 fr. d'impôt. La société intéressée a interjeté recours contre cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif fédéral le 16 mars 2015, demandant à ce que le montant de la TVA pour les périodes en cause soit fixé à 4'849 fr. 32.
Par arrêt du 24 mai 2016, la Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de la société B.X._. Il a jugé en bref que celle-ci avait acquis des prestations de services auprès d'entreprises étrangères membres du groupe X._, lui permettant d'assurer la gestion stratégique de la structure sud-américaine du groupe. Il a en outre considéré que c'était à juste titre que l'Administration fédérale avait procédé à une taxation par voie d'estimation et fait application d'un taux forfaitaire de 2 o/oo de la fortune moyenne de la société holding pour fixer l'impôt, celle-ci n'ayant au demeurant pas réussi à démontrer un désavantage fiscal manifeste issu de cette façon de procéder.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société B.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 24 mai 2016 et la décision de l'Administration fédérale du 12 février 2015, ainsi que de dire que la TVA due est de 4'849 fr. 32; subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'établissement inexact des faits et de violation du droit fédéral.
Par ordonnance du 20 juillet 2016, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Administration fédérale en demande le rejet. Dans des observations finales, B.X._ a confirmé ses conclusions.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable, sous réserve de ce qui suit.
1.2. Les conclusions tendant à l'annulation des décisions de l'Administration fédérale sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543).
2.
Dans un premier grief, la recourante, citant l'art. 97 al. 1 LTF, invoque un établissement inexact des faits par le Tribunal administratif fédéral.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
2.2. La recourante conteste l'appréciation des faits effectuée par l'autorité précédente. Selon elle, celle-ci a retenu à tort qu'elle exerçait la gestion stratégique de la structure sud-américaine du groupe en se fondant sur deux indices, en l'occurrence le fait qu'en détenant une participation dans une société et en se trouvant en haut de la structure sud-américaine, elle détient indirectement des participations dans d'autres sociétés (cf. consid. 2.2.1 ci-dessous) et que les tableaux produits devant l'Administration fédérale puis le Tribunal administratif fédéral, qui font état des coûts de gestion, seraient purement estimatifs (cf. consid. 2.2.2 ci-dessous).
2.2.1. A propos de la participation de la recourante dans les sociétés du groupe, le Tribunal administratif fédéral a retenu ce qui suit. " La recourante ne détient certes directement qu'une seule participation, dans la société argentine X._ SRL, comme elle le relève. Ainsi que cela ressort de ses déclarations [...]et du courrier du 8 juin 2015 de cette dernière société [...], la recourante détient néanmoins indirectement d'autres participations au travers de la société dominée, qui possède elle-même des filiales, et se trouve à un échelon élevé de l'organigramme du groupe, soit en haut de la structure sud-américaine. Compte tenu de ce qui précède, ce fait constitue un indice que la recourante, qui est une (sous) holding pure, assure la direction unique des sociétés dont elle regroupe - directement ou indirectement - les participations et qu'elle est à ce titre notamment chargée de la gestion stratégique des sociétés en question [...]". Relevant, contrairement à ce que la recourante semble avoir méconnu, que le but d'une holding ne consiste pas nécessairement en la simple détention de participations, le Tribunal administratif fédéral a continué en expliquant qu'il " semble néanmoins, au vu des tableaux d'évaluation des coûts de gestion produits à l'appui de la réclamation du 23 mai 2014 pour les années 2010 à 2012[...], que les tâches à charge de la recourante vont au-delà de la seule gestion de sa propre structure. Ces documents font en effet état de frais concernant notamment la "Gestion structure", les "Stratégies décisionnelles", ou encore la "Gestion des aspects IT" ". Le Tribunal administratif fédéral a en outre écarté l'argumentation de la recourante selon laquelle les tâches mentionnées dans les tableaux en question seraient préparatoires aux remontées de dividendes vers la maison mère aux Etats-Unis, en rappelant que la recourante elle-même indiquait, dans un courrier adressé à l'Administration fédérale, vouloir effectuer une valorisation des coûts de gestion holding au sens du chiffre 9.3.2.3.1 de l'Info TVA 09 publié par l'Administration fédérale, qui se rapporte précisément aux prestations en relation avec la gestion stratégique d'un groupe de sociétés.
S'il n'existe certes que des indices permettant de retenir que la recourante exerce effectivement la gestion des sociétés qu'elle détient directement ou indirectement, force est toutefois de constater que l'appréciation du Tribunal administratif fédéral n'est aucunement arbitraire sur ce point. Dans son recours au Tribunal fédéral, la société recourante ne fait en définitive que remettre en cause l'appréciation des faits et des preuves effectuée par l'autorité précédente, sans parvenir à démontrer en quoi celle-ci serait arbitraire.
2.2.2. Le Tribunal administratif fédéral a en outre considéré que, par les pièces remises, la recourante n'avait pas réussi à démontrer l'absence d'acquisition de prestations en lien avec sa tâche de gestion stratégique du groupe. Il a exclu que les extraits de sites Internet de la maison mère contiennent des informations utiles pour déterminer la nature et l'étendue des tâches de gestion assumées par la recourante. En outre, " le fait que les procès-verbaux du conseil d'administration de la recourante relatifs aux années considérées [...] soient succincts et reprennent les points usuels des assemblées générales ordinaires des sociétés suisses - à savoir approbation du rapport annuel, décision relative à l'affectation du résultat, décharge aux administrateurs et élections statutaires - ne suffit pas à établir que le rôle de l'intéressée se limitait au rapatriement de bénéfices, comme elle le fait valoir [...], ni à exclure qu'elle ait été chargée de la gestion stratégique des sociétés qu'elle détient directement ou indirectement ". L'autorité précédente a finalement jugé que le témoignage écrit produit par la recourante ne présentait pas une grande valeur probante, ayant été établi postérieurement au contrôle opéré par l'Administration fédérale, par une société du groupe. Elle a encore retenu que ces déclarations " ne sont corroborées par aucun élément tangible, tels que des pièces comptables, des procès-verbaux de conseils d'administration ou toute autre document attestant de la gestion opérée par les sociétés concernées et en particulier de la gestion stratégique exercée par la société-mère [...]".
La conclusion du Tribunal administratif fédéral, retenant que la recourante a assumé la gestion stratégique de la structure sud-américaine du groupe et qu'elle a donc acquis des prestations en relation avec cette charge, n'est aucunement arbitraire. Il rappelle en outre que la recourante a manqué à son devoir de collaborer en ce qu'elle n'a pas satisfait à son obligation de comptabiliser et documenter les prestations de gestion acquises auprès des sociétés de son groupe sises à l'étranger, ni apporté d'éléments suffisamment concluants permettant d'exclure ce fait, tels par exemple des documents internes des sociétés du groupe qui auraient effectivement assumé cette tâche. Le fait que la recourante ait produit des tableaux de coûts devant les deux autorités précédentes n'y change rien. On constate en effet, à la lecture de l'arrêt entrepris, que les premiers tableaux, produits à l'appui de la réclamation devant l'Administration fédérale sont des tableaux d'estimation des coûts de gestion. La recourante qualifie d'ailleurs elle-même ces tableaux d'estimation. Ces chiffres ne sont donc pas déterminants, ce d'autant moins que devant le Tribunal administratif fédéral, la recourante a encore produit d'autres tableaux, dont les chiffres divergent et qui reposent sur des estimations d'heures consacrées à la gestion. Dans ces conditions, on ne saurait considérer comme arbitraire la position de l'autorité précédente qui juge comme peu fiable ces documents.
2.3. Sur le vu de ce qui précède force est de constater que le Tribunal administratif fédéral n'a pas établi les faits de manière inexacte, mais qu'au contraire, il s'est fondé de manière non arbitraire, sur les indices à sa disposition pour retenir que la recourante est chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et qu'elle a acquis des prestations en relation avec cette charge, en sus des prestations concernant sa propre gestion. Le grief d'établissement inexact des faits doit par conséquent être écarté.
3.
La recourante se plaint ensuite d'une violation de l'art. 79 de loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20).
3.1. La LTVA est entrée en vigueur le 1 er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1 er janvier 2010 au 31 décembre 2012. C'est donc exclusivement la LTVA qui trouve application.
3.2.
3.2.1. Dans le système de la TVA prévaut le principe de l'auto-taxation: la taxation et le paiement de l'impôt sont en principe assurés par l'assujetti lui-même. Celui-ci doit décompter de manière spontanée vis-à-vis de l'Administration fédérale des contributions dans le délai légal prévu, et en la forme prescrite, la créance fiscale (art. 71 al. 1 LTVA). Il doit tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 70 al. 1 LTVA).
3.2.2. Selon l'art. 79 al. 1 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
3.2.3. L'Administration fédérale a le droit et le devoir de procéder à une estimation des chiffres d'affaires ainsi que de l'impôt et de l'impôt préalable dans le cadre de son pouvoir d'appréciation (taxation par voie d'estimation) dans deux hypothèses: premièrement, lorsque la personne assujettie n'a pas observé son devoir d'enregistrer et de conserver les pièces ou lorsque les éléments nécessaires à la taxation ne ressortent pas de ses livres comptables et documents ou lorsque la comptabilité pour d'autres raisons (formelles) n'offre aucune garantie quant à sa véracité; deuxièmement lorsque les résultats découlant de la comptabilité même tenue correctement du point de vue formel ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.2.4. Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, comme le prescrit l'art. 79 al. 1 LTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance. En ce sens elle doit certes procéder à une estimation prudente, mais n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir les hypothèses les plus favorables à l'assujetti. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.2.5. Lorsque les conditions d'une taxation par voie d'estimation sont remplies, le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes; c'est à la partie recourante qu'il revient de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.5, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.3.
3.3.1. En premier lieu, il convient de mentionner que, sous couvert de violation d'une disposition de droit fédéral, la recourante conteste en réalité une nouvelle fois l'établissement des faits effectué par le Tribunal administratif fédéral. Ainsi, les faits présentés de manière appellatoire par la recourante à l'appui du présent grief ne sauraient être retenus (cf. consid. 2.1 ci-dessus).
3.3.2. Au surplus, s'agissant de l'application de la procédure de taxation par voie d'estimation, force est de constater que la recourante reconnaît elle-même que, lors du contrôle effectué par l'Administration fédérale, les conditions d'une telle taxation étaient réalisées. La recourante n'a en effet pas tenu de relevé des heures du personnel des sociétés prestataires employé pour gérer la structure sud-américaine du groupe. Elle ne disposait que d'estimations du temps consacré à sa gestion, ce qui constitue une violation de l'obligation de tenir les documents pertinents de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 70 al. 1 LTVA). C'est donc à bon droit que l'autorité précédente a confirmé que les conditions pour procéder à une taxation par estimation étaient réunies en l'espèce.
3.3.3. La recourante estime ensuite qu'en produisant de nouvelles pièces lors de la réclamation et des pièces encore plus précises devant le Tribunal administratif fédéral, elle a comblé ce manque et que c'est ainsi à tort que l'autorité précédente a procédé à une taxation par voie d'estimation en application de l'art. 79 LTVA. Or, la recourante oublie que lors d'une procédure de taxation par voie d'estimation, la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral ne permet de remettre en cause que la réalisation des conditions de l'estimation ou l'estimation du chiffre d'affaires (cf. arrêt 2C_970/2012 du 1 er avril 2013 consid. 4.3), le Tribunal administratif fédéral observant alors une certaine retenue lors de son examen (cf. arrêt 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, in RDAF 2008 II 20, RF 63/2008 p. 289, Archives 77 p. 343). La recourante ayant elle-même reconnu que les conditions de la taxation par voie d'estimation étaient réunies et rien ne permettant d'en douter compte tenu des estimations peu précises et incomplètes des coûts de personnel chargé de la gestion des sociétés européennes du groupe, seule la question de l'estimation du chiffre d'affaires pourrait encore être contestée. Or, il convient ici de rappeler à la recourante que le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes et que c'est à la recourante de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (cf. arrêt 2C_797/2015 du 2 septembre 2016 consid. 2.5 et les références citées), ce qu'elle n'est pas parvenue à faire.
3.3.4. Par conséquent, on doit retenir avec l'autorité précédente que les données remises par la recourante ne sauraient suffire à démontrer un caractère manifestement inexact de l'estimation, celles-ci étant incomplètes.
Par ailleurs, les explications contenues dans le recours ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion. La recourante fait en effet principalement grief au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir renvoyé la cause à l'Administration fédérale après avoir reçu ses tableaux "extrêmement détaillés", afin que cette administration procède à un nouveau calcul selon la méthode effective. Il ne saurait être donné suite à une telle demande, puisque devant l'autorité précédente la recourante ne pouvait, on le rappelle, que tenter de démontrer le caractère inexact de l'estimation effectuée par l'Administration fédérale en fonction des informations dont elle disposait à ce moment. A ce propos, elle se contente de revenir sur l'appréciation des faits effectuée par le Tribunal administratif fédéral, notamment sur l'absence de gestion de groupe et le caractère suffisant des chiffres contenus dans ses tableaux, sans réunir les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF (cf. consid. 2 ci-dessus). Or, les tableaux en cause ne font pas état de la gestion des sociétés sud-américaines du groupe et ne contiennent par conséquent aucun chiffre utile.
4.
La recourante invoque encore une violation des art. 80 LTVA, 81 al. 2 et 3 LTVA, 8 CC et 12 PA.
4.1.
4.1.1. Aux termes de l'art. 80 LTVA, si l'établissement exact de faits essentiels pour le calcul de l'impôt entraîne une charge excessive pour l'assujetti, l'Administration fédérale lui accorde des facilités et l'autorise à calculer l'impôt par approximation pour autant qu'il n'en résulte aucune diminution ou augmentation notable du montant de l'impôt ni aucune distorsion marquante de la concurrence et que cela ne complique pas de manière excessive les décomptes d'autres assujettis ni les contrôles fiscaux. Avec cette disposition, le législateur a voulu formellement permettre à l'Administration fédérale de déterminer dans quels domaines et sous quelles conditions celle-ci désirait prévoir des facilités. L'Administration fédérale peut ainsi prévoir les détails de sa pratique administrative pour des branches d'activités ou plus spécialement pour certaines entreprises individuelles. Elle doit toutefois respecter le principe de l'égalité de traitement (cf. arrêt 2C_264/2014 du 17 août 2015 consid. 2.2.4, in Archives 84 p. 324; STEIGER, in Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, Zweifel et al. [éd.], 2015, n° 2 s. ad art. 80 LTVA). L'Administration fédérale doit poser clairement les conditions qui permettent de prétendre à des facilités. Le but de cette norme n'est toutefois pas d'octroyer des facilités au contribuable dans la cadre d'un contrôle de TVA, mais au contraire de lui permettre de calculer l'impôt par approximation si les conditions spécifiques ont été posées dans ce domaine par l'Administration fédérale et que le contribuable les réunit (arrêt 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 4.3.3, in Archives 76 p. 773; STEIGER, op. cit. n° 1 ad art. 80 LTVA).
4.1.2. En l'occurrence, selon la pratique administrative de l'Administration fédérale (cf. Brochure spéciale n° 6 ch. 7.4.3.1 p. 63 ss; Info TVA 09 ch. II/1 p. 77), lorsqu'une société filiale fournit à une société holding sans personnel propre des prestations en relation avec la gestion stratégique du groupe dont la valeur ne peut être déterminée de manière effective, sur la base de documents ou d'enregistrements comptables appropriés, celle-ci peut être calculée par approximation selon l'art. 80 LTVA. Il ne doit cependant pas en résulter un avantage ou désavantage fiscal manifeste. Les prestations de services fournies par la filiale sont ainsi déterminées en prenant 3o/oo de la fortune moyenne de la société holding (total des actifs) et en y soustrayant les prestations administratives acquises auprès d'entreprises étrangères au groupe.
4.1.3. Or, faute de pouvoir déterminer la valeur de la prestation de manière effective, s'est sans violer le droit fédéral que l'autorité précédente a confirmé la décision de l'Administration fédérale qui a calculé l'impôt dû par approximation, selon la méthode préconisée par la pratique administrative. La recourante n'a au demeurant pas réussi à démontrer un désavantage manifeste issu de l'application de cette méthode, se contentant d'arguer de manière péremptoire, dans son grief relatif à l'art. 80 LTVA, qu'elle subit un désavantage manifeste. On ajoutera encore qu'en tant qu'elle invoque une inégalité de traitement entre concurrents économiques en citant l'art. 27 Cst., son grief doit d'emblée être écarté, celui-ci ne remplissant pas les conditions de l'art. 106 al. 2 LTF, la recourante faisant référence à "une situation similaire", sans autres détails et l'arrêt entrepris ne retenant aucun fait à ce propos. Dans la mesure où elle invoque encore une violation de l'art. 1 al. 1 ch. 3 LTVA ( recte art. 1 al. 3 let. a LTVA; principe de la neutralité concurrentielle), la recourante ne saurait être suivie. Au vu des faits retenus, rien n'indique en effet que l'arrêt entrepris serait constitutif d'une violation de cette disposition. La recourante ne le démontre d'ailleurs pas.
4.2. La recourante invoque une violation de l'art. 8 CC, respectivement de l'art. 12 PA en ce que le Tribunal administratif fédéral se serait notamment montré trop restrictif dans son appréciation des preuves.
4.2.1. Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Quant à l'art. 12 PA, il dispose que l'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par divers moyens. En droit fiscal, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC impliquent que l'autorité fiscale doive établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.4 et les références citées). Il n'en demeure pas moins que dans une procédure de taxation par voie d'estimation, s'il revient effectivement à l'administration de prouver l'existence des conditions d'une telle taxation, il appartient toujours au contribuable de démontrer le caractère incorrect de l'estimation (cf. arrêt 2C_812/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.3 et les références citées).
4.2.2. Tout d'abord, force est de constater qu'en tant que la recourante s'en prend à la décision de l'Administration fédérale, en reprochant à celle-ci de ne pas lui avoir dit ce qu'elle devait prouver, son grief doit d'emblée être écarté. Elle ne saurait en effet se plaindre d'une violation de la répartition du fardeau de la preuve devant l'Administration fédérale dans le présent recours dirigé contre l'arrêt ultérieur du Tribunal administratif fédéral, la saisine de ce dernier ayant un effet dévolutif entraînant le dessaisissement de l'autorité précédente (cf. arrêt 2C_312/2011 du 26 juillet 2011 consid. 4). En outre, contrairement à ce que la recourante affirme plus loin, le Tribunal administratif fédéral a effectivement pris en compte les moyens de preuve qu'elle a produits, il ne leur a toutefois pas reconnu une valeur probante suffisante pour attester d'un caractère inexact de la taxation par voie d'estimation. Contester cette appréciation revient à nouveau à contester l'appréciation des faits (cf. consid. 2 ci-dessus). En présence d'une situation de taxation par voie d'estimation, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le principe de répartition du fardeau de la preuve en faisant supporter celui-ci à la recourante quant à la preuve du caractère inexact de la taxation par voie d'estimation. Ce grief doit par conséquent également être écarté.
5.
Finalement, la recourante invoque encore une violation du principe de la bonne foi au sens de l'art. 5 al. 3 Cst., soutenant qu'elle partait du principe qu'elle allait être traitée à l'instar "d'un autre contribuable", lequel aurait été imposé à un taux inférieur au sien.
Outre le fait qu'ici également elle s'en prend plutôt à la décision de l'Administration fédérale qu'à l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, la recourante ne saurait être suivie. La recourante n'a jamais reçu d'assurance d'une quelconque autorité qu'elle serait imposée à un taux inférieur à celui qui est prévu par la pratique administrative dont il a été précédemment question (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Par ailleurs, ici également, elle se rapporte à l'imposition d'une entreprise dont il n'est aucunement fait mention dans l'état de fait pertinent.
6.
Compte tenu de l'ensemble des motifs qui précèdent, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 11 janvier 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette


facts:
Faits :
A.
A.A._ (1963) et C.A._ (1968), tous deux de nationalité portugaise, se sont mariés en 1988 au Portugal. Deux enfants sont issus de cette union: D.A._ (1994), et B.A._ (1998).
B.
B.a. Les conjoints se sont séparés une première fois au mois de décembre 2003.
Par arrêt du 12 novembre 2004, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a condamné l'époux à contribuer à l'entretien de sa famille par le versement d'une contribution de 2'900 fr. par mois tant que l'épouse disposerait du domicile conjugal, puis de 3'400 fr. par mois dès son départ.
B.b. Dans le courant de l'année 2007, les conjoints ont donné une seconde chance à leur mariage. L'époux s'est installé au domicile de l'épouse tout en conservant son ancien logement et a contribué à l'entretien de la famille en versant mensuellement à l'épouse la somme de 2'000 fr., somme qu'il versait déjà depuis 2004.
B.c. Depuis le mois d'octobre 2014, les conjoints vivent à nouveau séparés.
L'époux a continué à verser à l'épouse la somme de 2'000 fr. par mois pour l'entretien de la famille. Depuis le mois de mars 2016, il a réduit sa participation financière mensuelle à 1'000 fr.
B.d. Le 20 février 2015, l'épouse a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale devant le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance).
Par jugement du 26 février 2016, le Tribunal de première instance a notamment autorisé les conjoints à vivre séparés et condamné l'époux à contribuer à l'entretien de l'épouse à hauteur de 1'600 fr. par mois et à celui de B.A._ à raison de 2'000 fr. par mois, à compter du prononcé du jugement.
Statuant sur appel de l'époux, la Chambre civile de la Cour de justice a, par arrêt du 23 septembre 2016, réformé l'arrêt du Tribunal de première instance en ce sens que la contribution d'entretien en faveur de l'épouse était fixée à 400 fr. par mois, à compter du 1 er mars 2016, et que celle en faveur de B.A._ - à verser en mains de la mère, puis à partir du 1 er juillet 2016 en mains de la fille - était arrêtée à 800 fr. par mois, allocations familiales ou d'études non comprises, à compter du 1 er mars 2016.
C.
Par acte du 31 octobre 2016, A.A._ et B.A._ exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elles concluent à la réforme de l'arrêt querellé en ce sens que la contribution d'entretien en faveur de B.A._ est fixée à 2'000 fr. par mois, à compter du 1 er mars 2016, et à ce que celle en faveur de l'épouse soit arrêtée à 1'600 fr. Subsidiairement, elles concluent à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la juridiction précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Des observations n'ont pas été requises.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 76 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a); et est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b). Les termes " prendre part " signifient participer à la procédure en présentant des conclusions; il n'est toutefois pas nécessaire que le recourant ait eu la qualité de partie selon la loi de procédure applicable (arrêt 5A_898/2010 du 3 juin 2011 consid. 1.1.1 et la doctrine citée).
En l'espèce, la recourante A.A._ a qualité pour recourir, dès lors qu'elle a pris part à la procédure devant la cour cantonale et a un intérêt à l'issue du litige, en tout cas en ce qui concerne la contribution d'entretien en sa faveur et la contribution d'entretien due à sa fille pour la période où celle-ci, dont elle avait la garde, était mineure. Quant à B.A._, devenue majeure pendant la procédure d'appel, elle a un intérêt au recours, au sens de l'art. 76 al. 1 let. b LTF, à tout le moins pour la contribution d'entretien réclamée pour la période postérieure à sa minorité. En effet, la pension doit dès ce moment être versée directement en ses mains et le jugement la fixant lui est directement opposable. S'agissant de sa participation à la procédure antérieure, bien qu'elle n'ait pas formellement présenté de conclusions durant la procédure cantonale, elle s'est néanmoins ralliée à celles prises en sa faveur par sa mère. Cela suffit pour admettre qu'elle a pris part à la procédure, au sens de l'art. 76 al. 1 let. a LTF (arrêt 5A_898/2010 précité consid. 1.1.2). Partant, B.A._ a également qualité pour recourir.
1.2. Pour le surplus, le recours, déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et dans la forme légale (art. 42 al. 1 LTF), est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 393 consid. 4) rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a, 51 al. 4 et 74 al. 1 let. b LTF). Il est donc en principe recevable.
2.
2.1. Comme la décision entreprise porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (ATF 134 III 667 consid. 1.1; 133 III 393 consid. 5, 585 consid. 3.3), la partie recourante ne peut dénoncer que la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation "; art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (ATF 142 II 369 consid. 2.1; 142 III 364 consid. 2.4). En particulier, une décision ne peut être qualifiée d'arbitraire (art. 9 Cst.) que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 142 II 369 consid. 4.3; 141 III 564 consid. 4.1 et les références). Partant, le recourant ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition, notamment en se contentant d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente; les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 142 III 364 consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'art. 98 LTF, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels, conformément au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1). Le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires (art. 9 Cst.) et ont une influence sur le résultat de la décision (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 et les références). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF; ATF 140 III 264 consid. 2.3 et les références; 133 II 249 consid. 1.4.3).
3.
L'épouse reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement fixé la quotité de la contribution d'entretien en sa faveur.
3.1. La juridiction précédente a arrêté les revenus de l'épouse à 3'110 fr. et ses charges à 3'073 fr., ce qui laissait à celle-ci un disponible de 37 fr. par mois. Elle a considéré que les revenus de l'époux se montaient à 10'843 fr. jusqu'au mois de mai 2016, puis à 6'809 fr., et ses charges à 8'082 fr. entre les mois de mars et de mai 2016, puis à 4'446 fr., ce qui lui laissait un disponible de 2'761 fr., respectivement de 2'363 fr. par mois.
L'épouse n'avait cependant fourni que peu d'informations sur le train de vie dont elle bénéficiait durant la vie commune. Dans le cadre de la procédure de première instance, elle avait uniquement indiqué que la contribution de son conjoint à l'entretien d'elle-même et des deux enfants se limitait, durant la vie commune, au versement d'une somme mensuelle de 2'000 fr., les dépenses courantes du ménage étant assumées par ses soins. Si elle avait soutenu en appel, après que l'intimé avait fait valoir que la contribution d'entretien allouée par le premier juge lui permettait de bénéficier d'un niveau de vie plus aisé que celui dont elle bénéficiait avant la séparation, que son conjoint participait également à certaines charges en sus de la somme de 2'000 fr. qu'il versait mensuellement, cette allégation était contestée par l'époux et n'était corroborée par aucun des éléments du dossier. La recourante ne rendait par conséquent pas vraisemblable que la pension de 400 fr. que proposait de lui verser l'intimé ne lui permettrait pas de maintenir son niveau de vie antérieur et donc de subvenir à son entretien convenable, preuve qu'il lui incombait d'apporter. La contribution d'entretien en faveur de l'épouse devait dès lors être arrêtée à 400 fr. par mois.
3.2.
3.2.1. L'épouse reproche tout d'abord à la cour cantonale de s'être écartée de manière choquante de la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent. Même si, avant la séparation, la participation de l'intimé aux charges de la famille était aléatoire, elle était bien supérieure au seul montant de 2'000 fr. versé par la suite. Il serait en effet communément admis que lorsque deux personnes vivent ensemble, des dépenses pour les loisirs, les sorties et la nourriture sont assumées par chacune d'elles, même si l'une d'entre elles s'occupe principalement du paiement du loyer et des assurances-maladie. De surcroît, elle aurait rendu vraisemblable qu'elle n'arrivait pas à couvrir les charges de la famille et avait dû contracter des dettes lorsque l'intimé lui versait seulement la somme de 2'000 fr. par mois. Elle n'avait répondu à l'argument de l'époux concernant le train de vie qu'en appel, parce que l'intimé n'avait fait valoir ce grief qu'à ce stade. Elle avait notamment produit les extraits de ses comptes bancaires lesquels démontraient que ses charges mensuelles s'élevaient en moyenne à 6'000 fr., parfois même à 9'007 fr. Si la cour cantonale estimait que le train de vie des recourantes n'était pas suffisamment établi, elle avait l'obligation de les interpeller et d'éclaircir les faits qu'elle estimait lacunaires au risque de violer gravement les art. 55, 272 et 296 CPC. Enfin, l'établissement de ses charges ne tenait pas compte du fait que l'enfant majeur du couple vivait également avec sa mère et que son père ne lui versait aucune contribution d'entretien, les frais de cet enfant étant intégralement assumés par l'épouse. La contribution d'entretien en sa faveur devait ainsi être arrêtée à 1'600 fr. par mois.
3.2.2. La loi n'impose pas au juge de méthode de calcul particulière pour fixer la quotité de la contribution d'entretien en faveur de conjoint (ATF 140 III 337 consid. 4.2.2). La détermination de celle-ci relève du pouvoir d'appréciation du juge du fait, qui applique les règles du droit et de l'équité (art. 4 CC). Quelle que soit la méthode appliquée pour fixer la contribution d'entretien, le train de vie mené jusqu'à la cessation de la vie commune constitue la limite supérieure du droit à l'entretien (ATF 140 III 337 consid. 4.2.1; arrêt 5A_266/2015 du 24 juin 2015 consid. 7.2.2.1 et la référence).
En tant que l'épouse se fonde sur des faits - notamment ses charges mensuelles moyennes de 6'000 fr. ou les dettes qu'elle aurait dû contracter - qui ne sont nullement constatés dans la décision querellée, sans démontrer - conformément aux exigences de motivation susmentionnées (cf. supra consid. 2.2) - que la cour cantonale les auraient écartés de manière insoutenable, sa critique est irrecevable. Il en va de même de son argument selon lequel la juridiction précédente aurait versé dans l'arbitraire en ne tenant pas compte des frais liés aux loisirs et aux vacances, des " autres frais courants " et de l'augmentation de ses primes d'assurances pour l'année 2016, l'épouse se contentant de mentionner ces postes sans aucune autre précision, notamment quant à leur montant (cf. supra consid. 2.2). En tant qu'elle fait valoir que la cour cantonale aurait dû l'interpeller et éclaircir elle-même les faits qu'elle estimait lacunaires, la recourante perd de vue que l'art. 272 CPC, applicable à la contribution d'entretien entre époux, n'oblige pas le juge à rechercher lui-même l'état de fait pertinent (arrêts 5A_125/2016 du 27 juillet 2016 consid. 4.2; 5A_298/2015 du 30 septembre 2015 consid. 2.1.2). Enfin, le fait que l'épouse s'acquitterait également des frais d'entretien du fils aîné des conjoints, majeur, n'est pas déterminant, dans la mesure où les pensions fixées par la cour cantonale ont uniquement pour but de couvrir l'entretien de l'épouse et de sa fille cadette (pour la contribution d'entretien en faveur de celle-ci, cf. infra consid. 4), et non celui de son fils aîné.
Au vu de ce qui précède, le grief est infondé dans la mesure de sa recevabilité.
3.3. L'épouse reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir arbitrairement établi les faits et appliqué les art. 163 et 176 CC en refusant de prendre en compte sa prime d'assurance-ménage de 52 fr. et ses frais de télévision de 39 fr. dans le calcul de ses charges mensuelles (pour la question de la charge fiscale, cf. infra consid. 5). La situation financière des conjoints n'étant pas serrée, il serait arbitraire de retenir - comme l'a fait la juridiction précédente - que ces postes sont déjà compris dans le montant de base OP. Il conviendrait dès lors d'ajouter 91 fr. (52 fr. + 39 fr.) à ses charges.
En l'occurrence, la critique de l'épouse n'est à tout le moins pas de nature à démontrer que la décision de la juridiction précédente serait arbitraire dans son résultat, dès lors que le montant des charges litigieuses (91 fr.) est inférieur au montant de 437 fr. (37 fr. [disponible de l'épouse] + 400 fr. [contribution d'entretien en faveur de celle-ci; cf. supra consid. 3.2]) à disposition de l'épouse après paiement de ses autres charges. Partant, le grief est infondé.
4.
Les recourantes font également grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement établi les faits et appliqué l'art. 285 al. 1 CC ainsi que les art. 55 al. 2, 272 et 296 al. 1 CPC en arrêtant la quotité de la contribution d'entretien en faveur de B.A._.
4.1.1 La cour cantonale a arrêté les dépenses mensuelles de l'enfant à 1'100 fr. par mois, incluant une charge de 26 fr. pour des cours de gymnastique. A cet égard, elle a considéré que l'unique pièce produite - attestant du versement au mois d'octobre 2014 d'un montant de 140 fr. à une société de gymnastique - ne permettait pas de retenir, au stade de la vraisemblance, que cette somme correspondrait au coût mensuel desdits cours. L'intimé admettant ce poste à hauteur de 26 fr., il y avait lieu de retenir ce montant. Après déduction des allocations familiales de 400 fr., le coût d'entretien mensuel de B.A._ s'élevait dès lors à 700 fr. par mois. Compte tenu toutefois de la situation financière favorable de l'intimé et du fait que celui-ci contribuait du temps de la vie commune à l'entretien de ses enfants à hauteur vraisemblablement de 1'600 fr. par mois (2'000 fr. versés pour l'entretien de la famille - 400 fr. versés en faveur de l'épouse), la juridiction précédente a arrêté la pension en faveur de l'enfant à 800 fr. par mois, correspondant à la moitié de la somme que l'époux versait pour ses deux enfants durant la vie commune.
4.1.2 Selon les recourantes, la cour cantonale aurait dû arrêter, sous peine d'arbitraire, le coût total des cours de gymnastique de l'enfant à 95 fr. par mois (11 fr. pour les cours de gymnastique et 84 fr. pour les cours d'aquagym), comme l'avait à juste titre retenu le Tribunal de première instance. Par ailleurs, la juridiction précédente, méconnaissant gravement les normes et la jurisprudence sur la fixation de la contribution d'entretien en faveur de l'enfant, se serait contentée de condamner le père à verser seulement 7% de son salaire en faveur de sa fille. A titre de comparaison, selon la méthode des pourcentages, la contribution d'entretien de B.A._ devrait s'élever à 1'837 fr. - si l'on imputait à l'intimé des revenus de 10'809 fr. - ou à 1'157 fr. - si les revenus de celui-ci étaient arrêtés à 6'809 fr. La comparaison avec les Tabelles zurichoises serait encore plus frappante. En modifiant le poste " logement " pour tenir compte du montant effectif de celui-ci, les besoins de l'enfant auraient dû être arrêtés à un montant de 1'971 fr. 25 (2'074 fr. - {336 fr. - [recte: +] 233 fr. 25}). Tant avec l'application des Tabelles zurichoises qu'avec la méthode des pourcentages, la contribution d'entretien en faveur de B.A._ serait dès lors significativement plus élevée que celle arrêtée par l'autorité cantonale. Il conviendrait ainsi de fixer la contribution d'entretien de l'enfant à 2'000 fr. par mois, comme l'avait à juste titre retenu le premier juge.
4.1.3
4.1.3.1 A teneur de l'art. 285 al. 1 aCC - applicable à la présente procédure (art. 13c bis al. 2 Tit. fin. CC) -, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère. La loi ne prescrit pas de méthode de calcul particulière pour arrêter la contribution d'entretien en faveur de l'enfant (ATF 128 III 411 consid. 3.2.2); sa fixation relève de l'appréciation du juge, qui jouit d'un large pouvoir à cet égard (art. 4 CC; ATF 128 III 161 consid. 2c/aa; 127 III 136 consid. 3a). Il n'y a violation du droit fédéral que si le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation en se référant à des critères dénués de pertinence, ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou encore si, d'après l'expérience de la vie, le montant fixé apparaît manifestement inéquitable (ATF 138 III 669 consid. 3.1 et les références).
4.1.3.2 En l'espèce, selon les constatations de la décision cantonale (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1), l'épouse a allégué en appel que les frais de gymnastique de B.A._ se montaient à 140 fr. par mois, sur la base d'un récépissé de paiement. Il ne ressort nullement de l'arrêt querellé qu'elle aurait fait valoir des frais de gymnastique de 11 fr. par mois (140 fr. / 12) et d'aquagym de 84 fr. par mois. Or, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, de nouveaux griefs sont en principe exclus dans le recours en matière civile au sens de l'art. 98 LTF (ATF 133 III 638 consid. 2; arrêt 5A_235/2016 du 15 août 2016 consid. 5.2). Partant, le grief est irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales (art. 75 LTF).
Pour le surplus, l'argumentation des recourantes n'est pas propre à démontrer l'arbitraire de la décision querellée. En effet, les recourantes n'expliquent pas, conformément aux exigences de motivation susmentionnées (cf. supra consid. 2.1), en quoi la pension arrêtée par la juridiction précédente ne couvrirait pas les besoins effectifs de l'enfant. En outre, le simple fait que la méthode utilisée par la cour cantonale pour fixer la contribution d'entretien aboutisse à un résultat différent de celui auquel aboutiraient d'autres méthodes ne permet pas, en soi, de considérer la décision entreprise comme insoutenable, l'arbitraire ne résultant pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable (cf. supra consid. 2.1). Autant que recevable, le grief est infondé.
5.
Les éléments qui précèdent scellent le sort du litige, sans qu'il y ait besoin d'examiner plus avant les critiques - au demeurant largement appellatoires (cf. supra consid. 2.1 et 2.2) - des recourantes en lien avec les revenus et les charges de l'intimé. Il en va de même du grief de l'épouse concernant l'établissement de sa charge fiscale, celui-ci étant d'emblée privé de tout fondement au vu des montants des contributions d'entretien arrêtés sans arbitraire par la cour cantonale (cf. supra consid. 3.2.2, 3.3 et 4.1.3.2).
6.
En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis solidairement à la charge des recourantes, qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Feinberg

region: Federation

bge_label: non-critical

citation_label: non-critical


facts:
Faits :
A.
Depuis 1969, A._ est propriétaire de la parcelle n° aaa de la Commune de Leysin, située au lieu-dit "Vers Bas d'Avau"; d'une surface totale de 2'466 m2, ce bien-fonds, en mains de sa famille depuis plusieurs décennies, est colloqué en zone agricole et alpestre; il supporte un chalet de 91 m 2, le reste de la surface étant en nature de pré, champ et pâturage. Le chalet, qui comprenait à l'origine une habitation et une ancienne écurie attenante, date d'environ 1850.
En août 2012, le prénommé a sollicité du Service cantonal du développement territorial (ci-après: SDT) l'autorisation de diviser son bien-fonds en deux parcelles distinctes; la fraction du fonds à détacher est entièrement en nature de pré, champ et pâturage; elle est destinée à être fusionnée au fonds voisin n° bbb, propriété du neveu de A._.
Dans le cadre de l'instruction de cette demande, la Division hors zone à bâtir du SDT a sollicité de l'intéressé des informations quant à l'utilisation du chalet avant la date de référence du 1 er juillet 1972; le SDT lui demandait également de le renseigner sur l'étendue des travaux révélés par la comparaison de photographies récentes avec celles du recensement architectural réalisé en 1975.
En réponse à cette requête, A._ a notamment précisé qu'à ses débuts le bâtiment servait à la fois pour abriter le bétail et les travailleurs chargés de s'en occuper; d'après les témoignages qu'il a pu obtenir, le chalet n'est toutefois plus utilisé pour le bétail depuis les années soixante, celui-ci étant stationné dans des étables sises à proximité. S'agissant des travaux, le prénommé a indiqué que le rehaussement de la toiture du chalet avait été autorisé par la Commune en 1982.
La municipalité s'est également déterminée, précisant que l'autorisation portant sur la surélévation de la toiture et la rénovation du chalet-écurie prévoit expressément que le volume supplémentaire des combles engendré par le rehaussement doit rester inhabitable.
B.
Par décision du 15 février 2013, retenant que le chalet n'était plus nécessaire à l'exploitation agricole, le SDT a considéré qu'il pouvait être détaché de celle-ci; il a accédé à la demande de fractionnement et a délivré l'autorisation spéciale "hors-zone à bâtir" requise par l'art. 24a de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700). Au pied de cette même décision, sous une rubrique intitulée "Remarques", le service cantonal a en revanche interdit toute transformation future du chalet en ces termes:
--..], les transformations de bâtiments devenus non-conformes à la zone sont soumises aux limites indiquées dans la législation (art. 24c LAT et 42 OAT [ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000; RS 700.1]). A ce titre, un permis de construire communal avait été délivré le 12 août 1982 en vue de la rénovation de la toiture du chalet et de l'écurie attenante, impliquant un rehaussement des faîtes suite au remplacement de toute la poutraison (70 cm pour le chalet-écurie) ainsi qu'une réadaptation de la maçonnerie et de la pente du toit. Ces travaux lourds dépassaient donc le cadre de l'entretien. La dispense d'enquête publique mentionnée dans ledit permis s'est déroulée sans la consultation de notre service, contrairement aux dispositions légales fédérales et cantonales (art. 25 al. 2 LAT, 81, 103 al. 5 et 120 al. 1 er let. a LATC [loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985; RS/VD 700.11]). A défaut de l'autorisation cantonale de notre service requise, le permis de construire communal est nul et sans effet selon la jurisprudence en la matière.
Après comparaison des photographies récentes et celles du recensement architectural de 1975, nous constatons que les travaux de 1982 ont sensiblement modifié l'identité et les proportions du bâtiment au 1 er juillet 1972, au sens des articles 24c LAT et 42 OAT. En effet, la toiture de l'ancienne "étable" Nord-Est du bâtiment rehaussée et alignée sur la corniche ainsi que le faîte du chalet Sud-Ouest, extensions vers l'angle Nord du bâtiment, percement de deux fenêtres dans les combles du dit chalet [sic]. Cependant, en considérant que les travaux sont relativement anciens (30 ans) et par souci de proportionnalité, nous sommes en mesure de tolérer ces travaux à titre précaire. En revanche, plus aucune transformation ne pourra être admise à l'avenir pour le bâtiment ECA n o ccc. Bien plus, ce dernier ne pourra être reconstruit que dans ses gabarits initiaux en cas de démolition volontaire ou accidentelle, ou de sinistre. Une mention au Registre foncier sera inscrite par nos soins dans ce sens (art. 44 OAT) ".
Le 18 mars 2013, A._ a recouru contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud; se prévalant de la garantie de la situation acquise, il a conclu à la délivrance d'une autorisation spéciale "hors zone à bâtir" exempte de restrictions.
Après s'être rendu sur place pour procéder à une inspection locale, la cour cantonale a, par arrêt du 19 août 2015, admis le recours; elle a en substance considéré que le SDT n'était plus en droit de limiter la reconstruction éventuelle du chalet à son gabarit initial, le délai de péremption de trente ans fixé par la jurisprudence pour la remise en état de constructions érigées sans droit étant échu; l'instance précédente a en conséquence réformé la décision du SDT en ce sens que le chalet sis sur la parcelle n° aaa est mis au bénéfice de la situation acquise.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Département fédéral de l'environnement, de l'énergie et de la communication (DETEC), par l'intermédiaire de l'Office fédéral du développement territorial ARE (ODT), demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et de confirmer la décision du Service cantonal du développement territorial intitulée "Remarques".
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. Le SDT en propose l'admission. L'intimé sollicite que le recours soit rejeté dans la mesure de sa recevabilité, conclusion qu'il réitère au terme d'ultimes observations.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. L'office fédéral a la qualité pour recourir (art. 89 al. 2 LTF, mis en relation avec l'art. 48 al. 4 OAT). Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
L'office recourant reproche essentiellement à la cour cantonale d'avoir mis l'entier du chalet au bénéfice de la garantie étendue de la situation acquise offerte par l'art. 24c LAT; selon lui, l'écoulement du délai de trente ans au-delà duquel une remise en état ne peut plus être exigée n'autorisait pas le Tribunal cantonal à faire bénéficier les travaux réalisés en 1982 - que l'ODT tient implicitement pour illicites - de cette garantie, cette dernière supposant que les bâtiments aient été construits ou transformés légalement.
2.1.
2.1.1. Aux termes de l'art. 24c al. 1 LAT, hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise. L'art. 24c LAT n'est cependant pas applicable aux constructions illicites, même si le rétablissement de l'état conforme au droit n'a pas pu être effectué pour des raisons de proportionnalité, de prescription ou de péremption (ODT/ARE, Nouveau droit de l'aménagement du territoire, explications relatives à l'OAT et recommandations pour la mise en oeuvre, 2001, partie I, p. 43; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, n. 598 p. 280; WALDMANN/ HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, p. 622; arrêts 1A.190/2006 du 11 juin 2007 consid. 10.3; 1A.103/2001 du 5 mars 2002 consid. 3.3.1). Le fait qu'une construction illicite en zone agricole ait été tolérée pendant longtemps par les autorités et que le propriétaire soit dès lors protégé dans sa bonne foi empêche également l'application de l'art. 24c LAT et s'oppose tout au plus à une remise en état des lieux (arrêts 1A.17/2004 du 19 mai consid. 2.2.7 publié in ZBl 106/2005 p. 384 et 1A.42/2004 du 16 août 2004 consid. 3.2 et les références citées, publié in SJ 2005 I p. 23). L'art. 24c LAT ne régit donc pas les transformations de constructions qui auraient dû être démolies (arrêt 1A.270/1992 du 8 juin 1993 consid. 4a).
2.1.2. En l'espèce, le Tribunal cantonal a jugé que dès lors que le délai de péremption de trente ans pour ordonner la remise en état des transformations de 1982 était échu, celles-ci bénéficiaient ipso iure de la garantie de la situation acquise, indépendamment de leur licéité, point qu'il a d'ailleurs laissé indécis; le SDT ne pouvait partant - selon la cour cantonale - imposer au propriétaire, en cas de reconstruction suite à une démolition volontaire ou accidentelle, le respect des gabarits initiaux ni en faire mention au registre foncier en application de l'art. 44 OAT.
Avec l'office recourant, on comprend, à la lecture de l'arrêt attaqué, que l'instance précédente a mis les transformations effectuées en 1982au bénéfice de la garantie étendue de la situation acquise prévue par l'art. 24c LAT. Il est constant que ces transformations ont été effectuées il y a plus de trente ans et que le droit pour l'autorité d'en exiger la suppressionest échu (au sujet du délai de péremption, cf. arrêt 1A.78/2005 du 19 janvier 2006 consid. 5.1 avec renvoi à l'ATF 107 Ia 121 consid. 1 p. 123 s.; ATF 132 II 21 consid. 6.3 p. 39); il n'en découle toutefois pas - comme l'a estimé la cour cantonale - que ces travaux jouissent automatiquement de cette garantie: les droits étendus prévus par l'art. 24c LAT présupposent en effet que la construction ait été érigée ou transformée légalement; la jurisprudence précise d'ailleurs expressément qu'une construction illicite tolérée en raison de la péremption ne tombe pas dans le champ d'application de l'art. 24c LAT; une construction illicite détruite volontairement ou accidentellement ne peut dans ce cas de figure être rebâtie (arrêt 1A.17/2004 du 19 mai 2004 consid. 2; RUDOLF MUGGLI, Commentaire LAT, 2010, n. 11 s. ad art. 24c LAT et les références), ce indépendamment d'une éventuelle mention au registre foncier, cette dernière n'ayant qu'une portée déclaratoire sur le plan du droit public (art. 680 al. 1 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC; RS 210], art. 44 OAT; cf. arrêt 1P.806/2006 du 10 mai 2007 consid. 3.4 et les références citées).
2.1.3. Dans ces conditions, contrairement à ce qu'a estimé la cour cantonale, la question de savoir si le rehaussement de la toiture, le percement de fenêtres dans les combles et les autres transformations constatées ont été réalisés légalement ne peut rester indécise; celle-ci est en effet centrale pour résoudre la présente affaire.
3.
3.1. Selon l'art. 25 al. 2 LAT, dans sa version en vigueur lors de la délivrance de l'autorisation de construire du 24 mars 1982 et de l'autorisation complémentaire du 12 août 1982 (aLAT; RO 1979 1573), hors de la zone à bâtir, l'autorisation ou l'approbation d'une autorité cantonale est requise pour toute dérogation au sens de l'art. 24 aLAT. L'actuel art. 25 al. 2 LAT, en vigueur depuis le 1er septembre 2000 (RO 2000 2042), maintient ce principe en disposant que, pour tous les projets de construction situés hors de la zone à bâtir, l'autorité cantonale compétente décide si ceux-ci sont conformes à l'affectation de la zone ou si une dérogation peut être accordée. La jurisprudence précise, s'agissant de cette exigence, que, sans autorisation cantonale préalable, un permis de construire délivré par une commune hors de la zone à bâtir ne peut déployer d'effet. L'autorisation cantonale est un élément constitutif indispensable de l'application de l'art. 24 LAT. Si l'approbation cantonale ne peut être obtenue après coup, le permis communal est radicalement nul (cf. ATF 111 Ib 213 consid. 5b p. 220; voir aussi arrêt 1A.211/1999 du 27 septembre 2000 consid. 4c).
En l'espèce, il n'est pas contesté que les autorisations de construire délivrées au cours de l'année 1982 n'ont pas été approuvées par l'autorité cantonale compétente; la décision litigieuse le rappelle d'ailleurs expressément, sans que cela ne soit remis en cause. L'incompétence de la commune constitue un vice de procédure grave (cf. arrêt 1A.43/2002 du 6 juin 2002 consid. 3.2), qui était aisément reconnaissable (cf. arrêté cantonal vaudois du 28 janvier 1981 concernant la protection juridique en matière d'opposition au plan d'extension et l'autorisation cantonale requise pour les constructions hors des zones à bâtir; à ce sujet voir consid. 3.2.2 ci-dessous), ce d'autant plus que l'affectation de la parcelle en cause à la zone agricole ne faisait alors aucun doute. Cela étant, pour que la nullité soit constatée, encore faut-il que l'octroi d'une autorisation ultérieure soit clairement exclue (cf. arrêt 1A.211/1999 du 27 septembre 2000 consid. 4c et la référence à l'ATF 111 Ib 213 consid. 5 ss p. 219 ss), ce qui, comme on le verra ci-dessous, est le cas en l'espèce.
3.2. Selon la jurisprudence relative au droit applicable en matière d'ordre de remise en état ou de procédure de régularisation - applicable par analogie au cas d'espèce -, la légalité de la construction s'examine en principe au moment où les travaux ont été effectués. On applique toutefois le droit en vigueur au moment où l'autorité statue si celui-ci est plus favorable au recourant (cf. art. 52 al. 2 OAT; ATF 127 II 209 consid. 2b p. 211; 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252; 102 Ib 64 consid. 4 p. 69). S'agissant plus particulièrement de la garantie étendue de la situation acquise prévue par l'art. 24c LAT, son application n'est pas exclue par des modifications non autorisées si l'état conforme au droit est rétabli ou si elles peuvent être autorisées a posteriori (ODT/ARE, op. cit., partie V, p. 5 nbp. 1).
3.2.1. Dans le cas particulier, bien qu'il ait laissé indécise la question de la légalité des transformations du chalet, le Tribunal cantonal a néanmoins relevé que les art. 24c LAT et 42 OAT, sur lesquels s'est basé le SDT pour fonder sa décision, n'étaient pas en vigueur lors de la délivrance des autorisations municipales en 1982, la matière étant alors réglementée par l'art. 24 LAT, dans sa teneur initiale entrée en vigueur le 1 er janvier 1980 (aLAT; RO 1979 1573); l'alinéa 2 de cette disposition, en tant que norme attributive de compétence (cf. ATF 107 Ib 233 consid. 2a p. 236; DFJP/OFAT, Etude relative à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, 1981, n. 33 ad art. 24 aLAT), offrait au droit cantonal la faculté d'autoriser, hors de la zone à bâtir, la rénovation de constructions ou d'installations, leur transformation partielle ou leur reconstruction pour autant que ces travaux soient compatibles avec les exigences majeures de l'aménagement du territoire.
A ce propos, la cour cantonale a précisé que l'adaptation formelle du droit cantonal à la législation fédérale n'avait été opérée qu'avec l'entrée en vigueur, le 1er janvier 1987, de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RS/VD 700.11); l'instance précédente a en outre indiqué que, dans sa mouture originelle, l'art. 81 al. 4 LATC, qui reprenait les termes du règlement du 19 octobre 1983 sur les constructions hors des zones à bâtir, définissait de manière large les constructions qui pouvaient être autorisées dans la zone agricole ou viticole. Le Tribunal cantonal a ajouté que la pratique généreuse des autorités de l'époque se reconnaissait d'ailleurs au travers de sa propre jurisprudence au vu de la fréquence des transformations autorisées alors et dépassant le potentiel d'agrandissement susceptible d'être alloué par le droit actuel. Sans toutefois trancher formellement cette question, le Tribunal cantonal en a déduit qu'il n'était pas impossible que le rehaussement et les autres transformations litigieuses aient pu bénéficier d'une autorisation du département, fondée sur l'art. 24 al. 2 aLAT, si la Commune de Leysin lui avait, à l'époque, soumis la demande d'autorisation, conformément à l'art. 25 al. 2 aLAT, exigeant l'approbation d'une autorité cantonale (exigence maintenue par l'actuel art. 25 al. 2 LAT; cf. consid. 3.1 ci-dessus).
3.2.2. Avant l'entrée en vigueur de ces dispositions cantonales, l'arrêté cantonal du 28 janvier 1981 concernant la protection juridique en matière d'opposition au plan d'extension et l'autorisation cantonale requise pour les constructions hors des zones à bâtir ne contenait - comme l'a d'ailleurs précisé l'instance précédente - aucune règle matérielle; son art. 6 prévoyait simplement qu'en dehors de la zone à bâtir, toute demande de permis de construire ou tout changement de destination d'une construction ou d'une installation existante devait être soumis pour autorisation préalable au département compétent (cf. BENOÎT BOVAY, Le permis de construire en droit vaudois, thèse, 1986, p. 143 ss et les références citées). Ainsi, au moment des travaux, le législateur cantonal n'avait pas fait usage de la faculté accordée par l'art. 24 al. 2 aLAT; la rénovation de constructions ou d'installations sises hors de la zone à bâtir, leur transformation partielle ou leur reconstruction ne pouvaient dès lors être autorisées qu'aux conditions restrictives de l'art. 24 al. 1 aLAT, à savoir une implantation imposée par la destination de la construction (let. a) et l'absence d'intérêt prépondérant contraire (let. b) (cf. ATF 107 Ib 233 consid. 2a p. 236; DFJP/OFAT, op. cit., n. 33 ad art. 24 aLAT; JEAN-MICHEL HENNY, Rénovation transformation et reconstruction d'installations ou de constructions hors de la zone à bâtir, in RDAF 1988 p. 377 n. 2 et 2.1 p. 378 ss; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op. cit., n. 596 p. 279; pour le cas du canton de Vaud, cf. BENOÎT BOVAY, op. cit., p. 143 ss).
L'application du droit en vigueur apparaît ainsi plus favorable à l'administré de sorte que c'est à la lumière de l'actuel art. 24c LAT que la conformité des travaux doit être examinée (sur le caractère restrictif de l'art. 24 al. 1 aLAT, dont le texte correspond à l'actuel art. 24 LAT, cf. RUDOLF MUGGLI, op. cit., n. 3 ad art. 24 LAT); on relèvera quoi qu'il en soit que les notions de rénovation, de transformation partielle ou de reconstruction contenues à l'art. 24 al. 2 aLAT - dont la cour cantonale semble retenir l'application en dépit de ce qui précède - sont des notions de droit fédéral (cf. ATF 108 Ib 53 consid. 3b et 3c p. 54 ss; DFJP/OFAT, op. cit., n. 32 ad art. 24 aLAT) dont l'interprétation est indépendante d'éventuelles pratiques généreuses contraires des autorités cantonales de l'époque (le législateur cantonal demeurait libre de prévoir des conditions plus restrictives, cf. ATF 108 Ib 53 consid. 3c p. 55 s.; JEAN-MICHEL HENNY, op. cit., n. 3.1 p. 382; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op. cit., n. 597 p. 279); le critère d'identité des constructions découlant de ces notions définies par la jurisprudence rendue sous l'égide de l'art. 24 al. 2 aLAT conserve d'ailleurs toute sa pertinence dans le cadre de l'application de l'actuel art. 24c al. 2 LAT (cf. ATF 132 II 21 consid. 7.1.1 p. 41 s.; arrêt 1C_660/2012 du 16 octobre 2013 consid. 6.1; RUDOLF MUGGLI, op. cit., n. 2 ad art. 24c LAT).
3.3.
3.3.1. Selon l'art. 24c al. 2 LAT, l'autorité compétente peut autoriser la rénovation, la transformation partielle, l'agrandissement mesuré ou la reconstruction de constructions et installations bénéficiant de la garantie de la situation acquise au sens de l'alinéa 1 de cette même disposition, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement; il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral (art. 24c al. 3 LAT).
Aux termes de l'art. 42 al. 1 OAT, une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel; le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible (al. 2); la date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution, qui a introduit expressément le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (ATF 129 II 396 consid. 4.2.1 p. 398). La question de savoir si l'identité est pour l'essentiel respectée est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. D'après la jurisprudence, l'identité du bâtiment est maintenue lorsque les modifications projetées sauvegardent pour l'essentiel le volume et l'apparence de la construction et n'ont pas d'effets sensiblement nouveaux du point de vue de l'occupation du sol, de l'équipement et de l'environnement; les transformations doivent être d'importance réduite par rapport à l'état existant de la construction (ATF 127 II 215 consid. 3a et 3b p. 218 s.; 123 II 256 consid. 4 p. 261).
3.3.2. En l'espèce, après comparaison de photographies récentes de la construction à celles du recensement architectural de 1975, le SDT a estimé que les travaux de 1982 ont sensiblement modifié l'identité et les proportions du bâtiment - au sens des art. 24c LAT et 42 OAT - par rapport à son état au 1er juillet 1972; le service a dans ce cadre constaté que la toiture de l'ancienne "étable" a été rehaussée et alignée sur la corniche et le faîte du chalet; le SDT a également relevé des extensions vers l'angle nord du bâtiment, ainsi que le percement de fenêtres dans les combles.
Même si - comme on l'a vu - le Tribunal cantonal n'en a pas tiré les mêmes conséquences que le SDT (cf. consid. 2.1.2), l'étendue des transformations a néanmoins été constatée lors de l'inspection locale à laquelle il a procédé le 26 juin 2013. La cour cantonale a, à cette occasion, relevé que le premier étage de la construction n'était pas relié au rez-de-chaussée, son accès s'effectuant par une porte située à mi-hauteur de la façade bordant le chemin; les premiers juges ont remarqué que cet étage, situé dans les combles, n'était pas aménagé pour l'habitation et que la toiture - en tavillons - n'était pas isolée; ils ont néanmoins constaté la présence, à ce niveau, de quatre fenêtres. La marque de l'ancien toit étant encore visible sur la maçonnerie de la cheminée, le Tribunal cantonal a en outre mesuré 1,40 m de différence de hauteur entre le sommet du mur d'origine (ancienne sablière) et la nouvelle panne intermédiaire résultant de l'extension du bâtiment et du rehaussement de la toiture réalisés en 1982. Sur le plan de l'aspect extérieur, l'instance précédente a constaté que la toiture de l'ancienne écurie a été rehaussée et alignée sur la corniche ainsi que sur le faîte du chalet d'habitation; la toiture de la partie habitation a également été rehaussée et les combles ont été percées de deux fenêtres. La couverture du toit diffère également puisqu'en 1975 elle était recouverte de tôle. Deux appentis ont en outre été adjoints à la construction.
3.3.3. Devant le Tribunal fédéral, l'intimé ne remet pas en cause ces constatations; il ne prétend pas non plus que ces transformations répondraient au critère d'identité prévu par les art. 24c LAT et 42 OAT, dispositions sur lesquels se fonde la décision du SDT. Tout comme devant l'instance précédente, l'intimé se prévaut exclusivement de la garantie de la situation acquise et de sa bonne foi en relation avec l'écoulement du temps, d'une part, et avec les autorisations communales délivrées en 1982, d'autre part. Cette argumentation ne lui est toutefois d'aucun secours. En effet, comme exposé précédemment, des travaux illicites ne peuvent bénéficier, même sous l'effet de l'écoulement du temps, des droits étendus offerts par l'art. 24c LAT, contrairement à ce qu'a jugé l'instance précédente (cf. consid. 2.1.2 ci-dessus). Or, en l'espèce, si l'on peut concevoir que la mise en place de tavillons répond en soi à un but esthétique compatible avec la zone agricole concernée, en tant que matériau traditionnel de couverture des chalets d'alpage vaudois (art. 42 al. 1 2ème phrase OAT), il faut néanmoins, avec le service cantonal, reconnaître que, dans la mesure où ces travaux interviennent dans le cadre plus étendu d'une augmentation de la volumétrie, de la hauteur de la toiture, d'une mise à niveau de la hauteur de la grange par rapport à l'habitation et de l'ajout de fenêtres, notamment, l'identité de la construction s'en trouve indéniablement atteinte; ces transformations ne sauraient, en conséquence, être admises hors de la zone à bâtir. Il s'ensuit que, faute de pouvoir être régularisés, les travaux litigieux ne peuvent bénéficier de la garantie étendue de la situation acquise offerte par l'art. 24c LAT.
L'intimé ne saurait pas non plus déduire de la tolérance dont font preuve les autorités à l'égard de la configuration actuelle du chalet le droit d'obtenir qu'une situation matériellement irrégulière se poursuive, en cas de changement de circonstances, suite à une éventuelle destruction. La situation créée par les permis de construire de 1982 et l'écoulement du temps lui confère en principe le droit d'entretenir et de réparer l'immeuble, dans sa forme actuelle, mais non de le rénover, de le transformer ou de le démolir pour le reconstruire (art. 24c al. 2 et 3 LAT a contrario; arrêts 1A.17/2004 du 19 mai 2004 consid. 2.2.7, publié in ZBl 2005 p. 384; 1A.78/2005 du 19 janvier 2006 consid. 5.2 in fineet les deux arrêts cités, publié in DEP 2006 p. 714; RUDOLF MUGGLI, op. cit., n. 11 s. ad art. 24c LAT et les références; PIERRE MOOR ET AL., Droit administratif, vol. II, 2011, n. 2.4.3.5 (b) p. 393 in fine), la garantie constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) ne protégeant que l'exercice de la propriété privée conforme au droit (cf. ATF 111 Ib 213 consid. 6c p. 225 s.; arrêt 1A.17/2004 précité consid. 2.2.7). En outre, en limitant la possibilité de reconstruire aux gabarits initiaux, la décision litigieuse du SDT répond à l'intérêt public à la préservation de la zone agricole, plus particulièrement celui de la limitation de l'extension des constructions hors de la zone à bâtir, découlant du principe - de rang constitutionnel - de la séparation du territoire constructible et non constructible (RUDOLF MUGGLI, op. cit., remarques préliminaires relatives aux art. 24 à 24d et 37a n. 12 et n. 5 ad art. 24c LAT). Enfin, en tant qu'elle n'interdit pas à l'intimé toute reconstruction, cette mesure n'apparaît de surcroît pas disproportionnée au regard de l'importance de l'intérêt public en cause - ce que l'intimé ne prétend d'ailleurs pas céans (cf. art. 106 al. 2 LTF) ni n'a soutenu devant l'instance précédente; cela est d'autant plus vrai que la mention au registre foncier de cette restriction de bâtir ne couvre qu'une situation hypothétique, jusqu'à la réalisation éventuelle de laquelle l'intimé conserve le droit d'entretenir son ouvrage (art. 26 Cst.; cf. arrêts 1A.17/2004 précité consid. 2.2.7).
3.4. En définitive, c'est à juste titre que le SDT a limité le droit de reconstruire le chalet en cause à son gabarit initial et en a ordonné la mention au registre foncier.
4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours de l'Office fédéral du développement territorial doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. La décision du Service cantonal du développement territorial ("Remarques") du 15 février 2013 est confirmée. Les frais judiciaires de la procédure fédérale sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
L'affaire est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé; la décision du Service cantonal du développement territorial du 15 février 2013 est confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
4.
Le présent arrêt est communiqué à l'Office fédéral du développement territorial, au mandataire de l'intimé, à la Municipalité de Leysin, au Service du développement territorial du canton de Vaud et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 24 mai 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Merkli
Le Greffier : Alvarez